| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-30页 |
| ·人类基因组计划 | 第9-11页 |
| ·HGP 产生的背景 | 第9-10页 |
| ·HGP 的任务 | 第10页 |
| ·HGP 的研究进展 | 第10-11页 |
| ·生物信息学 | 第11-14页 |
| ·飞速增长的生物信息 | 第11页 |
| ·生物信息学的产生背景 | 第11页 |
| ·生物信息学的概念 | 第11-12页 |
| ·生物信息学的主要研究内容 | 第12-14页 |
| ·生物信息学的研究意义 | 第14页 |
| ·关于本课题 | 第14-15页 |
| ·基因同义密码子的使用 | 第15-21页 |
| ·中心法则与遗传密码 | 第15-16页 |
| ·密码子的特性 | 第16-17页 |
| ·同义密码子使用偏性 | 第17-18页 |
| ·密码子使用偏性相关的数学量 | 第18-19页 |
| ·密码子使用偏性计算分析系统 | 第19-21页 |
| ·支持向量机 | 第21-30页 |
| ·机器学习理论 | 第21-24页 |
| ·支持向量分类机 | 第24-28页 |
| ·One-class 支持向量机 | 第28-29页 |
| ·支持向量机计算平台 | 第29-30页 |
| 第二章 影响基因密码子使用偏性的各种因素 | 第30-52页 |
| ·基因密码子使用偏性的生物学基础 | 第30页 |
| ·研究影响基因密码子使用偏性的因素有何生物学意义 | 第30-31页 |
| ·同义密码子使用偏性的统计分析方法 | 第31页 |
| ·H5N1 及其它A 型流感病毒密码子使用偏性分析 | 第31-37页 |
| ·数据 | 第31-32页 |
| ·H5N1 型病毒密码子使用偏性模式 | 第32页 |
| ·不同病毒基因组中的同义密码子使用模式 | 第32-37页 |
| ·结论 | 第37页 |
| ·衣原体密码子使用偏性分析 | 第37-47页 |
| ·数据 | 第38-40页 |
| ·基因组碱基组成对密码子使用模式的影响 | 第40-42页 |
| ·基因复制时的方向与密码子使用偏性的关系 | 第42-44页 |
| ·基因的表达水平与密码子使用偏性的关系 | 第44-46页 |
| ·其它可能影响密码子使用偏性的因素 | 第46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| ·酵母减数分裂重组冷热点密码子使用偏性分析 | 第47-51页 |
| ·数据 | 第48-49页 |
| ·结果与讨论 | 第49-50页 |
| ·结论 | 第50-51页 |
| ·本章总结 | 第51-52页 |
| 第三章 基因区段密码子使用偏性分析 | 第52-58页 |
| ·密码子区段使用偏性相关的数学量 | 第52页 |
| ·密码子区段使用偏性的研究意义 | 第52页 |
| ·酵母基因区段密码子使用偏性分析 | 第52-54页 |
| ·数据 | 第53页 |
| ·编码起始区附近密码子使用偏性分析 | 第53页 |
| ·编码终止区附近密码子使用偏性分析 | 第53-54页 |
| ·冠状病毒基因区段密码子使用偏性分析 | 第54-57页 |
| ·数据 | 第54-55页 |
| ·编码起始区附近密码子使用偏性分析 | 第55-56页 |
| ·编码终止区附近密码子使用偏性分析 | 第56-57页 |
| ·本章总结 | 第57-58页 |
| 第四章 G 蛋白偶联受体蛋白类型预测 | 第58-69页 |
| ·研究背景 | 第58-62页 |
| ·G 蛋白与G 蛋白偶联受体 | 第58-59页 |
| ·G 蛋白偶联受体类型 | 第59-60页 |
| ·G 蛋白偶联受体类型预测的研究现状 | 第60-62页 |
| ·数据及方法 | 第62-64页 |
| ·GPCR 数据来源 | 第62页 |
| ·序列特征的提取 | 第62页 |
| ·实验流程 | 第62-63页 |
| ·分类器性能的衡量标准 | 第63-64页 |
| ·实验结果 | 第64-66页 |
| ·GPCR 序列的识别 | 第64页 |
| ·GPCR 分类预测 | 第64-66页 |
| ·讨论 | 第66-69页 |
| 第五章 酵母基因组减数分裂重组冷热点分类 | 第69-74页 |
| ·研究背景 | 第69-70页 |
| ·减数分裂重组 | 第69-70页 |
| ·研究现状 | 第70页 |
| ·数据及方法 | 第70页 |
| ·数据 | 第70页 |
| ·序列特征的提取 | 第70页 |
| ·实验结果与讨论 | 第70-74页 |
| ·不同序列特征的预测准确率比较 | 第70-71页 |
| ·氨基酸组成对分类的影响 | 第71-72页 |
| ·密码子使用偏性对分类的影响 | 第72-74页 |
| 第六章 细菌基因组水平转移基因预测 | 第74-82页 |
| ·研究背景 | 第74-76页 |
| ·基因的水平转移 | 第74-75页 |
| ·基因水平转移的特点 | 第75页 |
| ·水平转移基因预测的研究现状 | 第75-76页 |
| ·数据及方法 | 第76-78页 |
| ·人工模拟的细菌基因组基因水平转移事件 | 第76-77页 |
| ·序列特征提取 | 第77页 |
| ·算法性能的衡量标准 | 第77-78页 |
| ·实验结果 | 第78-81页 |
| ·利用支持向量机对水平转移基因的预测 | 第78-79页 |
| ·对水平转移基因的分链预测 | 第79页 |
| ·利用One-class 支持向量机对水平转移基因的预测 | 第79页 |
| ·利用One-class 支持向量机对水平转移基因的分链预测 | 第79-80页 |
| ·算法在粪肠球菌基因组中的实际检验 | 第80-81页 |
| ·讨论 | 第81-82页 |
| 第七章 siRNA 降解效率预测 | 第82-87页 |
| ·研究背景 | 第82-83页 |
| ·RNA 干涉 | 第82页 |
| ·siRNA 降解效率预测的研究现状 | 第82-83页 |
| ·数据及方法 | 第83-85页 |
| ·实验数据 | 第83-84页 |
| ·序列特征提取 | 第84页 |
| ·实验方法 | 第84页 |
| ·算法性能的衡量标准 | 第84-85页 |
| ·实验结果及讨论 | 第85-87页 |
| 第八章 总结和展望 | 第87-89页 |
| ·论文总结 | 第87页 |
| ·工作展望 | 第87-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-102页 |
| 附录A | 第102-106页 |
| 作者简介 | 第106-107页 |
