| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 1 绪论 | 第10-28页 |
| 1.1 粪便污染水体的危害 | 第10-11页 |
| 1.1.1 粪便污染类型 | 第10页 |
| 1.1.2 粪便污染饮用水的危害 | 第10-11页 |
| 1.2 粪便污染的来源及解决途径 | 第11-12页 |
| 1.3 粪便污染源示踪技术 | 第12-15页 |
| 1.3.1 微生物源示踪技术的原理 | 第12-13页 |
| 1.3.2 微生物源示踪技术的分类 | 第13-15页 |
| 1.4 依赖数据库型方法的主要研究进展 | 第15-17页 |
| 1.4.1 抗生素抗性分析法 | 第15-16页 |
| 1.4.2 核糖印迹法 | 第16页 |
| 1.4.3 重复序列扩增法 | 第16页 |
| 1.4.4 16S—23S 基因间隔示踪法 | 第16-17页 |
| 1.4.5 脉冲场凝胶电泳 | 第17页 |
| 1.5 非依赖数据库型方法研究进展 | 第17-20页 |
| 1.5.1 血清学法 | 第17页 |
| 1.5.2 大肠杆菌的生物标记法 | 第17-18页 |
| 1.5.3 拟杆菌生物标记法 | 第18页 |
| 1.5.4 肠道细菌 Faecalibacterium 生物标记法 | 第18-19页 |
| 1.5.5 线粒体示踪技术 | 第19-20页 |
| 1.6 粪便污染源指示物的研究进展 | 第20-22页 |
| 1.6.1 大肠杆菌 | 第21页 |
| 1.6.2 肠球菌 | 第21页 |
| 1.6.3 双歧杆菌 | 第21页 |
| 1.6.4 产气荚膜梭菌 | 第21页 |
| 1.6.5 普雷沃氏菌 | 第21-22页 |
| 1.6.6 脆弱拟杆菌噬菌体 | 第22页 |
| 1.6.7 F+RNA 大肠杆菌噬菌体 | 第22页 |
| 1.6.8 肠道病毒 | 第22页 |
| 1.7 粪便污染示踪技术的研究现状 | 第22-23页 |
| 1.8 研究的目的、内容、和技术路线 | 第23-26页 |
| 1.8.1 研究目的 | 第23-24页 |
| 1.8.2 主要研究内容 | 第24页 |
| 1.8.3 技术路线 | 第24-26页 |
| 1.9 研究方法和创新点 | 第26-28页 |
| 1.9.1 样品采集及前处理 | 第26页 |
| 1.9.2 鸭源粪便中 Faecalibaterium 菌的 16S rDNA 序列文库的构建 | 第26页 |
| 1.9.3 构建可鉴别粪便污染的定量 PCR 检测方法 | 第26页 |
| 1.9.4 本研究的创新点 | 第26-28页 |
| 2 人和动物肠道 Faecalibacterium 菌群分布的研究 | 第28-44页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2. 实验材料 | 第29-31页 |
| 2.2.1 粪便样品采集 | 第29-30页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第30页 |
| 2.2.3 主要仪器设备 | 第30-31页 |
| 2.2.4 引物 | 第31页 |
| 2.3 实验方法 | 第31-35页 |
| 2.3.1 Faecalibacterium 菌粪便基因组 DNA 的提取 | 第31-33页 |
| 2.3.2 粪便基因组 DNA 的分析 | 第33页 |
| 2.3.3 模版 DNA 的稀释保存 | 第33页 |
| 2.3.4 人和动物肠道 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 的 PCR 扩增 | 第33-35页 |
| 2.3.5 琼脂糖凝胶电泳 | 第35页 |
| 2.4 结果与分析 | 第35-41页 |
| 2.4.1 粪便基因组 DNA 凝胶电泳结果 | 第35-36页 |
| 2.4.2 基因组 DNA 浓度和纯度测定结果 | 第36-39页 |
| 2.4.3 人和动物肠道 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 的 PCR 扩增结果 | 第39-40页 |
| 2.4.4 稳定性实验 | 第40-41页 |
| 2.4.5 灵敏性研究结果 | 第41页 |
| 2.5 本章小结 | 第41页 |
| 2.6 结果讨论 | 第41-44页 |
| 3 人源 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 示踪粪便污染源的研究 | 第44-52页 |
| 3.1 材料 | 第44-46页 |
| 3.1.1 粪便基因组 DNA | 第44页 |
| 3.1.2 试剂 | 第44-45页 |
| 3.1.3 引物 | 第45页 |
| 3.1.4 溶液的配制 | 第45页 |
| 3.1.5 琼脂糖凝胶的制备 | 第45-46页 |
| 3.1.6 主要仪器 | 第46页 |
| 3.2 人源 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 的 PCR 条件探索 | 第46-48页 |
| 3.2.1 人肠道 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 的 PCR 扩增 | 第46-48页 |
| 3.2.2 琼脂糖凝胶电泳 | 第48页 |
| 3.3 最适 PCR 反应条件的优化 | 第48页 |
| 3.3.1 退火温度的优化 | 第48页 |
| 3.3.2 引物浓度优化 | 第48页 |
| 3.3.3 模版浓度的优化 | 第48页 |
| 3.3.4 扩增循环数的优化 | 第48页 |
| 3.4 结果与分析 | 第48-50页 |
| 3.4.1 特异性实验 | 第49-50页 |
| 3.4.2 灵敏性研究结果 | 第50页 |
| 3.5 小结与讨论 | 第50-52页 |
| 3.5.1 小结 | 第50页 |
| 3.5.2 结果讨论 | 第50-52页 |
| 4 鸡源 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 示踪粪便污染源的研究 | 第52-56页 |
| 4.1 引言 | 第52页 |
| 4.2 实验材料 | 第52-53页 |
| 4.2.1 试剂 | 第52页 |
| 4.2.2 引物 | 第52页 |
| 4.2.3 仪器设备 | 第52-53页 |
| 4.3 实验方法 | 第53页 |
| 4.3.1 模板 DNA 的稀释 | 第53页 |
| 4.3.2 鸡源肠道 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 的 PCR 扩增 | 第53页 |
| 4.3.3 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第53页 |
| 4.4 结果与分析 | 第53-55页 |
| 4.5 小结与讨论 | 第55-56页 |
| 4.5.1 小结 | 第55页 |
| 4.5.2 结果讨论 | 第55-56页 |
| 5 鸭源 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 示踪粪便污染源的研究 | 第56-66页 |
| 5.1 引言 | 第56页 |
| 5.2 材料和仪器 | 第56-57页 |
| 5.2.1 主要试剂 | 第56页 |
| 5.2.2 仪器设备 | 第56页 |
| 5.2.3 引物 | 第56-57页 |
| 5.3 方法与步骤 | 第57-59页 |
| 5.3.1 鸭源 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 的 PCR 扩增 | 第57页 |
| 5.3.2 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第57页 |
| 5.3.3 PCR 扩增产物的回收和纯化 | 第57页 |
| 5.3.4 克隆质粒的构建 | 第57-58页 |
| 5.3.5 转入感受态细胞 | 第58页 |
| 5.3.6 制备质粒 DNA | 第58页 |
| 5.3.7 质粒的鉴定 | 第58-59页 |
| 5.3.8 测序 | 第59页 |
| 5.3.9 引物设计 | 第59页 |
| 5.4 结果与分析 | 第59-63页 |
| 5.4.1 鸭源 Faecalibaterium 菌 16S rDNA 的 PCR 扩增结果 | 第59-60页 |
| 5.4.2 转化结果 | 第60页 |
| 5.4.3 阳性克隆鉴定结果 | 第60-61页 |
| 5.4.4 测序与 Blast 结果 | 第61-63页 |
| 5.4.5 引物设计结果 | 第63页 |
| 5.5 小结与讨论 | 第63-66页 |
| 5.5.1 小结 | 第63-64页 |
| 5.5.2 结果讨论 | 第64-66页 |
| 6 结论与建议 | 第66-68页 |
| 6.1 结论 | 第66页 |
| 6.2 后续工作的建议 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-78页 |
| 附录 | 第78页 |
| A. 硕士学位期间发表和待发表的论文 | 第78页 |
| B. 硕士学位期间的参与的研究课题 | 第78页 |
