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Armillariella sp.(E-20)cDNA文库的构建、部分克隆的随机测序及其生物信息学分析

摘要第1-6页
Abstract(英文摘要)第6-8页
目录第8-11页
缩略语表第11-12页
表格目录第12-13页
插图目录第13-15页
第一章 绪论第15-21页
   ·论文的目的和意义第15页
   ·国际国内研究状况和进展第15-20页
   ·论文主要内容的安排第20-21页
第二章 Armillariella sp.(E-20)cDNA文库的构建第21-33页
   ·前言第21页
   ·材料与方法第21-30页
     ·材料与主要仪器设备第21-24页
     ·Armillariella sp.(E-20)的培养第24页
     ·总RNA的提取第24-25页
     ·mRNA纯化第25页
     ·第一链cDNA的合成第25-26页
     ·LD-PCR合成第二链cDNA第26页
     ·蛋白酶K消化第26-27页
     ·Sfil酶切第27页
     ·cDNA的分级分离第27-28页
     ·cDNA与λTriplEx2载体连接及连接产物的体外包装第28页
     ·cDNA文库的滴度和重组率测定第28-29页
     ·cDNA文库的扩增及质量鉴定第29-30页
   ·结果与讨论第30-33页
     ·总RNA的提取第30-31页
     ·mRNA纯化第31页
     ·cDNA的第二链合成第31页
     ·cDNA的分级分离第31-32页
     ·未扩增cDNA文库的质量鉴定第32页
     ·扩增文库及其质量鉴定第32-33页
第三章 Armillariella sp.(E-20)cDNA文库部分克隆的随机测序第33-60页
   ·前言第33页
   ·材料与方法第33-36页
     ·材料与主要仪器设备第33-34页
     ·部分文库铺平板第34页
     ·随机挑选20个克隆转换克隆的形式第34-35页
     ·测序第35页
     ·测序结果的初步分析第35-36页
   ·结果与讨论第36-60页
     ·测序结果第36-40页
     ·多序列比对分析第40-41页
     ·VecScreen去除已测序列中的载体序列第41-49页
     ·BLAST同源性分析结果第49-60页
第四章 随机测序克隆序列的生物信息学分析第60-89页
   ·前言第60页
   ·材料与方法第60-65页
     ·材料与主要仪器设备第60页
     ·核酸序列的基本分析第60-61页
     ·开放阅读框(ORF)分析第61页
     ·密码子偏好性分析第61页
     ·E20-GPD蛋白质一级序列的基本分析第61页
     ·E20-GPD二级结构和功能预测第61-63页
     ·E20-GPD三级结构预测第63-64页
     ·同源性分析与系统发育分析第64-65页
   ·结果与讨论第65-89页
     ·核酸序列的基本分析第65-73页
     ·开放阅读框(ORF)分析第73-74页
     ·密码子偏好性分析第74-75页
     ·E20-GPD蛋白质一级序列的基本分析第75-76页
     ·E20-GPD二级结构和功能预测第76-81页
     ·E20-GPD三级结构预测第81-85页
     ·同源性分析与系统发育分析第85-89页
第五章 总结与展望第89-92页
参考文献第92-100页
附录1 测序峰形图第100-117页
附录2 测序序列多序列比对结果第117-132页
附录3 去除载体序列对GenBank EST数据库同源性分析结果第132-138页
附录4 E20-GPD氨基酸序列在GenBank中做BlastP分析第138-140页
附录5 E20-GPD同源建模所用模板第140-142页
附录6 同源性分析和系统发育分析所涉及15种真菌的分类学位置第142-144页
攻读硕士学位期间发表的学术论文第144-145页
致谢第145页

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