| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 前言 | 第8-13页 |
| 1.1 转录组学概述 | 第8-10页 |
| 1.1.1 细胞转录过程 | 第8页 |
| 1.1.2 转录组的定义 | 第8-9页 |
| 1.1.3 转录组技术的技术优势 | 第9-10页 |
| 1.1.4 转录组学研究内容 | 第10页 |
| 1.2 差异表达基因研究进展 | 第10-11页 |
| 1.3 SNP分析研究进展 | 第11-12页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第12-13页 |
| 2 材料与方法 | 第13-24页 |
| 2.1 植物材料 | 第13页 |
| 2.2 RNA的提取与质量检测 | 第13-14页 |
| 2.2.1 RNA提取 | 第13页 |
| 2.2.2 RNA质量检测 | 第13-14页 |
| 2.3 RNA测序流程 | 第14页 |
| 2.4 转录组数据分析流程 | 第14-15页 |
| 2.5 测序数据产出格式及统计 | 第15页 |
| 2.5.1 测序数据格式说明 | 第15页 |
| 2.5.2 测序数据产出统计 | 第15页 |
| 2.6 测序数据质量控制 | 第15-16页 |
| 2.7 与参考基因组的比对 | 第16-18页 |
| 2.7.1 对参考基因组进行建库 | 第17页 |
| 2.7.2 将测序数据比对到参考基因组 | 第17-18页 |
| 2.8 转录组文库质量评估 | 第18页 |
| 2.9 差异表达基因分析 | 第18-20页 |
| 2.9.1 使用Cuffdiff软件进行差异表达基因分析 | 第18-19页 |
| 2.9.2 使用edgeR方法进行差异表达基因分析 | 第19-20页 |
| 2.10 变异分析 | 第20-24页 |
| 2.10.1 使用GATK软件进行SNP calling | 第20-23页 |
| 2.10.2 使用SAMtools软件进行SNP calling | 第23-24页 |
| 3 结果与分析 | 第24-28页 |
| 3.1 转录组数据质量控制 | 第24页 |
| 3.2 与参考基因组比对结果 | 第24-25页 |
| 3.3 转录组文库质量评估结果 | 第25-26页 |
| 3.3.1 mRNA片段化随机性检验 | 第25页 |
| 3.3.2 插入片段长度检验 | 第25页 |
| 3.3.3 转录组测序数据饱和度检验 | 第25-26页 |
| 3.4 表达差异基因分析 | 第26-27页 |
| 3.4.1 Cuffdiff软件运算结果分析 | 第26页 |
| 3.4.2 edgeR软件运算结果分析 | 第26-27页 |
| 3.5 变异分析 | 第27-28页 |
| 3.5.1 GATK软件运算结果分析 | 第27-28页 |
| 3.5.2 SAMtools软件运算结果分析 | 第28页 |
| 4 讨论 | 第28-32页 |
| 4.1 转录组测序试验设计 | 第28-29页 |
| 4.2 不同分析方法的比较 | 第29-31页 |
| 4.2.1 Cuffdiff软件与edgeR软件的比较 | 第29-30页 |
| 4.2.2 GATK与SAMtools软件的比较 | 第30-31页 |
| 4.3 针对小麦转录组数据分析流程中各软件的重要参数设置及程序修改 | 第31-32页 |
| 5 结论 | 第32-34页 |
| 参考文献 | 第34-38页 |
| 附录 | 第38-44页 |
| 致谢 | 第44页 |
