| 中文摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-13页 |
| ·研究工作背景 | 第7-10页 |
| ·蛋白质结构比对的科研价值和实际应用价值 | 第10-11页 |
| ·蛋白质结构比对的科研价值 | 第10页 |
| ·蛋白质结构比对的实用价值 | 第10-11页 |
| ·蛋白质结构比对算法发展历史及现状 | 第11-12页 |
| ·主要研究工作 | 第12-13页 |
| 第二章 六种主流的蛋白质结构比对算法的介绍 | 第13-20页 |
| ·蛋白质结构比对算法通用的结构模型 | 第13-16页 |
| ·提取蛋白质的结构信息 | 第14页 |
| ·设置打分函数 | 第14页 |
| ·对蛋白质结构的理解方式 | 第14-15页 |
| ·蛋白质相似性的寻找策略 | 第15页 |
| ·比对结果的评估 | 第15-16页 |
| ·目前主要流行的算法 | 第16-20页 |
| ·算法DALI | 第16页 |
| ·算法CE | 第16-17页 |
| ·算法FATCAT | 第17页 |
| ·算法TM-align | 第17-18页 |
| ·算法FlexProt | 第18页 |
| ·算法FlexSnap | 第18-20页 |
| 第三章 VALAFP算法 | 第20-33页 |
| ·算法VALAFP的实现 | 第20-25页 |
| ·提取蛋白质的结构特征 | 第20-23页 |
| ·设定打分函数 | 第23页 |
| ·连接AFP，寻找整体相似结构 | 第23-24页 |
| ·优化比对结果 | 第24-25页 |
| ·实验结果及性能评估 | 第25-31页 |
| ·实验程序中参数的设定 | 第25-26页 |
| ·算法VALAFP在10对经典的蛋白质对中的比对结果 | 第26-28页 |
| ·算法VALAFP在50个非同源蛋白质上的比对结果 | 第28-29页 |
| ·算法VALAFP的运行效率 | 第29-31页 |
| ·关于算法VALAFP的总结 | 第31-33页 |
| 第四章 FlexVAFP算法 | 第33-45页 |
| ·算法FlexVAFP的实现步骤 | 第34-39页 |
| ·提取蛋白质的结构特征 | 第34-36页 |
| ·设定打分矩阵 | 第36页 |
| ·连接AFP，寻找全局相似结构 | 第36-38页 |
| ·算法FlexVAFP的优化部分 | 第38-39页 |
| ·性能评估及实验数据分析 | 第39-44页 |
| ·实验参数的说明 | 第39-40页 |
| ·算法FlexVAFP的无twist版的实验结果 | 第40-41页 |
| ·算法FlexVAFP与其它基于蛋白质柔性比对算法的比较 | 第41-43页 |
| ·算法FlexVAFP的运行效率 | 第43-44页 |
| ·实验总结 | 第44-45页 |
| 第五章 总结与展望 | 第45-47页 |
| ·总结 | 第45-46页 |
| ·展望 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-53页 |
| 在学期间的研究成果 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54页 |
