| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 英文缩略词表 | 第9-10页 |
| 第1章 引言 | 第10-16页 |
| 1.1 真菌基因组的研究现状 | 第10-14页 |
| 1.1.1 白假丝酵母菌研究现状 | 第10-11页 |
| 1.1.2 白假丝酵母菌基因组研究现状 | 第11-12页 |
| 1.1.3 比较基因组研究现状 | 第12-13页 |
| 1.1.4 测序技术研究现状 | 第13-14页 |
| 1.2 本论文的研究意义 | 第14页 |
| 1.3 本论文的研究内容 | 第14-16页 |
| 第2章 材料与方法 | 第16-26页 |
| 2.1 实验材料 | 第16-18页 |
| 2.1.1 菌株 | 第16页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第16页 |
| 2.1.3 培养基的配制 | 第16-17页 |
| 2.1.4 主要设备与仪器 | 第17-18页 |
| 2.2 实验方法 | 第18-25页 |
| 2.2.1 白假丝酵母菌药物敏感性测定 | 第18-19页 |
| 2.2.2 RAPD分型方法 | 第19页 |
| 2.2.3 用于RAPD分型白假丝酵母菌DNA快速抽提 | 第19-20页 |
| 2.2.4 测序基因组DNA制备 | 第20页 |
| 2.2.5 完整性及纯度验证 | 第20-21页 |
| 2.2.6 文库的制备 | 第21页 |
| 2.2.7 二代测序 | 第21页 |
| 2.2.8 三代测序 | 第21-22页 |
| 2.2.9 基因组组装概述 | 第22页 |
| 2.2.10 基因预测 | 第22-23页 |
| 2.2.11 GO注释与KEGG通路分析 | 第23页 |
| 2.2.12 基因组序列染色体定位 | 第23页 |
| 2.2.13 InDels及SNPs分析 | 第23-24页 |
| 2.2.14 分泌蛋白的预测 | 第24页 |
| 2.2.15 比较基因组分析 | 第24-25页 |
| 2.3 生物信息学分析软件及数据库 | 第25-26页 |
| 第3章 结果与讨论 | 第26-49页 |
| 3.1 CA6184菌株基本情况 | 第26-28页 |
| 3.1.1 CA6184为临床常用抗真菌药物敏感性菌株 | 第26-27页 |
| 3.1.2 RAPD分型CA6184被分为I类 | 第27-28页 |
| 3.2 CA6184测序结果 | 第28页 |
| 3.3 CA6184组装结果 | 第28-32页 |
| 3.4 CA6184基因组 | 第32页 |
| 3.5 基因预测 | 第32页 |
| 3.6 基因功能注释 | 第32-36页 |
| 3.6.1 GO注释 | 第32-34页 |
| 3.6.2 KEGG通路统计 | 第34-36页 |
| 3.7 基因组序列染色体定位 | 第36页 |
| 3.8 SNPs和InDels分析 | 第36-38页 |
| 3.9 预测分泌蛋白分析 | 第38-41页 |
| 3.10 比较基因组学分析 | 第41页 |
| 3.11 结构域差异分析 | 第41-43页 |
| 3.12 转录因子分析 | 第43-44页 |
| 3.13 比较基因组分析CA6184与S288c共有蛋白 | 第44-46页 |
| 3.14 白假丝酵母菌CA6184特有蛋白 | 第46-47页 |
| 3.15 比较基因组分析白假丝酵母菌CA6184、SC5314及WO-1 | 第47-49页 |
| 3.15.1 CA6184特有蛋白功能分类统计 | 第48页 |
| 3.15.2 致病因子分布统计 | 第48-49页 |
| 第4章 结论与展望 | 第49-51页 |
| 4.1 结论 | 第49页 |
| 4.2 展望 | 第49-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-55页 |
| 附录 | 第55-59页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第59-60页 |
| 综述 | 第60-63页 |
| 参考文献 | 第62-63页 |
