| 目录 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 前言 | 第12-33页 |
| 一.真核基因组的组织结构及基因在基因组的非随机分布 | 第12-19页 |
| 基因的非随机分布与成簇分布 | 第12-15页 |
| 活性染色质核内的分布规律是形成基因间特定空间关系的基础 | 第15-17页 |
| 染色质空间近距离接近是普遍存在的 | 第17-19页 |
| 二.顺反式基因调控网络 | 第19-24页 |
| 顺式元件对基因的调控只与空间距离相关而与线性距离无关 | 第19-22页 |
| 调控元件也是转录工厂的重要组成部分 | 第22-24页 |
| 三.远距离调控元件的作用机制:Looping,linking和tracking模型 | 第24-27页 |
| 四.分子生物学方法研究核内染色质间相互作用 | 第27-28页 |
| 五.珠蛋白基因簇和ApoAⅤ-AⅠ-AⅣ-CⅢ基因簇的表达调控 | 第28-31页 |
| 六.本课题研究的理论问题与实验设计 | 第31-33页 |
| 材料与方法 | 第33-51页 |
| ·实验材料 | 第33-35页 |
| ·实验用生物材料 | 第33页 |
| ·BAC克隆 | 第33页 |
| ·交联试剂 | 第33页 |
| ·蛋白酶抑制剂 | 第33页 |
| ·限制性内切酶及其它修饰酶 | 第33页 |
| ·抗体 | 第33页 |
| ·其它主要试剂及试剂盒 | 第33-34页 |
| ·引物合成 | 第34页 |
| ·主要仪器 | 第34-35页 |
| ·实验方法 | 第35-51页 |
| ·本课题的实验流程 | 第35页 |
| ·染色质构象捕获技术 | 第35-42页 |
| ·染色质构象捕获(3C)的技术流程 | 第35-36页 |
| ·交联固定的细胞核的制备 | 第36-38页 |
| ·天孕鼠的准备 | 第36-37页 |
| 小鼠胚胎肝组织单细胞的分离与固定 | 第37页 |
| 细胞裂解与细胞核的分离 | 第37页 |
| 台盼蓝染色检测细胞裂解情况 | 第37页 |
| 非特异结合蛋白的洗脱与SDS的中和 | 第37-38页 |
| 细胞核的保存 | 第38页 |
| ·细胞核内染色质DNA的限制性内切酶消化与鉴定 | 第38页 |
| 细胞核的限制性内切酶消化 | 第38页 |
| 限制性内切酶消化效率的鉴定 | 第38页 |
| ·交联固定的染色质复合物内DNA分子的连接 | 第38-39页 |
| 细胞核的裂解与SDS的中和 | 第38-39页 |
| 染色质复合物内DNA分子的连接 | 第39页 |
| ·连接产物DNA的制备与定量 | 第39页 |
| 染色质复合物的解交联 | 第39页 |
| DNA片段的纯化、回收与定量 | 第39页 |
| ·对照模板的制备与分析 | 第39-41页 |
| BAC DNA的小量制备 | 第39-40页 |
| BAC DNA的混合与限制性内切酶消化 | 第40页 |
| 消化产物的连接 | 第40-41页 |
| 连接产物的纯化回收 | 第41页 |
| ·引物设计与鉴定 | 第41页 |
| ·连接产物DNA线性扩增范围的确定 | 第41-42页 |
| ·定量分析连接效率 | 第42页 |
| 连接产物DNA的PCR扩增 | 第42页 |
| ·Southern鉴定甲醛交联后限制性酶切效率 | 第42页 |
| ·相邻染色质的捕获及频率分析技术 | 第42-46页 |
| ·相邻染色质捕获技术(图2.3) | 第42-44页 |
| 3C模板DNA的第二步酶消化 | 第43-44页 |
| 反向PCR(Inverse PCR) | 第44页 |
| PCR产物的直接测序 | 第44页 |
| ·串联体测序(图2.4) | 第44-46页 |
| 接头替换 | 第44页 |
| Tags制备 | 第44-46页 |
| 串联体制备,回收及克隆 | 第46页 |
| ·染色质免疫共沉淀 | 第46-49页 |
| ·小鼠胚胎肝细胞的单细胞分离与固定 | 第46页 |
| ·交联固定后细胞核的裂解与保存 | 第46页 |
| ·染色质DNA的超声打断及鉴定 | 第46-47页 |
| ·特异抗体与染色质复合物的结合 | 第47页 |
| ·抗体与染色质复合物的沉淀和洗涤 | 第47页 |
| ·沉淀产物的洗脱 | 第47-48页 |
| ·染色质复合物的解交联与DNA片段的纯化、回收 | 第48页 |
| ·PCR定量分析 | 第48-49页 |
| ·捕获片段的功能分析 | 第49-51页 |
| 实验结果 | 第51-72页 |
| ·空间相邻染色质捕获技术的建立 | 第51-56页 |
| ·3C模板的制备 | 第51-55页 |
| ·Southern鉴定酶切效率在不同位点的一致性 | 第52-53页 |
| ·PCR检测3C模板DNA的质量 | 第53-55页 |
| ·ACT(Associated Chromatin Trap)技术的建立 | 第55-56页 |
| ·QACC(Quantitative Analysis of Captured Chromatin)技术的建立 | 第56页 |
| ·α-globin基因簇被捕获片段的统计 | 第56-63页 |
| ·被捕获片段在α-珠蛋白基因簇内的分布 | 第57-59页 |
| ·HS26所在NcoⅠ片段的loop结构 | 第59-60页 |
| ·被捕获片段在α-globin基因簇上游的看家基因区域的分布 | 第60-61页 |
| ·被捕获片段在小鼠11号染色体及其它染色体上的分布 | 第61-63页 |
| ·捕获的远距离调控元件的验证 | 第63-69页 |
| ·普通3C验证 | 第63-65页 |
| ·475A8片段RNApolⅡ的富集分析 | 第65-66页 |
| ·475A8的功能分析 | 第66-69页 |
| ·ApoAV启动子为引领片段捕获片段的统计 | 第69-72页 |
| ·被捕获片段在不同染色体上的分布 | 第70-72页 |
| 讨论 | 第72-83页 |
| 染色质空间关系研究的方法 | 第72-75页 |
| ACT-QACC研究对α-globin基因簇染色质结构的揭示 | 第75-77页 |
| HS26是α1和α2的专一增强子元件 | 第75-76页 |
| 上游看家基因参与α-globin基因簇为核心的转录工厂 | 第76-77页 |
| α-globin基因簇和ApoAV染色质环境的比较 | 第77-78页 |
| 475A8片段可能是α-globin基因的远距离调控元件 | 第78-81页 |
| 核内染色质片段的分布机制是转录工厂形成的基础 | 第81-83页 |
| 本研究的创新点 | 第83页 |
| 本研究的不足和展望 | 第83-85页 |
| 小结 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-91页 |
| 文献综述 | 第91-111页 |
| 英文名词及缩写 | 第111-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
| 个人简历 | 第114-116页 |
