| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第13-21页 |
| 1.1 穗菝葜的研究概况 | 第13-15页 |
| 1.1.1 穗菝葜的生物学特征和地理分布 | 第13页 |
| 1.1.2 穗菝葜的分类学研究 | 第13页 |
| 1.1.3 穗菝葜的系统发育学研究 | 第13-15页 |
| 1.2 古特提斯植物区系 | 第15-16页 |
| 1.2.1 特提斯植物区系的演变和发展 | 第15页 |
| 1.2.2 特提斯植物区系起源的植物间断分布研究 | 第15-16页 |
| 1.3 亲缘地理学 | 第16-20页 |
| 1.3.1 亲缘地理学概述 | 第16页 |
| 1.3.2 亲缘地理学的相关理论 | 第16-18页 |
| 1.3.2.1 中性理论 | 第16-17页 |
| 1.3.2.2 溯祖理论 | 第17页 |
| 1.3.2.3 避难所 | 第17-18页 |
| 1.3.3 亲缘地理学相关的遗传标记 | 第18-20页 |
| 1.3.3.1 细胞器DNA | 第18页 |
| 1.3.3.2 核基因DNA | 第18页 |
| 1.3.3.3 微卫星标记 | 第18-19页 |
| 1.3.4.4 单核苷酸多态性 | 第19-20页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 第二章 基于微卫星标记的穗菝葜的群体多样性和遗传结构 | 第21-45页 |
| 2.1 穗菝葜微卫星引物开发 | 第21-34页 |
| 2.1.1 材料 | 第21页 |
| 2.1.2 方法 | 第21-25页 |
| 2.1.2.1 基因组总DNA的提取 | 第21-22页 |
| 2.1.2.2 基于转录组的穗菝葜SSR引物开发 | 第22-23页 |
| 2.1.2.3 微卫星引物筛选及最适退火温度确定 | 第23页 |
| 2.1.2.4 微卫星引物扩增效率和多态性检测 | 第23-25页 |
| 2.1.3 结果 | 第25-26页 |
| 2.1.3.1 转录组拼接和SSR频率和分布 | 第25页 |
| 2.1.3.2 SSR引物开发和初筛 | 第25-26页 |
| 2.1.3.3 微卫星引物的群体遗传学参数 | 第26页 |
| 2.1.4 结论 | 第26-34页 |
| 2.2 基于微卫星引物的穗菝葜群体多态性和群体结构 | 第34-45页 |
| 2.2.1 材料 | 第34页 |
| 2.2.2 方法 | 第34-35页 |
| 2.2.2.1 基因组DNA提取 | 第34页 |
| 2.2.2.2 微卫星引物的群体扩增和数据判读 | 第34页 |
| 2.2.2.3 数据分析 | 第34-35页 |
| 2.2.3 研究结果 | 第35-39页 |
| 2.2.3.1 穗菝葜群体的遗传多样性 | 第35-36页 |
| 2.2.3.2 穗菝葜的群体结构 | 第36-39页 |
| 2.2.4 讨论 | 第39-45页 |
| 第三章 基于简化基因组测序的穗菝葜群体遗传与系统发育分析 | 第45-61页 |
| 3.1 材料 | 第45页 |
| 3.2 方法 | 第45-52页 |
| 3.2.1 最适酶切组合的确定 | 第45-46页 |
| 3.2.1.1 不同酶切组合酶切预测 | 第45-46页 |
| 3.2.1.2 in-silico模拟酶切 | 第46页 |
| 3.2.2 穗菝葜双酶切简化基因组文库构建 | 第46-49页 |
| 3.2.2.1 基因组DNA提取 | 第46页 |
| 3.2.2.2 接头的设计和制备 | 第46-47页 |
| 3.2.2.3 基因组DNA酶切 | 第47页 |
| 3.2.2.4 接头连接 | 第47-48页 |
| 3.2.2.4 混样及文库纯化 | 第48页 |
| 3.2.2.5 目标片段选择 | 第48页 |
| 3.2.2.6 PCR扩增富集 | 第48-49页 |
| 3.2.3 文库的上机测序 | 第49-50页 |
| 3.2.4 数据处理 | 第50-51页 |
| 3.2.5 遗传结构分析 | 第51页 |
| 3.2.6 系统发育分析 | 第51页 |
| 3.2.7 穗菝葜生物地理学分析 | 第51-52页 |
| 3.2.7.1 穗菝葜分歧时间计算 | 第51-52页 |
| 3.2.7.2 祖先分布区重建 | 第52页 |
| 3.3 结果 | 第52-59页 |
| 3.3.1 最适酶切组合的确定 | 第52页 |
| 3.3.2 文库构建和质检 | 第52-54页 |
| 3.3.3 数据处理结果 | 第54页 |
| 3.3.4 穗菝葜群体遗传结构 | 第54-56页 |
| 3.3.5 穗菝葜系统发育分析 | 第56页 |
| 3.3.6 穗菝葜生物地理学分析 | 第56-59页 |
| 3.4 讨论 | 第59-61页 |
| 第四章 基于ENM模型的穗菝葜分布区重建 | 第61-66页 |
| 4.1 研究方法和内容 | 第61-63页 |
| 4.1.1 穗菝葜分布位点的获得 | 第61页 |
| 4.1.2 气候图层获取 | 第61-62页 |
| 4.1.3 生态位模拟 | 第62-63页 |
| 4.1.4 生态位最适生境的面积计算 | 第63页 |
| 4.2 研究结果 | 第63-65页 |
| 4.2.1 穗菝葜的潜在分布 | 第63-65页 |
| 4.2.2 穗菝葜各时期适宜生境的面积 | 第65页 |
| 4.3 小结 | 第65-66页 |
| 第五章 总结和展望 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-73页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
