| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第9-27页 |
| 1.1 计算生物学概论 | 第9-11页 |
| 1.1.1 计算生物学的产生和发展 | 第9页 |
| 1.1.2 计算生物学的研究内容和方法 | 第9-11页 |
| 1.2 分子对接 | 第11-15页 |
| 1.2.1 基本原理 | 第12页 |
| 1.2.2 方法分类 | 第12-13页 |
| 1.2.3 搜索算法和打分函数 | 第13-14页 |
| 1.2.4 分子对接软件介绍 | 第14-15页 |
| 1.3 分子动力学模拟 | 第15-17页 |
| 1.3.1 基本原理 | 第15页 |
| 1.3.2 积分算法 | 第15-16页 |
| 1.3.3 分子动力学模拟软件 | 第16-17页 |
| 1.3.4 分子动力学模拟基本过程 | 第17页 |
| 1.4 结合自由能计算 | 第17-21页 |
| 1.5 虚拟筛选 | 第21页 |
| 1.6 同源建模 | 第21-22页 |
| 1.7 α-葡萄糖苷酶及其抑制剂 | 第22-25页 |
| 1.7.1 α-葡萄糖苷酶简介 | 第22页 |
| 1.7.2 α-葡萄糖苷酶的结构特征 | 第22-24页 |
| 1.7.3 α-葡萄糖苷酶抑制剂的研究进展 | 第24-25页 |
| 1.8 研究目的和研究内容 | 第25-27页 |
| 2 α-葡萄糖苷酶与抑制剂的分子对接方法研究 | 第27-38页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-32页 |
| 2.2.1 对接流程 | 第27-28页 |
| 2.2.2 受体蛋白的分析和结构文件准备 | 第28-31页 |
| 2.2.3 配体的准备 | 第31页 |
| 2.2.4 分子对接 | 第31-32页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第32-37页 |
| 2.3.1 三种对接软件的比较 | 第32-36页 |
| 2.3.2 对接结果的结构和能量分析 | 第36-37页 |
| 2.4 本章小结 | 第37-38页 |
| 3 α-葡萄糖苷酶抑制剂的虚拟筛选 | 第38-55页 |
| 3.1 引言 | 第38-39页 |
| 3.2 材料与方法 | 第39-46页 |
| 3.2.1 虚拟筛选流程 | 第39-40页 |
| 3.2.2 受体蛋白的准备 | 第40-41页 |
| 3.2.3 配体的准备 | 第41页 |
| 3.2.4 对接体系和对接参数准备 | 第41-42页 |
| 3.2.5 虚拟筛选策略 | 第42-45页 |
| 3.2.6 虚拟筛选具体过程 | 第45-46页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第46-54页 |
| 3.3.1 虚拟筛选结果比较分析 | 第46-50页 |
| 3.3.2 相关性质对结合的影响 | 第50页 |
| 3.3.3 获得的小分子构象分析 | 第50-54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 4 α-葡萄糖苷酶抑制剂的分子动力学研究 | 第55-76页 |
| 4.1 引言 | 第55页 |
| 4.2 材料与方法 | 第55-57页 |
| 4.2.1 分子动力学模拟初始构象的准备 | 第55页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟过程 | 第55-56页 |
| 4.2.3 MM-GBSA结合自由能计算及能量分析 | 第56-57页 |
| 4.2.4 结合自由能分解 | 第57页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第57-75页 |
| 4.3.1 α-葡萄糖苷酶抑制剂结合模型的动力学模拟平衡性分析 | 第57-60页 |
| 4.3.2 α-葡萄糖苷酶抑制剂结合模型的RMSF分析 | 第60-63页 |
| 4.3.3 α-葡萄糖苷酶抑制剂结合模型的结合自由能分析 | 第63-64页 |
| 4.3.4 结合自由能的氨基酸残基分解 | 第64-70页 |
| 4.3.5 重点作用氨基酸残基分析 | 第70-73页 |
| 4.3.6 α-葡萄糖苷酶结合位点相互作用研究 | 第73-75页 |
| 4.3.7 构效关系分析 | 第75页 |
| 4.4 本章小结 | 第75-76页 |
| 结论 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-85页 |
| 附录A 55个小分子化合物的LeDock对接能(kcal/mol) | 第85-87页 |
| 附录B 虚拟筛选55种化合物分子结构及能量打分 | 第87-93页 |
| 附录C 虚拟筛选20种化合物相互作用 | 第93-98页 |
| 附录D 分子动力学模拟12种化合物相互作用 | 第98-109页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
