| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-11页 |
| 第一部分 前言 | 第11-26页 |
| 1 鹟亚科与莺亚科鸟类研究概述 | 第11-15页 |
| ·鹟亚科研究概述 | 第11-13页 |
| ·莺亚科研究概述 | 第13-15页 |
| 2 鸟类线粒体基因组概述 | 第15-19页 |
| ·鸟类线粒体基因组 | 第15-17页 |
| ·线粒体Cyt b基因 | 第17-18页 |
| ·线粒体COI基因 | 第18-19页 |
| 3 分子系统学研究方法 | 第19-24页 |
| ·取样策略 | 第20-21页 |
| ·序列比对 | 第21页 |
| ·系统发育树的构建 | 第21-23页 |
| ·多元数据集的分析 | 第23-24页 |
| 4 本研究的目的与意义 | 第24-26页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第26-38页 |
| 1 实验材料、仪器与试剂 | 第26-30页 |
| ·材料 | 第26页 |
| ·仪器与试剂 | 第26-30页 |
| 2 实验方法 | 第30-33页 |
| ·DNA提取与检测 | 第30-32页 |
| ·PCR扩增与检测 | 第32-33页 |
| ·纯化与测序 | 第33页 |
| 3 实验数据处理和分析 | 第33-38页 |
| ·序列编辑 | 第33页 |
| ·序列比对 | 第33-34页 |
| ·序列组成分析 | 第34页 |
| ·数据组系统发育信号检验 | 第34-35页 |
| ·构建系统树 | 第35-38页 |
| 第三部分 结果与分析 | 第38-125页 |
| 一 鹟亚科结果分析 | 第38-73页 |
| 1 基因组总DNA的提取、PCR扩增及序列的测定 | 第38页 |
| ·基因组总DNA提取 | 第38页 |
| ·PCR扩增产物的检测 | 第38页 |
| ·PCR产物测序 | 第38页 |
| 2 Cyt b基因序列分析 | 第38-47页 |
| ·序列组成分析 | 第39-40页 |
| ·氨基酸组成和密码子应用 | 第40-42页 |
| ·碱基组成偏向性检验 | 第42-43页 |
| ·未矫正遗传距离 | 第43页 |
| ·系统发育信号的评估 | 第43-47页 |
| 3 COI基因序列分析 | 第47-54页 |
| ·序列组成分析 | 第47-48页 |
| ·氨基酸组成和密码子应用 | 第48-50页 |
| ·碱基组成偏向性检验 | 第50-51页 |
| ·未矫正遗传距离 | 第51页 |
| ·系统发育信号的评估 | 第51-54页 |
| 4 Cyt b与COI联合数据集分析 | 第54-58页 |
| ·序列组成分析 | 第54-55页 |
| ·碱基组成偏向性检验 | 第55-56页 |
| ·Cyt b &COI系统发育信号的评估 | 第56-58页 |
| ·不相合性长度差异分析 | 第58页 |
| 5 鹟亚科系统发育分析 | 第58-73页 |
| ·简约法建树 | 第58-62页 |
| ·极似然法建树 | 第62-65页 |
| ·距离法建树 | 第65-67页 |
| ·贝叶斯法建树 | 第67-71页 |
| ·不同方法所构建系统树之比较 | 第71-73页 |
| 二 莺亚科结果分析 | 第73-114页 |
| 1 基因组总DNA的提取、PCR扩增及序列的测定 | 第73-74页 |
| ·基因组总DNA提取 | 第73页 |
| ·PCR扩增产物的检测 | 第73-74页 |
| ·PCR产物测序 | 第74页 |
| 2 Cyt b基因序列分析 | 第74-84页 |
| ·序列组成分析 | 第74-75页 |
| ·氨基酸组成和密码子应用 | 第75-76页 |
| ·碱基组成偏向性检验 | 第76-79页 |
| ·未矫正遗传距离 | 第79页 |
| ·系统发育信号的评估 | 第79-84页 |
| 3 COI基因序列分析 | 第84-92页 |
| ·序列组成分析 | 第84-85页 |
| ·氨基酸组成和密码子应用 | 第85-86页 |
| ·碱基组成偏向性检验 | 第86-88页 |
| ·未矫正遗传距离 | 第88页 |
| ·系统发育信号的评估 | 第88-92页 |
| 4 Cyt b与COI联合数据集分析 | 第92-95页 |
| ·序列组成分析 | 第92-93页 |
| ·碱基组成偏向性检验 | 第93页 |
| ·随机树长分布分析与PTP检验 | 第93-95页 |
| ·不相合性长度差异分析 | 第95页 |
| 5 莺亚科系统发育分析 | 第95-114页 |
| ·简约法建树 | 第95-100页 |
| ·极似然法建树 | 第100-103页 |
| ·距离法建树 | 第103-106页 |
| ·贝叶斯法建树 | 第106-109页 |
| ·不同方法所构建系统树之比较 | 第109-114页 |
| 三 鹟科四亚科比较分析 | 第114-125页 |
| 1 鹟亚科、莺亚科、鸫亚科及画眉亚科Cyt b结果分析 | 第114-117页 |
| ·序列组成分析 | 第114-115页 |
| ·碱基组成偏向性检验 | 第115页 |
| ·随机树长分布分析与PTP检验 | 第115-117页 |
| 2 鹟亚科、莺亚科COI结果分析 | 第117-119页 |
| ·序列组成分析 | 第117-118页 |
| ·碱基组成偏向性检验 | 第118页 |
| ·随即树长分布分析与PTP检验 | 第118-119页 |
| 3 四亚科系统发育分析 | 第119-125页 |
| ·似然法建树 | 第119-122页 |
| ·贝叶斯法建树 | 第122页 |
| ·构建合一树 | 第122-125页 |
| 第四部分 讨论 | 第125-136页 |
| 一 鹟亚科部分鸟类系统发育关系 | 第125-128页 |
| 1 寿带属、扇尾鹟属及方尾鹟属的系统分类地位 | 第125-126页 |
| 2 鹟属、仙鹟属及姬鹟属的系统发育关系 | 第126-127页 |
| 3 铜蓝鹟、白腹蓝鹟的系统分类地位 | 第127-128页 |
| 二 莺亚科部分鸟类系统发育关系 | 第128-133页 |
| 1 柳莺属的分类地位及其种间的系统发育关系 | 第128-129页 |
| ·柳莺属与鹟莺属的系统发育关系 | 第128-129页 |
| ·柳莺属内种间的亲缘关系 | 第129页 |
| 2 林莺属的分类地位 | 第129-130页 |
| 3 戴菊属及属内种间的分类地位 | 第130页 |
| 4 苇莺属的分类地位 | 第130-131页 |
| 5 鹪莺属与扇尾莺属、缝叶莺属的系统发育关系 | 第131-132页 |
| 6 树莺属的分类地位及其与地莺树、拟鹟莺属的系统发育关系 | 第132-133页 |
| 7 蝗莺属的分类地位及其与短翅莺属的系统发育关系 | 第133页 |
| 三 鹟亚科、莺亚科、鸫亚科、画眉亚科的系统发育关系 | 第133-136页 |
| 第五部分 总结 | 第136-139页 |
| 参考文献 | 第139-150页 |
| 附录一 鹟亚科Cyt b基因序列比对结果 | 第150-153页 |
| 附录二 鹟亚科COI基因序列比对结果 | 第153-155页 |
| 附录三 莺亚科Cyt b全基因序列比对结果 | 第155-161页 |
| 附录四 莺亚科COI基因序列比对结果 | 第161-167页 |
| 致谢 | 第167-168页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第168页 |
