高效的分布式大规模基因组序列组装
| 学位论文的主要创新点 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-20页 |
| ·研究背景 | 第8-15页 |
| ·基于生物大数据分布式平台的研究现状 | 第9-13页 |
| ·大规模基因组组装的研究现状 | 第13-15页 |
| ·研究内容、目的和意义 | 第15-17页 |
| ·研究内容 | 第15-16页 |
| ·研究目的和意义 | 第16-17页 |
| ·本文贡献 | 第17页 |
| ·本文结构安排 | 第17-20页 |
| 第二章 分布式计算和序列组装 | 第20-34页 |
| ·分布式计算 | 第20-23页 |
| ·分布式开源平台Hadoop | 第20-22页 |
| ·并行计算框架MapReduce | 第22-23页 |
| ·基因组测序技术与组装 | 第23-32页 |
| ·基因测序技术 | 第24-25页 |
| ·基因组拼接与组装 | 第25-28页 |
| ·基因组序列de novo组装算法 | 第28-32页 |
| ·布隆过滤器Bloom Filter | 第32页 |
| ·本章小结 | 第32-34页 |
| 第三章 基于MapReduce的组装算法 | 第34-44页 |
| ·基本原理 | 第34-35页 |
| ·数据预处理 | 第35-36页 |
| ·k-mer位置索引 | 第36-37页 |
| ·读长拆分与映射 | 第37-38页 |
| ·可组装重叠群聚类 | 第38-40页 |
| ·重叠群相似度 | 第38-39页 |
| ·重叠群精确匹配 | 第39-40页 |
| ·类内重叠群组装 | 第40-42页 |
| ·本章小结 | 第42-44页 |
| 第四章 实验设计与结果分析 | 第44-58页 |
| ·数据集和数据预处理 | 第44-46页 |
| ·数据集准备 | 第44页 |
| ·读长纠错 | 第44-45页 |
| ·重叠群拼接 | 第45-46页 |
| ·组装质量 | 第46-54页 |
| ·组装可视化 | 第54-56页 |
| ·本章小结 | 第56-58页 |
| 第五章 结论和展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 发表论文和参加科研情况 | 第64-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
