| 中文摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 引言 | 第12-13页 |
| 综述 | 第13-30页 |
| 1 组学数据与系统生物学 | 第13-21页 |
| 1.1 基于多组学数据研究疾病机制 | 第13-15页 |
| 1.2 组学数据的系统生物学研究 | 第15页 |
| 1.3 数学建模与实验 | 第15-18页 |
| 1.4 蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)数据库 | 第18-21页 |
| 2 BRD4基因综述 | 第21-30页 |
| 2.1 BRD4(Bromodomain Containing 4)研究概况 | 第21-25页 |
| 2.2 BRD4功能的结构基础 | 第25-28页 |
| 2.3 BRD4抑制剂及逆转耐药策略 | 第28-30页 |
| 第一篇 基于多组学数据和系统生物学研究BRD4基因功能 | 第30-51页 |
| 第一章 引言 | 第30-31页 |
| 第二章 材料和方法 | 第31-32页 |
| 2.1 生物医学组学数据库 | 第31页 |
| 2.2 系统生物学分析 | 第31页 |
| 2.3 组学数据分析及验证 | 第31-32页 |
| 第三章 结果 | 第32-45页 |
| 3.1 BRD4表达差异在RCC中的预后价值 | 第32-34页 |
| 3.2 蛋白质互作分析结果 | 第34-37页 |
| 3.3 BRD4表达差异对细胞周期调节蛋白影响的系统生物学分析 | 第37-41页 |
| 3.4 基于CCLE细胞系大数据验证BRD4系统生物学分析结果 | 第41-42页 |
| 3.5 TCGA肾癌临床数据(KIRC)验证BRD4系统生物学分析结果 | 第42-45页 |
| 第四章 讨论 | 第45-51页 |
| 4.1 BRD4的表观调控细胞周期是其预后价值的基础 | 第45页 |
| 4.2 BRD4表观调控细胞周期进程系统生物学分析 | 第45-46页 |
| 4.3 BRD4调节细胞周期与TGF-β通路相关 | 第46页 |
| 4.4 BRD4调节细胞周期是表观调控SMAD3后调节MYC转录的结果 | 第46-47页 |
| 4.5 BRD4表观调节SMAD3-MYC-CDK2正反馈环路决定TGF-β通路的致癌和抑癌作用 | 第47-49页 |
| 4.6 BRD4调控SMAD3-MYC-CDK2正反馈环路间接调控SMAD3-p21环路 | 第49页 |
| 4.7 与BRD4调控SMAD3相关的其他分子 | 第49-51页 |
| 第二篇 BRD4抑制剂JQ1药物基因组学分析 | 第51-64页 |
| 第一章 引言 | 第51-53页 |
| 第二章 材料与方法 | 第53-54页 |
| 2.1 数据来源 | 第53页 |
| 2.2 分析工具 | 第53页 |
| 2.3 关键分子表达与耐药的相关性分析 | 第53-54页 |
| 第三章 结果 | 第54-60页 |
| 3.1 细胞系及应用JQ1药物的IC50数据 | 第54-55页 |
| 3.2 NCBI中应用GEO2获得差异表达基因 | 第55-57页 |
| 3.3 DAVID富集分析通路与BRD4抑制剂敏感性 | 第57-58页 |
| 3.4 TGF-β通路关键基因表达与JQ1敏感性 | 第58-60页 |
| 第四章 讨论 | 第60-64页 |
| 4.1 基于分子特异性改变的小分子靶向药物治疗 | 第60页 |
| 4.2 细胞系药物基因组学数据指导临床药物应用 | 第60-61页 |
| 4.3 肿瘤细胞JQ1敏感性和耐药机制 | 第61-62页 |
| 4.4 合成致死效应(Syntheticlethality,SL)克服耐药 | 第62-63页 |
| 4.5 临床前景及局限性 | 第63-64页 |
| 第三篇 肾癌放射基因组学与肾癌分子亚型 | 第64-79页 |
| 第一章 引言 | 第64-66页 |
| 第二章 材料和方法 | 第66-68页 |
| 2.1 影像数据 | 第66-67页 |
| 2.2 聚类方法 | 第67页 |
| 2.3 人工神经网络(ANN) | 第67页 |
| 2.4 相关性分析 | 第67-68页 |
| 第三章 结果 | 第68-77页 |
| 3.1 肾癌放射组学判断肾癌患者生存期 | 第68-70页 |
| 3.2 肾癌放射组学判断肾癌分期 | 第70-72页 |
| 3.3 肾癌放射组学判断肾癌病理分级 | 第72-73页 |
| 3.4 肾癌分子亚型(包括基于mRNA、基因、拷贝数变化、甲基化、mirRNA等确立的亚型)及临床相关性 | 第73-74页 |
| 3.5 基于ANN实现放射组学判断肾癌分子亚型 | 第74-76页 |
| 3.6 BRD4抑制剂JQ1药物敏感性相关基因表达与放射组学特征的相关性 | 第76-77页 |
| 第四章 讨论 | 第77-79页 |
| 4.1 多组学研究指导临床靶向药物选择 | 第77-78页 |
| 4.2 人工神经网络(ANN) | 第78-79页 |
| 结论 | 第79-80页 |
| 创新性与局限性 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-91页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
