权重样条分析方法计算TCR/pMHC自由能
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 分子模拟技术 | 第8-11页 |
| 1.2 研究现状 | 第11页 |
| 1.3 问题的提出 | 第11-12页 |
| 1.4 本文研究内容与研究意义 | 第12-14页 |
| 2 理论基础和方法介绍 | 第14-27页 |
| 2.1 蛋白质的结构 | 第14-16页 |
| 2.2 蛋白质数据库介绍 | 第16-17页 |
| 2.3 蛋白质相互作用 | 第17-18页 |
| 2.4 自由能计算方法 | 第18-24页 |
| 2.4.1 MM/PBSA方法 | 第19-20页 |
| 2.4.2 热力学积分方法 | 第20页 |
| 2.4.3 自由能微扰 | 第20-21页 |
| 2.4.4 权重样条分析方法 | 第21-24页 |
| 2.5 过渡态理论 | 第24-26页 |
| 2.6 GROMACS软件包简介 | 第26-27页 |
| 3 模拟过程 | 第27-31页 |
| 3.1 模拟体系介绍 | 第27-28页 |
| 3.2 拉伸模式分析 | 第28-29页 |
| 3.3 模拟参数设置 | 第29-31页 |
| 4 结果数据及分析 | 第31-36页 |
| 4.1 体系结构分析 | 第31-32页 |
| 4.2 拉伸分子动力学模拟结果 | 第32-33页 |
| 4.3 自由能计算结果 | 第33-36页 |
| 结论 | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-40页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第40-41页 |
| 致谢 | 第41-42页 |
