| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 前言 | 第10-23页 |
| 1.研究植物远缘杂交的意义 | 第10-15页 |
| ·植物远缘杂交与种质资源创新 | 第10-13页 |
| ·植物远缘杂交可引起基因组变异，表观遗传变异和基因表达的改变 | 第13-14页 |
| ·远缘杂交可激活沉默的转座元件 | 第14-15页 |
| 2.转座子的研究概况 | 第15-20页 |
| ·转座子的概念 | 第15页 |
| ·转座子的分类、结构特征及在植物中的分布 | 第15-19页 |
| ·转座子与基因组进化 | 第19-20页 |
| 3.第二代测序技术和生物信息学的发展 | 第20-23页 |
| ·第二代测序技术的发展 | 第20-21页 |
| ·生物信息学的发展 | 第21-23页 |
| 本文研究的背景，目的和意义 | 第23-24页 |
| 材料与方法 | 第24-38页 |
| 1.实验材料 | 第24页 |
| 2.实验方法 | 第24-38页 |
| ·植物材料的准备 | 第24-25页 |
| ·植物基因组 DNA 的提取与纯化 | 第25-26页 |
| ·材料培养及接菌鉴定 | 第26-27页 |
| ·总 RNA 的提取（离心柱型） | 第27页 |
| ·总 RNA 质量的鉴定和电泳检测 | 第27-28页 |
| ·除 RNA 中基因组 DNA 和反转录 | 第28-29页 |
| ·Real-Time PCR | 第29-30页 |
| ·重测序建库 | 第30页 |
| ·对重测序原始数据进行生物信息学分析 | 第30-38页 |
| 结果与分析 | 第38-51页 |
| 1.水稻叶片基因组的提取 | 第38页 |
| 2. 水稻叶片总 RNA 的提取 | 第38-39页 |
| 3.重测序的生物信息学结果分析 | 第39-48页 |
| ·数据比对统计结果 | 第39-40页 |
| ·SNPs 和插入缺失（InDels）的统计分析 | 第40-43页 |
| ·SNPs 的注释 | 第43-46页 |
| ·菰序列的检测 | 第46页 |
| ·转座子分析 | 第46-48页 |
| 4.稻瘟病接种实验结果分析 | 第48-51页 |
| 讨论 | 第51-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-66页 |
| 附录 | 第66-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第76页 |