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大数据先验模式构建膀胱癌非编码RNA全景图谱及SCARNA12的分子机制研究

个人简历第3-8页
中文摘要第8-12页
英文摘要第12-18页
前言第18-28页
    参考文献第26-28页
第一部分 基于大数据膀胱癌核心lncRNA的临床价值及部分验证第28-84页
    前言第28-31页
    1 材料和方法第31-39页
        1.1 测序数据来源及处理工具第31-32页
        1.2 获取膀胱癌中的差异表达lncRNAs(DELs)第32-33页
        1.3 用DELs构建预后风险评分第33-34页
        1.4 使用其他数据集验证膀胱癌预后DELs的表达情况第34-35页
        1.5 预后DELs的功能分析第35页
        1.6 低风险和高风险组的差异表达基因的潜在机制第35-36页
        1.7 DELs与邻近蛋白质编码基因之间的关系第36页
        1.8 基于细胞系和膀胱癌组织的四种DELs和 HIST4H4 的表达水平的内部验证第36-39页
    2 结果第39-72页
        2.1 膀胱癌中的DELs第39-42页
        2.2 基于DELs构建预后风险评分模型第42-51页
        2.3 使用其他数据验证四个DELs在膀胱癌中的临床意义第51-55页
        2.4 使用细胞系和临床膀胱癌组织样品检测四种DELs的表达第55-56页
        2.5 与预后DELs共表达的基因网络第56-59页
        2.6 低风险评分组和高风险评分组之间膀胱癌中差异表达基因(DEGs)的获取和功能评估第59-66页
        2.7 预后相关DEL AC010168.2 潜在的生物学功能分析第66-72页
    3 讨论第72-76页
    4 结论第76-78页
    参考文献第78-84页
第二部分 snoRNA在膀胱癌中的差异表达及SCARNA12 的临床意义和相关基因网络研究第84-131页
    前言第84-87页
    1 材料和方法第87-94页
        1.1 测序数据来源及处理工具第87-88页
        1.2 数据标准化处理及统计分析第88页
        1.3 细胞系及组织水平验证挖掘snoRNA结果第88-90页
        1.4 SCARNA12 功能分析第90-91页
        1.5 原位杂交实验第91-94页
    2 结果第94-123页
        2.1 膀胱癌中差异表达的小分子RNA第94页
        2.2 膀胱癌中snoRNA表达及差异表达谱的实验验证第94-104页
        2.3 SCARNA12 挖掘和功能分析第104-121页
        2.4 原位杂交实验第121-123页
    3 讨论第123-128页
    4 结论第128-129页
    参考文献第129-131页
第三部分 SCARNA12 对膀胱癌细胞生物学功能的影响第131-187页
    前言第131-132页
    1 材料和方法第132-170页
        1.1 SCARNA12 CRISPR-CAS9 质粒载体构建第132-153页
        1.2 GRNAZ质粒转染T24 细胞并筛选验证第153-157页
        1.3 QPCR验证单克隆细胞的SCARNA12和PHB2 表达量第157-161页
        1.4 细胞实验第161-167页
        1.5 动物实验第167-170页
    2 结果第170-182页
        2.1 细胞实验结果第170-181页
        2.2 裸鼠成瘤实验结果第181-182页
    3 讨论第182-184页
    4 结论第184-185页
    参考文献第185-187页
第四部分 SCARNA12 在膀胱癌中的潜在互作蛋白及信号通路调节研究第187-241页
    前言第187-188页
    1 实验材料和方法第188-204页
        1.1 测序材料第188-189页
        1.2 数据处理方法第189-194页
        1.3 RNA纯化染色质分离技术检测SCARNA12 结合第194-202页
        1.4 转录调控结合分析第202-204页
    2 结果第204-235页
        2.1 测序数据上游分析结果第204-206页
        2.2 下游DEGS分析第206-218页
        2.3 整合分析第218-223页
        2.4 CHIRP结果第223-228页
        2.5 BART分析结果第228-235页
    3 讨论第235-238页
    4 结论第238-239页
    参考文献第239-241页
第五部分 膀胱癌中SCARNA12 与可变剪接事件的关系研究第241-274页
    前言第241-243页
    1 材料和方法第243页
    2 分析方法第243-245页
        2.1 分析软件及环境第243页
        2.2 数据展示第243-244页
        2.3 统计分析第244页
        2.4 功能预测分析第244-245页
    3 结果第245-268页
        3.1 测序数据的SCARNA12 的可变剪接分析第245-253页
        3.2 组织水平SCARNA12 表达相关可变剪接事件第253-255页
        3.3 SCARNA12 可能影响膀胱癌的可变剪接事件第255-258页
        3.4 全面回顾膀胱癌组织中MRNA剪接事件第258-260页
        3.5 膀胱癌生存预后相关的可变剪接事件功能分析第260-268页
    4 讨论第268-270页
    5 结论第270-272页
    参考文献第272-274页
全文讨论第274-276页
综述第276-297页
    参考文献第292-297页
附录第297-302页
    一、中英文缩略语对照表第297-299页
    二、补充表格和图片第299-302页
致谢第302-305页
攻读学位期间发表的学术论文第305-308页

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