| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-17页 |
| 1.1 酶的概述 | 第12-15页 |
| 1.1.1 酶的定义 | 第12页 |
| 1.1.2 酶的存在类型 | 第12页 |
| 1.1.3 酶的特点 | 第12-13页 |
| 1.1.4 酶的结构 | 第13页 |
| 1.1.5 酶的活性中心 | 第13-14页 |
| 1.1.6 酶催化作用的机制 | 第14页 |
| 1.1.7 酶的分子修饰和改造 | 第14-15页 |
| 1.2 酶催化反应的应用 | 第15页 |
| 1.3 本论文的研究目的及内容 | 第15-16页 |
| 参考文献 | 第16-17页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第17-20页 |
| 2.1 量子化学方法 | 第17-18页 |
| 2.2 分子动力学方法 | 第18页 |
| 2.3 量子力学与分子力学相结合(QM/MM)方法 | 第18-19页 |
| 参考文献 | 第19-20页 |
| 第三章 大肠杆菌中SAM甲基转移酶催化机理的理论研究 | 第20-34页 |
| 3.1 前言 | 第20-21页 |
| 3.2 计算方法 | 第21-23页 |
| 3.2.1 初始模型的构建 | 第21-23页 |
| 3.2.2 QM/MM计算 | 第23页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第23-30页 |
| 3.3.1 酶-底物复合物的结构 | 第23-24页 |
| 3.3.2 计算的RlmN的反应机理 | 第24-30页 |
| 3.4 结论 | 第30页 |
| 参考文献 | 第30-34页 |
| 第四章 牙龈卟啉单胞菌酞酰精氨酸脱氨酶催化机理的理论研究 | 第34-50页 |
| 4.1 前言 | 第34-36页 |
| 4.2 计算方法 | 第36-38页 |
| 4.2.1 模型构建 | 第36-37页 |
| 4.2.2 QM/MM计算 | 第37-38页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第38-45页 |
| 4.3.1 PPAD和二肽Met-Arg底物复合物的结构 | 第38页 |
| 4.3.2 活性位点半胱氨酸和组氨酸的质子化状态 | 第38-40页 |
| 4.3.3 PPAD酶催化反应 | 第40-45页 |
| 4.4 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-50页 |
| 第五章 短芽胞杆菌中乙酰乳酸脱羧酶催化机理的理论研究 | 第50-65页 |
| 5.1 前言 | 第50-51页 |
| 5.2 计算方法 | 第51-53页 |
| 5.2.1 反应物模型的预处理 | 第51-53页 |
| 5.2.2 QM/MM计算 | 第53页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第53-61页 |
| 5.3.1 ALDC-底物复合物的结构 | 第53-54页 |
| 5.3.2 反应路径 | 第54-60页 |
| 5.3.3 蛋白环境和Zn-配位作用的影响 | 第60-61页 |
| 5.4 结论 | 第61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 硕士期间发表论文 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 附已发表论文 | 第67-87页 |
| 附表 | 第87页 |
