| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| ·蛋白质与配体相互作用 | 第12-17页 |
| ·蛋白-配体结合的化学和热力学基础 | 第12-13页 |
| ·实验上测量结合亲和力的方法 | 第13-14页 |
| ·蛋白-配体相互作用类型 | 第14-15页 |
| ·影响蛋白质-配体结合的其他因素 | 第15-16页 |
| ·蛋白-配体相互作用的研究方法 | 第16-17页 |
| ·计算机模拟概述 | 第17-19页 |
| ·环氧化物水解酶的研究背景 | 第19-26页 |
| ·sEH在哺乳动物组织中的分布情况 | 第19页 |
| ·sEH分子生物学 | 第19页 |
| ·环氧化物水解酶的结构及功能 | 第19-21页 |
| ·sEH抑制剂 | 第21-25页 |
| ·sEH抑制剂的潜在应用 | 第25-26页 |
| ·本文的研究内容 | 第26-28页 |
| 第二章 理论与计算方法 | 第28-44页 |
| ·分子对接 | 第28-33页 |
| ·分子对接原理 | 第29-33页 |
| ·搜索算法 | 第29-31页 |
| ·打分函数 | 第31-33页 |
| ·分子力场 | 第33-36页 |
| ·波恩-奥本海默近似 | 第33-34页 |
| ·力场势函数 | 第34-35页 |
| ·力场参数 | 第35-36页 |
| ·能量优化方法 | 第36页 |
| ·统计力学 | 第36-37页 |
| ·分子动力学模拟 | 第37-44页 |
| ·分子动力学的力学的基本假设 | 第38页 |
| ·运动方程积分 | 第38-39页 |
| ·AMBER力场 | 第39页 |
| ·溶剂模型 | 第39-40页 |
| ·周期性边界条件 | 第40-41页 |
| ·非键截断值 | 第41页 |
| ·温度压力调控 | 第41-44页 |
| 第三章 基于苯并恶唑的酰胺类抑制剂结合可溶性环氧化物水解酶的分子动力学模拟研究 | 第44-70页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·材料与计算方法 | 第45-49页 |
| ·体系的建立 | 第45-46页 |
| ·分子对接参数设置 | 第46-48页 |
| ·分子动力学模拟的参数设置 | 第48页 |
| ·MM-GB/SA方法计算结合自由能 | 第48-49页 |
| ·结果和讨论 | 第49-68页 |
| ·分子动力学模拟 | 第49-54页 |
| ·结合自由能计算 | 第54-56页 |
| ·环氧化物水解酶结合抑制剂的结合模式和氢键分析 | 第56-65页 |
| ·自由能分解分析 | 第65-68页 |
| ·结论 | 第68-70页 |
| 第四章 含哌嗪环的金刚烷1,3-二取代脲类抑制剂结合可溶性环氧化物水解酶的分子动力学模拟研究 | 第70-94页 |
| ·引言 | 第70-71页 |
| ·材料和方法 | 第71-76页 |
| ·配体的准备 | 第71-73页 |
| ·受体-配体复合物3D结构的建立 | 第73-74页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第74页 |
| ·MM-GB/SA结合自由能计算 | 第74-75页 |
| ·自由能分解 | 第75页 |
| ·氢键分析 | 第75-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-93页 |
| ·可溶性环氧化物水解酶的动力学模拟和相对稳定性 | 第76-78页 |
| ·结合自由能计算 | 第78-79页 |
| ·抑制剂结合模式以及氢键分析 | 第79-88页 |
| ·结合自由能分解 | 第88-93页 |
| ·结论 | 第93-94页 |
| 第五章 总结与展望 | 第94-98页 |
| ·论文总结 | 第94-96页 |
| ·展望 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-120页 |
| 致谢 | 第120-122页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的科研成果 | 第122页 |