| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 1 Introduction | 第11-21页 |
| References | 第17-21页 |
| 2 Background | 第21-48页 |
| ·Modelling Systems | 第21-25页 |
| ·Lipid and Membrane | 第21-22页 |
| ·Natural Water Channels | 第22-23页 |
| ·Artificial Water Channels | 第23-24页 |
| ·Cyclic Peptide Nanotubes | 第24-25页 |
| ·Theories | 第25-30页 |
| ·Particle Diffusion | 第25-26页 |
| ·Experimental Measurement of Transmembrane Water Transport | 第26-27页 |
| ·Theory of Single-file Water Transport | 第27-29页 |
| ·Collective Diffusion Model of Water Transport | 第29-30页 |
| ·Methods | 第30-44页 |
| ·Quantum Mechanics | 第31页 |
| ·Molecular Mechanics | 第31-35页 |
| ·Monte Carlo | 第35页 |
| ·Energy Minimization | 第35-36页 |
| ·Simulated Annealing | 第36页 |
| ·Molecular Dynamics | 第36-42页 |
| ·Recent Advances in the Computational Aspects | 第42-44页 |
| References | 第44-48页 |
| 3 The Structure of the Water Chain in a Transmembrane Peptide Nanotube | 第48-69页 |
| ·Introduction | 第48-50页 |
| ·Materials and Methods | 第50-53页 |
| ·Modeling System and Molecular Dynamics Simulation | 第50-52页 |
| ·Potential of Mean Force | 第52-53页 |
| ·Results and Discussions | 第53-66页 |
| ·Water-Chain Pattern | 第53-57页 |
| ·H-bond Network in the Nanotube | 第57-62页 |
| ·Dipole Orientations of Water Molecules | 第62-65页 |
| ·Summary | 第65-66页 |
| References | 第66-69页 |
| 4 Water Diffusion Behavior and Transportation Properties in Transmembrane Cyclic Hexa-, Octa- and Deca-peptide Nanotubes | 第69-94页 |
| ·Introduction | 第69-70页 |
| ·Materials, Methods and Theory | 第70-73页 |
| ·Modelling Systems | 第70-71页 |
| ·Force Protocol | 第71-72页 |
| ·Permeability Coefficients | 第72-73页 |
| ·Results and Discussions | 第73-90页 |
| ·Water-chains in the Three Transmembrane PNTs | 第74-78页 |
| ·Diffusion Behaviors of Water from Equilibrium MD | 第78-82页 |
| ·Transportation Properties of Water under Hydrostatic Pressures | 第82-88页 |
| ·pf / pd Ratios in The Three PNTs | 第88-90页 |
| ·Summary | 第90-91页 |
| References | 第91-94页 |
| 5 Dependences of Water Permeation in Cyclic Peptide Nanotubes on Channel Length and Membrane Thickness | 第94-108页 |
| ·Introduction | 第94-95页 |
| ·Theory, method and modelling details | 第95-97页 |
| ·Modelling Systems | 第95-97页 |
| ·Permeability Coefficients | 第97页 |
| ·Results | 第97-100页 |
| ·Discussion | 第100-105页 |
| ·Conclusion | 第105-106页 |
| References | 第106-108页 |
| 6 Flow and Flux Determination on Single-file Channel | 第108-116页 |
| ·Introduction | 第108-109页 |
| ·Theory, Methods and Details | 第109-112页 |
| ·Results | 第112-114页 |
| ·Conclusion | 第114页 |
| References | 第114-116页 |
| 7 Summary and Conclusions | 第116-120页 |
| Appendix 1 Symbols and Abbreviations | 第120-121页 |
| Appendix 2 Maths | 第121-123页 |
| Appendix 3 Codes | 第123-132页 |
| 攻读硕士期间发表论文 | 第132-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
