| 提要 | 第1-9页 |
| 第一篇 绪论 | 第9-35页 |
| 第一章 可溶性鸟苷酸环化酶概述 | 第9-23页 |
| ·sGC 的结构特点 | 第9-12页 |
| ·sGC 的功能 | 第12-14页 |
| ·sGC 活性调节剂 | 第14-19页 |
| ·一氧化氮（NO） | 第14-15页 |
| ·一氧化碳（CO） | 第15-16页 |
| ·YC-1 | 第16-17页 |
| ·BAY | 第17-18页 |
| ·ODQ | 第18-19页 |
| ·sGC 的活性调节机理 | 第19-23页 |
| 第二章 理论方法在sGC 研究中的应用 | 第23-35页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第23-27页 |
| ·从头折叠方法 | 第25页 |
| ·反相折叠方法 | 第25页 |
| ·同源模建方法 | 第25-27页 |
| ·分子动力学模拟 | 第27-31页 |
| ·分子动力学方法的应用 | 第27页 |
| ·分子动力学方法与力场 | 第27-30页 |
| ·分子动力学模拟系综 | 第30-31页 |
| ·量子化学计算 | 第31-32页 |
| ·量子化学计算方法 | 第31页 |
| ·量子化学的应用 | 第31-32页 |
| ·理论方法研究sGC 活性的调节机理 | 第32-35页 |
| 第二篇 可溶性鸟苷酸环化酶活性调节机理相关问题的理论研究 | 第35-109页 |
| 第一章 sGC-HNOX 结构域同源模建研究 | 第35-61页 |
| ·研究背景 | 第35-36页 |
| ·光谱学研究 | 第35页 |
| ·突变研究 | 第35-36页 |
| ·激活剂药物的筛选 | 第36页 |
| ·研究意义 | 第36-37页 |
| ·研究方法 | 第37-42页 |
| ·HNOX 结构域家族分析与模板选择 | 第37-39页 |
| ·Modeller 同源模建过程 | 第39页 |
| ·同源模型的筛选 | 第39-41页 |
| ·同源模型的评估 | 第41页 |
| ·卟啉辅基与sGC-HNOX 结构域同源模型的对接 | 第41-42页 |
| ·结果与讨论 | 第42-58页 |
| ·一级序列分析 | 第42-46页 |
| ·Tt-HNOX 为模板的同源模建研究 | 第46-52页 |
| ·Ns-HNOX 为模板的同源模建研究 | 第52-55页 |
| ·卟啉辅基对接到sGC-HNOX 结构域的结构模型 | 第55-56页 |
| ·Ts-HNOX、Ns-HNOX 及sGC-HNOX 结构域的结构对比 | 第56-58页 |
| ·结论 | 第58-61页 |
| 第二章 Y-S-R 基序与sGC-HNOX 结构域稳定性的关系 | 第61-81页 |
| ·研究背景 | 第61-62页 |
| ·研究意义 | 第62页 |
| ·研究方法 | 第62-68页 |
| ·分子力学的优化及分子动力学模拟 | 第62-64页 |
| ·分子动力学结果的分析 | 第64-68页 |
| ·结果与讨论 | 第68-79页 |
| ·Y-S-R 基序对RMSD 的影响 | 第68-69页 |
| ·Y-S-R 基序对RMSF 的影响 | 第69-70页 |
| ·Y-S-R 基序对二级结构的影响 | 第70-73页 |
| ·Y-S-R 基序对结构片段质心与蛋白质质心相对距离的影响 | 第73-75页 |
| ·Y-S-R 基序对特征空间构象变化的影响 | 第75-78页 |
| ·Y-S-R 基序对卟啉平面扭曲程度的影响 | 第78-79页 |
| ·结论 | 第79-81页 |
| 第三章 激活信号在sGC-HNOX 结构域的传递过程 | 第81-97页 |
| ·研究背景 | 第81-82页 |
| ·研究意义 | 第82页 |
| ·研究方法 | 第82-84页 |
| ·结果与讨论 | 第84-94页 |
| ·sGC-HNOX 结构域模型的结构特点 | 第84-85页 |
| ·分子动力学体系的稳定性 | 第85-86页 |
| ·配位键Fe-His 断裂引起的RMSD 变化 | 第86-88页 |
| ·Fe-His 断裂引发的蛋白质势能变化 | 第88-89页 |
| ·配位键Fe-His 断裂引发的特征空间构象变化 | 第89-93页 |
| ·Y-S-R 基序与配位键Fe-His 断裂的联系 | 第93-94页 |
| ·总结 | 第94-97页 |
| 第四章 配位键FE-HIS 的断裂机理 | 第97-109页 |
| ·研究背景 | 第97页 |
| ·研究意义 | 第97-98页 |
| ·研究方法 | 第98-100页 |
| ·HNOX 结构域家族序列分析 | 第98页 |
| ·分子动力学计算方法 | 第98-99页 |
| ·量子力学单点能计算 | 第99-100页 |
| ·结果与讨论 | 第100-107页 |
| ·分子动力学结果 | 第100-105页 |
| ·sGC 卟啉结构域中的LHxxL 基序 | 第105-106页 |
| ·单点能计算结果 | 第106-107页 |
| ·结论 | 第107-109页 |
| 第三篇 总结 | 第109-113页 |
| 参考文献 | 第113-127页 |
| 攻博期间发表的学术论文及其他成果 | 第127-128页 |
| 附录1 | 第128-129页 |
| 附录2 | 第129-134页 |
| 附录3 | 第134-136页 |
| 附录4 | 第136-137页 |
| 附录5 | 第137-138页 |
| 附录6 | 第138-141页 |
| 中文摘要 | 第141-145页 |
| 英文摘要 | 第145-149页 |
| 致谢 | 第149页 |
