基于汉明距离的DNA短序列比对算法研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 课题背景 | 第8-10页 |
| 1.2 研究的目的和意义 | 第10-11页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第11-13页 |
| 1.4 本文的主要研究内容 | 第13-14页 |
| 第2章 新一代 DNA 测序数据的比对及相关方法 | 第14-22页 |
| 2.1 新一代测序技术及其测序数据 | 第14-15页 |
| 2.2 大规模 DNA 测序数据比对的主流方法 | 第15-18页 |
| 2.2.1 基于哈希表索引的比对方法 | 第15-17页 |
| 2.2.2 基于 BWT 索引的比对方法 | 第17-18页 |
| 2.3 参考基因组预处理 | 第18-20页 |
| 2.4 测序数据预处理 | 第20-21页 |
| 2.5 本章小结 | 第21-22页 |
| 第3章 基于汉明距离的比对算法 | 第22-50页 |
| 3.1 两个大数据块之间比对策略 | 第22-31页 |
| 3.1.1 短序列限定汉明距离的比对策略 | 第23-27页 |
| 3.1.2 块内排序片段限定汉明距离的比对策略 | 第27-31页 |
| 3.2 块内片段排序算法 | 第31-34页 |
| 3.3 可能比对块号生成算法 | 第34-41页 |
| 3.3.1 限定汉明距离的序列片段生成算法 | 第35-37页 |
| 3.3.2 限定汉明距离产生数据排序 | 第37-41页 |
| 3.4 汉明距离比对算法 | 第41-47页 |
| 3.5 时空复杂性分析 | 第47-49页 |
| 3.6 本章小结 | 第49-50页 |
| 第4章 算法的实现与评测 | 第50-57页 |
| 4.1 算法实现 | 第50-54页 |
| 4.2 性能分析 | 第54-56页 |
| 4.3 本章小结 | 第56-57页 |
| 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
