| 摘要 | 第9-10页 |
| Abstract | 第10页 |
| Chapter 1 Introduction | 第12-15页 |
| Chapter 2 Gene Prediction | 第15-24页 |
| 2.1 Review of Biological Background | 第15-18页 |
| 2.1.1 DNA | 第15-16页 |
| 2.1.2 Genes | 第16页 |
| 2.1.3 Gene Structures of Prokaryotes and Eukaryotes | 第16-18页 |
| 2.2 Methods for Predicting Genes | 第18-24页 |
| 2.2.1 Ab initio Gene Prediction | 第19-22页 |
| 2.2.2 Sequence Similarity | 第22-24页 |
| Chapter 3 Cross-species Comparative Sequence Analysis and Two Applications | 第24-36页 |
| 3.1 Cross-species Comparative Sequence Analysis | 第24-26页 |
| 3.2 AGenDA and SGP2 | 第26-36页 |
| 3.2.1 AGenDA | 第26-27页 |
| 3.2.2 SGP2 | 第27-32页 |
| 3.2.3 Comparison of AGenDA and SGP2 | 第32-36页 |
| Chapter 4 Combination Methods | 第36-60页 |
| 4.1 Overview of Combination Methods | 第36-39页 |
| 4.2 GAZE, JIGSAW and ExonHunter | 第39-60页 |
| 4.2.1 Review | 第40-54页 |
| 4.2.2 Comparison of the Three Gene Finders | 第54-60页 |
| Chapter 5 Two Algorithms to Combine ExonHunter and SGP2 | 第60-74页 |
| 5.1 Algorithms | 第61-64页 |
| 5.1.1 And-based and Or-based Rules at the Exon Level | 第61-63页 |
| 5.1.2 And-based and Or-based Rules at the Gene Level | 第63-64页 |
| 5.2 Experiments and Discussion | 第64-74页 |
| 5.2.1 Genomic Properties of Three Species (Homo sapiens, Mus musculus and Canis) | 第64-65页 |
| 5.2.2 Experiments on the Testing Data Set HMR195 | 第65-70页 |
| 5.2.3 Discussion | 第70-74页 |
| Conclusions and Future Works | 第74-76页 |
| Bibliography | 第76-85页 |
| Acknowledgment | 第85-86页 |
| Appendix A（Publications） | 第86-87页 |
| Appendix B（Chinese Abstract） | 第87-90页 |
