| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-30页 |
| 1.1 研究工作的背景与意义 | 第12-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-22页 |
| 1.2.1 蓝藻基因组结构研究 | 第13-17页 |
| 1.2.2 蓝藻非编码RNA研究 | 第17-18页 |
| 1.2.3 蓝藻环境胁迫应答研究 | 第18-22页 |
| 1.3 相关生物信息学工具概述 | 第22-27页 |
| 1.4 本文的主要贡献与创新 | 第27-28页 |
| 1.5 本论文的结构安排 | 第28-30页 |
| 第二章 蓝藻新菌株基因组结构解析 | 第30-45页 |
| 2.1 引言 | 第30页 |
| 2.2 材料和方法 | 第30-32页 |
| 2.2.1 材料 | 第30页 |
| 2.2.2 基因组基本信息分析 | 第30-31页 |
| 2.2.3 本地比对数据库的构建 | 第31页 |
| 2.2.4 本地注释数据库的构建 | 第31-32页 |
| 2.2.5 次级代谢调控路径分析 | 第32页 |
| 2.2.6 进化树的构建 | 第32页 |
| 2.3 结果 | 第32-44页 |
| 2.3.1 Synechococcus PCC7336的基因组序列特征 | 第32-34页 |
| 2.3.2 蛋白质编码基因的功能 | 第34-42页 |
| 2.3.3 同源蛋白功能及分类 | 第42页 |
| 2.3.4 进化分析 | 第42-44页 |
| 2.4 本章小结 | 第44-45页 |
| 第三章 蓝藻非编码RNA及基因岛研究 | 第45-62页 |
| 3.1 引言 | 第45-46页 |
| 3.2 材料和方法 | 第46-48页 |
| 3.2.1 材料 | 第46页 |
| 3.2.2 序列提取 | 第46页 |
| 3.2.3 功能研究 | 第46-48页 |
| 3.2.4 进化树的构建 | 第48页 |
| 3.2.5 基因岛的预测 | 第48页 |
| 3.3 结果 | 第48-61页 |
| 3.3.1 Yfr1的生物学特征 | 第48-50页 |
| 3.3.2 Yfr7的生物学特征 | 第50-57页 |
| 3.3.3 Yfr家族其他成员 | 第57-58页 |
| 3.3.4 基因岛的功能分析 | 第58-61页 |
| 3.4 本章小结 | 第61-62页 |
| 第四章 酸环境下蓝藻基因调控机制的研究 | 第62-79页 |
| 4.1 引言 | 第62-63页 |
| 4.2 材料和方法 | 第63-65页 |
| 4.2.1 材料 | 第63页 |
| 4.2.2 初始模板的构建 | 第63页 |
| 4.2.3 模板扩展 | 第63-64页 |
| 4.2.4 预测基因的验证 | 第64页 |
| 4.2.5 基因网络的构建 | 第64-65页 |
| 4.3 结果 | 第65-77页 |
| 4.3.1 已知功能基因的映射 | 第65-67页 |
| 4.3.2 基于操纵子特征的模板扩展 | 第67-68页 |
| 4.3.3 基于 σ38的模板扩展 | 第68-70页 |
| 4.3.4 基于蛋白质相互关系的模板扩展 | 第70-73页 |
| 4.3.5 基于基因系统发育谱的模板扩展 | 第73-74页 |
| 4.3.6 预测基因的检验 | 第74-75页 |
| 4.3.7 酸应答调控网络的构建 | 第75-76页 |
| 4.3.8 酸环境下Synechocystis PCC6803基因的调控机制 | 第76-77页 |
| 4.4 本章小结 | 第77-79页 |
| 第五章 总结与展望 | 第79-84页 |
| 5.1 总结 | 第79-83页 |
| 5.1.1 蓝藻基因组 | 第79-81页 |
| 5.1.2 蓝藻非编码RNA | 第81-82页 |
| 5.1.3 蓝藻对环境胁迫的应答 | 第82-83页 |
| 5.2 展望 | 第83-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-98页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第98-99页 |