| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第9-19页 |
| 1.1 Abacavir-SADR 的全基因组关联研究 | 第10-13页 |
| 1.2 HLA-B*5701 基因筛查 | 第13-14页 |
| 1.3 Abacavir 引发的 SASR 机理研究 | 第14-16页 |
| 1.3.1 前抗原/半抗原理论 | 第14-15页 |
| 1.3.2 危险学说 | 第15页 |
| 1.3.3 “P-I”理论 | 第15页 |
| 1.3.4 Abacavir 引发的 SADR 机理研究最新进展 | 第15-16页 |
| 1.4 研究内容及意义 | 第16-19页 |
| 2 原理和方法 | 第19-25页 |
| 2.1 肽定量构效关系 | 第19-20页 |
| 2.1.1 VHSE 结构表征 | 第19-20页 |
| 2.1.2 MSR-SVM 建模 | 第20页 |
| 2.2 分子对接 | 第20-23页 |
| 2.2.1 分子对接原理 | 第21页 |
| 2.2.2 构象搜索算法 | 第21页 |
| 2.2.3 打分函数 | 第21-22页 |
| 2.2.4 Surflex-Dock | 第22-23页 |
| 2.3 分子动力学模拟 | 第23-25页 |
| 3 人类白细胞抗原 HLA-B*5701 和 B*5801 肽亲和特异性 | 第25-35页 |
| 3.1 数据来源与结构准备 | 第25-26页 |
| 3.2 结果与分析 | 第26-33页 |
| 3.2.1 MSR-SVM 建模 | 第26-27页 |
| 3.2.2 HLA-B*5701 和 HLA-B*5801 多肽结合特性 | 第27-33页 |
| 3.3 小结 | 第33-35页 |
| 4 分子对接 | 第35-47页 |
| 4.1 数据来源及结构准备 | 第35-36页 |
| 4.2 参数设置 | 第36-37页 |
| 4.3 结果分析 | 第37-44页 |
| 4.3.1 HLA 多肽结合凹槽 | 第37页 |
| 4.3.2 结合口袋 | 第37-38页 |
| 4.3.3 分子对接 | 第38-41页 |
| 4.3.4 主成分分析 | 第41-42页 |
| 4.3.5 构象分析 | 第42-44页 |
| 4.4 小结 | 第44-47页 |
| 5 Abacavir-HLA-B*5701-LF9 复合物动力学模拟 | 第47-67页 |
| 5.1 结构准备 | 第47页 |
| 5.2 结果分析 | 第47-65页 |
| 5.2.1 Abacavir-HLA-B*5701-LF9 复合物动力学模拟 | 第47-51页 |
| 5.2.2 Abacavir-HLA-B*5702/B*5703/B*5801-LF9 复合物动力学模拟 | 第51-52页 |
| 5.2.3 Carbovir/Didanosine-HLA-B*5701-LF9 复合物动力学模拟 | 第52-54页 |
| 5.2.4 Abacavir-HLA-B*5701-LF9 多肽链 7 号位模拟突变与动力学模拟 | 第54-62页 |
| 5.2.5 Abacavir-HLA-B*5701-LF9*多肽链 9 号位残基突变与动力学模拟 | 第62-64页 |
| 5.2.6 Abacavir-HLA-B*5701-LF9*复制交换动力学模拟 | 第64-65页 |
| 5.3 小结 | 第65-67页 |
| 6 Abacavir-HLA-B*5701-RI10 复合物动力学模拟 | 第67-75页 |
| 6.1 结构预处理与参数设置 | 第67页 |
| 6.2 结果分析 | 第67-74页 |
| 6.2.1 HLA-B*5701-RI10 复合物动力学模拟 | 第67-68页 |
| 6.2.2 Abacavir 与 HLA-B*5701-RI10 分子对接 | 第68-69页 |
| 6.2.3 Carbovir 和 Didanosine 与 HLA-B*5701-RI10 分子对接 | 第69页 |
| 6.2.4 Abacavir-HLA-B*5701-RI10 复合物动力学模拟 | 第69-72页 |
| 6.2.5 Carbovir/Didanosine-HLA-B*5701-RI10 复合物动力学模拟 | 第72-74页 |
| 6.3 小结 | 第74-75页 |
| 7 结论与展望 | 第75-77页 |
| 7.1 结论 | 第75-76页 |
| 7.2 展望 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-91页 |
| 附录 | 第91-93页 |
| A 动力学参数文件 | 第91-93页 |
| B 攻读学位期间发表的论文目录 | 第93页 |
