| 第一章 文献综述 | 第1-33页 |
| ·前言 | 第9-12页 |
| ·甲壳动物的免疫机制 | 第12-19页 |
| ·表层屏障 | 第12页 |
| ·细胞性防御 | 第12-14页 |
| ·体液性防御 | 第14-19页 |
| ·对虾免疫机制的分子生物学研究方法 | 第19-26页 |
| ·差异显示反转录(DDRT,Differential-Display Reverse Transcription) | 第19-20页 |
| ·cDNA 消减杂交技术 | 第20-21页 |
| ·表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST) | 第21页 |
| ·构建cDNA 文库 | 第21-22页 |
| ·直接差异cDNA 测序法(Direct differentia1 cDNA sequencing) | 第22页 |
| ·基因表达系列分析SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) | 第22页 |
| ·基因芯片 | 第22-24页 |
| ·单核苷酸多态性(SNPs,Single Nucleotide Polymorphisms) | 第24页 |
| ·单链构相分析(SSCA,Single Strand Conformation Polymorphism) | 第24页 |
| ·其它 | 第24-26页 |
| ·与大规模EST 测序相关的生物信息学方法 | 第26-31页 |
| ·高度自动化的实验数据的获得、加工和整理 | 第26页 |
| ·序列片段的拼接以及表达图 | 第26-27页 |
| ·基因功能注释(Annotation) | 第27-31页 |
| ·甲壳动物的性别控制及研究方法 | 第31-33页 |
| 第二章 中国对虾性别相关核酸片段的初步研究 | 第33-41页 |
| ·材料与方法 | 第34-37页 |
| ·总RNA 提取 | 第34-35页 |
| ·DNaseI 处理总RNA | 第35页 |
| ·RNA 反转录 | 第35页 |
| ·双随机引物对反转录产物的PCR 扩增 | 第35-36页 |
| ·总DNA 提取 | 第36页 |
| ·双随机引物对中国对虾基因组DNA 的扩增 | 第36-37页 |
| ·结果 | 第37-39页 |
| ·RNA 的反转录及其双随机引物对RNA 反转录产物的扩增 | 第37页 |
| ·双随机引物对中国对虾基因组DNA 的扩增 | 第37-39页 |
| ·分析与讨论 | 第39-41页 |
| ·双随机引物差异显示的结果 | 第39页 |
| ·中国对虾基因组随机引物扩增的差异 | 第39-40页 |
| ·改良后的mRNA 差异显示技术 | 第40页 |
| ·双随机引物对基因组的扩增 | 第40-41页 |
| 第三章 中国对虾cDNA 文库的构建 | 第41-54页 |
| ·材料与方法 | 第41-50页 |
| ·总RNA 提取 | 第41-42页 |
| ·无RNase 的DNaseI 处理总RNA | 第42页 |
| ·总RNA 浓度、完整度检测及mRNA 的分离、检测 | 第42-43页 |
| ·cDNA 第一链的合成 | 第43-44页 |
| ·cDNA 第二链的合成 | 第44页 |
| ·cDNA 双链的检测 | 第44页 |
| ·cDNA 双链的补平双链及沉淀 | 第44-45页 |
| ·对cDNA 双链进行磷酸化 | 第45页 |
| ·cDNA 双链EcoR I 接头的酶切 | 第45-46页 |
| ·适当大小cDNA 双链的回收 | 第46页 |
| ·连接载体的制备 | 第46-47页 |
| ·cDNA 的连接与质粒文库的电转化 | 第47-50页 |
| ·结果 | 第50-52页 |
| ·总RNA 浓度及完整度的检测结果 | 第50页 |
| ·双链完整度检测结果 | 第50页 |
| ·cDNA 中基因组污染的检测结果 | 第50-51页 |
| ·载体回收结果 | 第51页 |
| ·cDNA 文库连接转化后的电泳检测 | 第51-52页 |
| ·分析与讨论 | 第52-54页 |
| 第四章 中国对虾ESTs 大规模测序 | 第54-63页 |
| ·材料与方法 | 第54-58页 |
| ·质粒DNA 的大规模提取及其测序模板的制备 | 第54-56页 |
| ·测序 | 第56-58页 |
| ·结果 | 第58-61页 |
| ·cDNA 文库部分质粒DNA 电泳检测结果 | 第58页 |
| ·测序原始数据经Phred 程序处理后的部分结果 | 第58-61页 |
| ·分析与讨论 | 第61-63页 |
| 第五章 中国对虾ESTs 数据的生物信息学分析 | 第63-85页 |
| ·材料与方法 | 第63-66页 |
| ·序列拼接 | 第63-64页 |
| ·基因注释(gene annotation) | 第64页 |
| ·对虾ESTs 序列中简单重复序列(SSR)的收集 | 第64-66页 |
| ·结果 | 第66-76页 |
| ·测序进程分析和 ESTs 数据拼接 | 第66页 |
| ·基因注释 | 第66-68页 |
| ·已知基因的分析 | 第68-73页 |
| ·对虾cDNA 数据中SSR 的数量 | 第73-74页 |
| ·未知基因的功能预测结果 | 第74-76页 |
| ·分析与讨论 | 第76-85页 |
| ·序列拼接的软件 | 第76页 |
| ·关于测序进程Sequence Process | 第76-77页 |
| ·关于基因注释 | 第77-82页 |
| ·代谢途径 | 第82-83页 |
| ·数据中的微卫星 | 第83-85页 |
| 第六章 WSSV 感染中国对虾抑制性PCR 消减杂交cDNA 文库的构建 | 第85-101页 |
| ·材料与方法 | 第85-95页 |
| ·感染实验及其实验材料的收集 | 第85-86页 |
| ·WSSV 感染效果的检测 | 第86页 |
| ·cDNA 消减文库构建实验步骤 | 第86-95页 |
| ·结果 | 第95-99页 |
| ·感染实验前后实验材料的WSSV 检测 | 第95页 |
| ·总RNA 的检测结果 | 第95页 |
| ·RsaI 的酶切结果 | 第95-96页 |
| ·接头连接效果的检测结果 | 第96-97页 |
| ·第一次PCR 的扩增结果 | 第97页 |
| ·第二次PCR 的扩增结果 | 第97-98页 |
| ·第二次PCR 产物纯化后电泳结果 | 第98页 |
| ·消减文库阳性克隆PCR 验证结果 | 第98-99页 |
| ·分析与讨论 | 第99-101页 |
| 第七章 中国对虾cDNA 芯片的构建及初步试验 | 第101-149页 |
| ·材料与方法 | 第101-106页 |
| ·芯片上所点制克隆的来源 | 第102页 |
| ·点制芯片所用基因的筛选 | 第102-103页 |
| ·目的基因片段的PCR 扩增及其PCR 产物的纯化 | 第103页 |
| ·芯片的点制及芯片点制后的处理 | 第103-104页 |
| ·总RNA 的提取 | 第104页 |
| ·预杂交及RNA 探针的制备 | 第104-105页 |
| ·杂交、杂交后处理及杂交结果检测 | 第105-106页 |
| ·结果 | 第106-123页 |
| ·cDNA 文库、正反向消减文库质粒纯化和PCR 检测及作为杂交探针的总RNA 检测 | 第106-108页 |
| ·WSSV 感染六小时组织芯片杂交实验结果 | 第108-112页 |
| ·WSSV 发病后濒死对虾组织芯片杂交实验 | 第112-117页 |
| ·WSSV 感染六小时组织和WSSV 发病后濒死对虾组织两组芯片杂交实验的叠加结果 | 第117-123页 |
| ·分析与讨论 | 第123-149页 |
| ·材料方法对结果的影响 | 第123-124页 |
| ·WSSV 感染后六小时和WSSV 感染后濒死对虾组织中表达趋势(上下调节)一致的基因及其调节幅度 | 第124-134页 |
| ·消减文库中两组(4 张)芯片实验表达趋势(上下调节)一致的基因及其调节幅度 | 第134-137页 |
| ·EST 数据库中WSSV 感染六小时组织和WSSV 发病后濒死对虾组织表达趋势(上下调节)不一致的基因 | 第137-147页 |
| ·芯片杂交结果中出现的特殊情况 | 第147-149页 |
| 参考文献 | 第149-171页 |
| 致谢 | 第171页 |
