| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-21页 |
| ·生物信息学概述 | 第10-16页 |
| ·生物信息学的背景介绍 | 第10-11页 |
| ·生物信息学的研究对象 | 第11-13页 |
| ·生物信息学的研究现状 | 第13-14页 |
| ·生物信息学的研究任务 | 第14-16页 |
| ·DNA 序列的研究 | 第16-17页 |
| ·研究DNA 序列的意义 | 第16页 |
| ·DNA 序列的研究内容 | 第16-17页 |
| ·蛋白质序列的研究 | 第17-19页 |
| ·研究蛋白质序列的意义 | 第17-18页 |
| ·蛋白质序列的研究内容 | 第18-19页 |
| ·本论文的主要研究内容 | 第19-21页 |
| 第二章 时间序列理论方法 | 第21-33页 |
| ·引言 | 第21-23页 |
| ·平稳时间序列分析 | 第23-28页 |
| ·AR 模型 | 第23-24页 |
| ·MA 模型 | 第24-25页 |
| ·ARMA 模型 | 第25-26页 |
| ·平稳序列建模 | 第26-28页 |
| ·非平稳时间序列分析 | 第28-32页 |
| ·ARIMA 模型 | 第29-30页 |
| ·ARFIMA 模型 | 第30-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第三章 DNA 序列的长记忆时间序列模型 | 第33-44页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·CGR-游走（CGR-walk）模型 | 第33-36页 |
| ·混沌游走（Chaos Walk）简介 | 第34页 |
| ·CGR 简介 | 第34-36页 |
| ·CGR-游走模型 | 第36页 |
| ·DNA 序列的CGR-游走序列数据分析 | 第36-43页 |
| ·NC_005336 orf 病毒DNA 序列的数据分析 | 第36-41页 |
| ·NC_005336 orf 病毒DNA 序列的模型检验与参数估计 | 第41-42页 |
| ·其它DNA 序列的数据分析 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第四章 利用短记忆模型去逼近长记忆DNA 序列模型 | 第44-68页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·利用ARMA（1,1）模型去逼近长记忆DNA 模型 | 第45-56页 |
| ·均方误差（MSE）准则 | 第45-50页 |
| ·DNA 序列分析 | 第50-56页 |
| ·利用ARMA（2, 2）模型去逼近长记忆DNA 模型 | 第56-66页 |
| ·残差方差比 | 第56-59页 |
| ·多步预测误差的方差比 | 第59-62页 |
| ·适应性ARMA（1, 1）模型与适应性ARMA（2, 2）模型的比较 | 第62-63页 |
| ·DNA 序列分析 | 第63-66页 |
| ·本章小结 | 第66-68页 |
| 第五章 具有缺失值的DNA 序列的最大似然估计及预测 | 第68-73页 |
| ·引言 | 第68页 |
| ·状态空间模型 | 第68-69页 |
| ·修正 Kalman 滤波公式 | 第69-71页 |
| ·DNA 序列分析 | 第71-72页 |
| ·本章小结 | 第72-73页 |
| 第六章 蛋白质序列的长记忆时间序列模型 | 第73-86页 |
| ·引言 | 第73页 |
| ·基于详细HP 模型的蛋白质序列的CGR-游走模型 | 第73-74页 |
| ·蛋白质序列分析 | 第74-84页 |
| ·Sulfolobus solfataricus P2 蛋白质序列分析 | 第74-79页 |
| ·Sulfolobus solfataricus P2 蛋白质序列的模型检验与参数估计 | 第79-80页 |
| ·其它的蛋白质序列分析 | 第80-84页 |
| ·本章小结 | 第84-86页 |
| 第七章 总结与展望 | 第86-88页 |
| ·总结 | 第86页 |
| ·展望 | 第86-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-96页 |
| 附录：作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第96页 |
