| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第1章 绪论 | 第15-45页 |
| 1.1 油桐概述及其分子生物学研究现状 | 第15-16页 |
| 1.2 转录组概述 | 第16-17页 |
| 1.3 转录组研究方法进展 | 第17-20页 |
| 1.3.1 基于候选基因的研究方法 | 第17页 |
| 1.3.2 微阵列技术 | 第17-18页 |
| 1.3.3 基于Sanger测序的研究方法 | 第18-19页 |
| 1.3.4 基于第二代测序技术的研究方法 | 第19-20页 |
| 1.4 第二代测序技术的优越性 | 第20-28页 |
| 1.4.1 样品制备的优越性 | 第20-21页 |
| 1.4.2 测序化学原理的优越性 | 第21-28页 |
| 1.5 第二代测序技术在转录组研究中的应用 | 第28-34页 |
| 1.5.1 蛋白质编码基因的注释 | 第28-29页 |
| 1.5.2 基因表达谱分析 | 第29页 |
| 1.5.3 转录组测序 | 第29-30页 |
| 1.5.4 非编码(noncoding)RNA的检测 | 第30-31页 |
| 1.5.5 转录组畸变和重组的检测 | 第31-32页 |
| 1.5.6 单核苷酸多态性的检测 | 第32-34页 |
| 1.6 第二代测序技术在木本植物转录组研究中的应用 | 第34-35页 |
| 1.6.1 新基因的发现和基因库的构建 | 第34页 |
| 1.6.2 表达谱研究 | 第34-35页 |
| 1.6.3 代谢途径的确定 | 第35页 |
| 1.6.4 分子标记的发现与筛选 | 第35页 |
| 1.7 高通量转录组研究方法存在的问题和展望 | 第35-36页 |
| 1.8 植物酰基-ACP硫酯酶(FAT)研究进展 | 第36-41页 |
| 1.8.1 植物酰基-ACP硫酯酶的分类及酶活性 | 第36-37页 |
| 1.8.2 植物FAT的蛋白结构 | 第37-39页 |
| 1.8.2.1 植物FAT蛋白一级结构 | 第37页 |
| 1.8.2.2 植物FAT的二级结构 | 第37-38页 |
| 1.8.2.3 植物FAT的三级结构 | 第38-39页 |
| 1.8.3 植物FAT的功能 | 第39-41页 |
| 1.8.3.1 在植物合成代谢中的作用 | 第39页 |
| 1.8.3.2 在植物生长发育中的作用 | 第39页 |
| 1.8.3.3 在植物抗病害中的作用 | 第39-40页 |
| 1.8.3.4 在基因工程育种方面的应用 | 第40-41页 |
| 1.9 植物B-酮酯酰ACP合酶(KAS Ⅲ)研究进展 | 第41-42页 |
| 1.10 研究的目的和意义 | 第42-43页 |
| 1.11 研究的主要内容和技术路线 | 第43-45页 |
| 1.11.1 研究的主要类容 | 第43-44页 |
| 1.11.2 研究的技术路线 | 第44-45页 |
| 第2章 油桐种子油脂合成期的转录组测序分析 | 第45-101页 |
| 2.1 材料 | 第45页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第45页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第45页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第45页 |
| 2.2 方法 | 第45-53页 |
| 2.2.1 油桐种子总RNA的提取 | 第45-47页 |
| 2.2.2 油桐种子的转录组测序 | 第47-48页 |
| 2.2.3 测序数据处理与分析 | 第48-53页 |
| 2.2.3.1 测序原始数据的处理 | 第49-50页 |
| 2.2.3.2 处理后序列的组装 | 第50-51页 |
| 2.2.3.3 Unigene的功能注释、GO分类与代谢通路分析 | 第51-52页 |
| 2.2.3.4 Unigene编码序列的预测 | 第52页 |
| 2.2.3.5 Unigene表达差异分析 | 第52页 |
| 2.2.3.6 差异表达Unigene的GO和Pathway分析 | 第52-53页 |
| 2.3 结果与分析 | 第53-100页 |
| 2.3.1 测序总RNA质量检测 | 第53-54页 |
| 2.3.2 测序原始数据统计 | 第54-55页 |
| 2.3.3 测序数据的组装 | 第55-60页 |
| 2.3.4 Unigene功能注释分析 | 第60-75页 |
| 2.3.4.1 Unigene注释结果统计 | 第60-63页 |
| 2.3.4.2 Unigene的蛋白相邻类的聚簇分析 | 第63-65页 |
| 2.3.4.3 Unigene的GO分类 | 第65-69页 |
| 2.3.4.4 Unigene参与的代谢途径分析 | 第69-75页 |
| 2.3.5 Unigene差异表达分析 | 第75-100页 |
| 2.3.5.1 差异表达Unigene数统计 | 第75-77页 |
| 2.3.5.2 差异表达Unigene的GO分类 | 第77-85页 |
| 2.3.5.3 差异表达Unigene参与的代谢途径分析 | 第85-100页 |
| 2.4 讨论 | 第100-101页 |
| 第3章 油桐种子油脂合成期脂肪酸合成与甘油磷脂代谢途径基因的表达分析 | 第101-110页 |
| 3.1 材料与方法 | 第101页 |
| 3.1.1 研究材料 | 第101页 |
| 3.1.2 方法 | 第101页 |
| 3.1.2.1 总RNA的提取与测序文库的构建 | 第101页 |
| 3.1.2.2 测序数据分析 | 第101页 |
| 3.2 结果与分析 | 第101-108页 |
| 3.2.1 油桐种子中脂肪酸合成途径关键基因表达模式分析 | 第101-104页 |
| 3.2.2 油桐种子中甘油磷脂代谢途径关键基因表达模式分析 | 第104-108页 |
| 3.3 讨论 | 第108-110页 |
| 第4章 酰基ACP硫酯酶A(FATA)基因的克隆 | 第110-129页 |
| 4.1 材料和方法 | 第110-118页 |
| 4.1.1 研究材料 | 第110页 |
| 4.1.2 方法 | 第110-118页 |
| 4.1.2.1 油桐叶片总DNA的提取 | 第110-111页 |
| 4.1.2.2 总RNA的提取 | 第111页 |
| 4.1.2.3 cDNA第一链的合成 | 第111页 |
| 4.1.2.4 油桐FATA基因全长cDNA的克隆 | 第111页 |
| 4.1.2.5 FATA基因CDS序列与基因组序列的克隆 | 第111-113页 |
| 4.1.2.6 PCR扩增产物的回收纯化及其与载体的连接 | 第113页 |
| 4.1.2.7 感受态细胞的制备与转化 | 第113-114页 |
| 4.1.2.8 蓝白斑筛选 | 第114页 |
| 4.1.2.9 菌落PCR | 第114页 |
| 4.1.2.10 基因相对表达量的Real-time PCR检测 | 第114-115页 |
| 4.1.2.11 序列比对、结构域分析、进化树分析与启动子元件分析 | 第115页 |
| 4.1.2.12 油桐FATA基因的Southern杂交分析 | 第115-117页 |
| 4.1.2.13 Thermal asymmetric interlaced PCR(TAIL-PCR) | 第117-118页 |
| 4.2 结果与分析 | 第118-128页 |
| 4.2.1 油桐FATA基因全长cDNA的克隆 | 第118-120页 |
| 4.2.2 油桐FATA基因CDS与基因组序列的克隆 | 第120页 |
| 4.2.3 油桐FATA基因的同源性比对和系统进化分析 | 第120-122页 |
| 4.2.4 油桐FATA基因的拷贝数检测 | 第122-124页 |
| 4.2.5 油桐FATA基因的表达模式分析 | 第124-126页 |
| 4.2.6 油桐FATA基因启动子的克隆 | 第126-128页 |
| 4.3 讨论 | 第128-129页 |
| 第5章 B-酮脂酰-ACP合酶Ⅲ(KAS Ⅲ)基因的克隆 | 第129-137页 |
| 5.1 材料与方法 | 第129-131页 |
| 5.1.1 研究材料 | 第129页 |
| 5.1.2 方法 | 第129-131页 |
| 5.1.2.1 油桐叶片总DNA的提取 | 第129页 |
| 5.1.2.2 总RNA的提取 | 第129页 |
| 5.1.2.3 cDNA第一链的合成 | 第129页 |
| 5.1.2.4 油桐KASⅢ基因全长cDNA的克隆 | 第129-130页 |
| 5.1.2.5 PCR扩增产物的回收纯化及其与载体的连接 | 第130页 |
| 5.1.2.6 感受态细胞的制备与转化 | 第130页 |
| 5.1.2.7 蓝白斑筛选 | 第130页 |
| 5.1.2.8 菌落PCR | 第130页 |
| 5.1.2.9 序列分析和结构预测 | 第130-131页 |
| 5.1.2.10 KASⅢ基因表达量检测 | 第131页 |
| 5.2 结果与分析 | 第131-135页 |
| 5.2.1 油桐KASⅢ基因全长cDNA的克隆 | 第131-132页 |
| 5.2.2 油桐KASⅢ基因的同源性比对和系统进化分析 | 第132-135页 |
| 5.2.3 油桐KASⅢ基因的表达模式分析 | 第135页 |
| 5.3 讨论 | 第135-137页 |
| 第6章 研究结论、创新点、研究展望和研究成果 | 第137-138页 |
| 6.1 研究结论 | 第137页 |
| 6.2 创新点 | 第137页 |
| 6.3 研究展望 | 第137页 |
| 6.4 已发表论文 | 第137-138页 |
| 参考文献 | 第138-157页 |
| 致谢 | 第157页 |
