| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 前言 | 第13-25页 |
| 1 紫菜的生物学特性 | 第13-14页 |
| 1.1 紫菜的分类及价值 | 第13页 |
| 1.2 紫菜的栽培养殖 | 第13-14页 |
| 2 藻际微环境 | 第14-15页 |
| 3 紫菜病害概况介绍 | 第15-18页 |
| 3.1 紫菜丝状体和叶状体常见病害 | 第15页 |
| 3.2 国内外有关紫菜病害微生物学的研究进展 | 第15-17页 |
| 3.2.1 国外紫菜病害研究进展 | 第16页 |
| 3.2.2 国内紫菜病害研究进展 | 第16-17页 |
| 3.3 贝特氏菌属研究概述 | 第17-18页 |
| 4 海洋新菌的分类鉴定 | 第18-20页 |
| 4.1 基于遗传学的分类鉴定 | 第18-19页 |
| 4.2 表型特征鉴定 | 第19-20页 |
| 5 微生物基因组研究概况及内容 | 第20-24页 |
| 5.1 基因组测序技术 | 第21-22页 |
| 5.2 生物信息学 | 第22页 |
| 5.3 微生物基因组研究意义 | 第22-24页 |
| 6 本论文研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| 第一章 坛紫菜病原菌的分离及组织病理观察 | 第25-38页 |
| 1 材料与方法 | 第25-27页 |
| 1.1 发病坛紫菜和健康坛紫菜来源 | 第25页 |
| 1.2 病原菌的分离 | 第25页 |
| 1.3 病原菌感染紫菜叶状体实验 | 第25-26页 |
| 1.3.1 制定菌液标准曲线 | 第25-26页 |
| 1.3.2 人工回接感染实验 | 第26页 |
| 1.4 病原菌的生理生化和药物敏感分析 | 第26页 |
| 1.5 病原菌的16SrRNA基因序列分析 | 第26-27页 |
| 1.6 不同病原菌浓度感染紫菜的程度 | 第27页 |
| 2 结果 | 第27-36页 |
| 2.1 海区坛紫菜患病症状 | 第27-28页 |
| 2.2 人工感染实验及组织病理的观察 | 第28-31页 |
| 2.3 病原菌的生理生化特征及16SrRNA基因系统发育学分析 | 第31-35页 |
| 2.4 不同X1浓度感染坛紫菜的程度 | 第35-36页 |
| 3 讨论 | 第36-38页 |
| 第二章 坛紫菜绿烂病病原菌X1的系统鉴定 | 第38-49页 |
| 1 实验菌株 | 第38页 |
| 2 实验方法 | 第38-40页 |
| 2.1 基于遗传学的分类鉴定 | 第38页 |
| 2.2 表型特征鉴定 | 第38-39页 |
| 2.2.1 菌株菌落形态 | 第38页 |
| 2.2.2 革兰氏染色 | 第38页 |
| 2.2.3 鞭毛染色和透射电镜观察 | 第38-39页 |
| 2.3 生理生化鉴定 | 第39页 |
| 2.3.1 温度、盐度、pH对细菌生长的影响 | 第39页 |
| 2.3.2 胞外酶鉴定试验 | 第39页 |
| 2.3.3 唯一碳源利用试验 | 第39页 |
| 2.4 实验菌株API快速鉴定系统 | 第39-40页 |
| 2.4.1 运用API鉴定系统鉴定细菌 | 第39-40页 |
| 2.4.2 API VET鉴定系统进行药敏检测 | 第40页 |
| 2.5 化学分类特征 | 第40页 |
| 2.6 DNA-DNA杂交 | 第40页 |
| 3 实验结果 | 第40-48页 |
| 3.1 基于遗传学的分类鉴定结果 | 第40-41页 |
| 3.2 表型特征鉴定结果 | 第41-47页 |
| 3.2.1 菌落及菌体形态 | 第41页 |
| 3.2.2 生理生化特征 | 第41-45页 |
| 3.2.3 化学分类特征 | 第45-47页 |
| 3.3 DNA杂交结果 | 第47-48页 |
| 4 讨论 | 第48-49页 |
| 第三章 Cobetia pyropiae sp.nov.全基因组测序及分析 | 第49-65页 |
| 1 实验材料与方法 | 第49-52页 |
| 1.1 培养条件 | 第49页 |
| 1.2 X1基因组DNA的提取及质控检测 | 第49-50页 |
| 1.3 X1的全基因组测序 | 第50页 |
| 1.4 基因组序列拼接组装和组分分析 | 第50页 |
| 1.5 基因的预测及注释 | 第50页 |
| 1.6 基因功能分析 | 第50-51页 |
| 1.6.1 KEGG代谢途径分析 | 第50页 |
| 1.6.2 COG基因家族分类 | 第50-51页 |
| 1.7 毒力相关的基因分析 | 第51-52页 |
| 2 结果分析 | 第52-64页 |
| 2.1 基因组测序提取与质控检测 | 第52-53页 |
| 2.2 基因组序列的拼接、组装和注释分析 | 第53-55页 |
| 2.3 基因功能分类 | 第55-56页 |
| 2.4 基因功能分析 | 第56-64页 |
| 2.4.1 Ⅰ型分泌系统(Type Ⅰ secretion system) | 第56-60页 |
| 2.4.2 胞外多糖 | 第60页 |
| 2.4.3 胞外酶产物 | 第60页 |
| 2.4.4 菌毛和鞭毛 | 第60-61页 |
| 2.4.5 与环境相适应的基因 | 第61-64页 |
| 3 讨论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 附录 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
| 个人简历 | 第74-75页 |
| 附件 | 第75-94页 |
