| 前言 | 第1-33页 |
| 1 深海微生物特点及分类 | 第13-19页 |
| ·深海生态环境特点 | 第13-15页 |
| ·高压 | 第13-14页 |
| ·黑暗 | 第14页 |
| ·低温 | 第14页 |
| ·高度净化能力 | 第14页 |
| ·有机物含量低 | 第14-15页 |
| ·深海微生物的开发利用 | 第15-17页 |
| ·海洋药物的开发 | 第15页 |
| ·生物活性物质 | 第15-17页 |
| ·生物地球化学循环 | 第17页 |
| ·深海微生物的多样性及其分类 | 第17-19页 |
| 2 深海微生物的研究方法 | 第19-27页 |
| ·原位研究 | 第19页 |
| ·分离培养 | 第19-21页 |
| ·传统的分离培养方法 | 第19-20页 |
| ·新分离培养方法 | 第20-21页 |
| ·细胞微胶囊法 | 第20页 |
| ·扩散小室法 | 第20-21页 |
| ·分子生物学方法 | 第21-25页 |
| ·荧光原位杂交 | 第21页 |
| ·扩增片段长度多态性分析 | 第21-22页 |
| ·末端限制性片段长度多态性 | 第22-23页 |
| ·长度多态性PCR | 第23页 |
| ·限制性片段长度多态性 | 第23-24页 |
| ·扩增的rDNA限制酶切分析 | 第24页 |
| ·变性／温度梯度凝胶电泳 | 第24-25页 |
| ·16S rDNA在多样性分析中的应用 | 第25-27页 |
| 3 存在的问题及本研究的目的意义 | 第27-29页 |
| 参考文献 | 第29-33页 |
| 第一章 DGGE分析微生物多样性的DNA提取、纯化及16S rDNA扩增偏好性探讨 | 第33-68页 |
| 1 材料与方法 | 第34-44页 |
| ·材料 | 第34页 |
| ·DNA提取及纯化方法 | 第34-37页 |
| ·深海沉积物微生物DNA提取 | 第34-36页 |
| ·粗DNA的纯化 | 第36-37页 |
| ·DNA的检测 | 第37页 |
| ·16S rDNA片段的扩增 | 第37-38页 |
| ·PCR产物的检测 | 第38-40页 |
| ·琼脂糖电泳检测 | 第38页 |
| ·DGGE检测 | 第38-40页 |
| ·16S rDNA扩增偏好性探讨 | 第40-44页 |
| ·材料 | 第40页 |
| ·深海沉积物样品16S rDNA文库的构建及克隆测序 | 第40页 |
| ·克隆质粒DNA的提取，酶切回收及浓度检测 | 第40-41页 |
| ·PCR反应的模板及引物 | 第41-42页 |
| ·PCR条件 | 第42页 |
| ·PCR产物的酶切及检测 | 第42-44页 |
| 2 结果和分析 | 第44-56页 |
| ·四种方法提取DNA效果的比较 | 第44-45页 |
| ·两种方法对DNA的回收效果的比较 | 第45-47页 |
| ·PCR产物的检测 | 第47-53页 |
| ·琼脂糖检测 | 第47-50页 |
| ·1310bp片段的扩增 | 第47-48页 |
| ·210bp片段的扩增 | 第48-49页 |
| ·610bp片段的扩增 | 第49-50页 |
| ·210bp及610bp扩增产物的DGGE检测 | 第50-53页 |
| ·210bp片段DGGE比较 | 第50-51页 |
| ·610bp片段DGGE比较 | 第51-53页 |
| ·反应条件对16S rDNA PCR扩增偏好性的影响 | 第53-56页 |
| ·模板浓度对PCR偏好性的影响 | 第54-55页 |
| ·退火温度对PCR偏好性的影响 | 第55页 |
| ·循环次数对PCR偏好性的影响 | 第55-56页 |
| 3 小结 | 第56页 |
| 4 讨论 | 第56-64页 |
| ·环境样品微生物DNA的提取 | 第56-59页 |
| ·环境样品微生物DNA的纯化 | 第59页 |
| ·不同模板PCR产物的检测 | 第59-60页 |
| ·巢式PCR及降落PCR | 第60-61页 |
| ·PCR反应条件对产物偏好性的影响 | 第61-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 第二章 西北太平洋深海沉积物微生物多样性ARDRA分析 | 第68-108页 |
| 1 材料和方法 | 第69-76页 |
| ·材料 | 第69-70页 |
| ·沉积物样品的采集及保存 | 第69页 |
| ·菌株及质粒 | 第69-70页 |
| ·方法 | 第70-76页 |
| ·沉积物DNA的提取及纯化 | 第70页 |
| ·真细菌及古菌16S rDNA片段的扩增 | 第70-71页 |
| ·16S rDNA片段的回收及文库的构建 | 第71-73页 |
| ·菌落PCR及克隆的筛选 | 第73-75页 |
| ·菌落PCR | 第73页 |
| ·插入片段的ARDRA分析 | 第73-74页 |
| ·文库多样性分析 | 第74-75页 |
| ·系统发生分析 | 第75-76页 |
| 2 结果和分析 | 第76-99页 |
| ·深海沉积物总DNA的提取 | 第76页 |
| ·细菌16S rDNA文库的构建以及ARDRA分析 | 第76-91页 |
| ·16S rDNA片段的扩增及菌落PCR | 第76-78页 |
| ·插入片段Eco RI酶切图谱分析 | 第78-80页 |
| ·16S rDNA片段Rsa I酶切图谱分析 | 第80-82页 |
| ·文库种群多样性分析 | 第82-83页 |
| ·微生物遗传多样性分析 | 第83-91页 |
| ·五个样品总的分析 | 第83-89页 |
| ·各个样品分析 | 第89-90页 |
| ·克隆子遗传多样性分析 | 第90-91页 |
| ·古菌16S rDNA文库的构建以及ARDRA分析 | 第91-99页 |
| ·样品16S rDNA片段的扩增及菌落PCR | 第91-92页 |
| ·16S rDNA片段Eco RI酶切图谱分析 | 第92-93页 |
| ·16S rDNA片段Rsa I酶切图谱分析 | 第93-95页 |
| ·古菌16S rDNA文库的多样性分析 | 第95-97页 |
| ·古菌16S rDNA系统发生分析 | 第97-99页 |
| 3 小结 | 第99页 |
| 4 讨论 | 第99-104页 |
| ·环境样品总DNA 16S rDNA文库 | 第99-101页 |
| ·深海微生物的物质和能量代谢 | 第101-103页 |
| ·深海微生物的培养 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-108页 |
| 第三章 西北太平洋深海沉积物细菌多样性的DGGE分析 | 第108-124页 |
| 1 材料和方法 | 第109页 |
| ·材料 | 第109页 |
| ·方法 | 第109页 |
| 2 结果和分析 | 第109-118页 |
| ·样品Fl20614部分单克隆610bp及210bp片段的扩增 | 第109-110页 |
| ·所选单克隆G+C含量及系统发生分析 | 第110-115页 |
| ·两片段DGGE分析 | 第115页 |
| ·西北太平洋深海沉积物DGGE分析 | 第115-118页 |
| 3 小结 | 第118页 |
| 4 讨论 | 第118-121页 |
| ·DGGE的优缺点 | 第118-119页 |
| ·DGGE技术在微生物生态研究中的应用 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-124页 |
| 附图 | 第124-125页 |
| 博士期间发表文章 | 第125-126页 |
| 致谢 | 第126页 |
