| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 1 前言 | 第17-41页 |
| 1.1 植物抗性机制研究进展 | 第17-29页 |
| 1.1.1 植物抗病机制模型 | 第17-19页 |
| 1.1.2 植物抗性（R）基因 | 第19-22页 |
| 1.1.3 病原物Avr基因产物结构与功能 | 第22-23页 |
| 1.1.4 植物与病原菌的互作模式 | 第23-24页 |
| 1.1.5 植物对病原菌的抗性信号传导 | 第24-28页 |
| 1.1.6 植物防卫反应的启动 | 第28-29页 |
| 1.2 番茄与叶霉菌的互作研究进展 | 第29-34页 |
| 1.2.1 番茄叶霉病抗性基因 | 第29-31页 |
| 1.2.2 叶霉菌Avr基因产物的结构和功能 | 第31-32页 |
| 1.2.3 Cf/Avr的蛋白识别复合体及下游防卫信号转导 | 第32-34页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第34-37页 |
| 1.3.1 高通量测序技术概述 | 第34页 |
| 1.3.2 转录组测序技术研究 | 第34-37页 |
| 1.4 VIGS技术在植物基因功能鉴定中的作用 | 第37-38页 |
| 1.5 研究目的意义 | 第38-39页 |
| 1.6 研究内容与技术路线 | 第39-41页 |
| 1.6.1 研究内容 | 第39-40页 |
| 1.6.2 研究技术路线 | 第40-41页 |
| 2 材料与方法 | 第41-61页 |
| 2.1 Cf-12 基因对C.fulvum的抗性特征 | 第41-42页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第41页 |
| 2.1.2 试验方法 | 第41-42页 |
| 2.2 Cf-12 基因对C.fulvum的抗性范围 | 第42-43页 |
| 2.3 Cf-12 基因的抗性遗传规律 | 第43页 |
| 2.3.1 试验材料 | 第43页 |
| 2.3.2 试验方法 | 第43页 |
| 2.4 番茄抗叶霉病Cf-12候选基因的筛选 | 第43-47页 |
| 2.4.1 LA0716、CGN7495两亲本重测序 | 第43-44页 |
| 2.4.2 LA0716与CGN7495 F_2代群体简化测序 | 第44-45页 |
| 2.4.3 亲本重测序与F_2代简化测序的关联分析 | 第45-46页 |
| 2.4.4 关联区域内Cf-12候选基因的获得 | 第46页 |
| 2.4.5 Cf-12候选基因编码蛋白的生物信息学分析 | 第46-47页 |
| 2.4.6 Cf-12候选基因的表达模式分析 | 第47页 |
| 2.5 Cf-12 番茄与C.fulvum非亲和互作的转录组学分析 | 第47-57页 |
| 2.5.1 试验材料 | 第48页 |
| 2.5.2 RNA测序文库的构建 | 第48页 |
| 2.5.3 RNA-seq生物信息分析流程 | 第48-51页 |
| 2.5.4 可变剪接的识别 | 第51页 |
| 2.5.5 基因的表达水平分析 | 第51-52页 |
| 2.5.6 RNA-seq样品间相关性分析 | 第52页 |
| 2.5.7 样品间差异表达基因的筛选 | 第52-53页 |
| 2.5.8 差异表达基因的GO分析 | 第53页 |
| 2.5.9 差异表达基因的Pathway分析 | 第53页 |
| 2.5.10 差异表达基因的蛋白互作分析 | 第53页 |
| 2.5.11 差异表达基因的转录因子分析 | 第53-54页 |
| 2.5.12 DEGs的q RT-PCR校验 | 第54-57页 |
| 2.6 部分基因的VIGS验证 | 第57-61页 |
| 2.6.1 VIGS载体的构建 | 第57-59页 |
| 2.6.2 VIGS农杆菌侵染体系的建立 | 第59-60页 |
| 2.6.3 基因沉默植株的C.fulvum侵染性鉴定 | 第60-61页 |
| 3 结果与分析 | 第61-135页 |
| 3.1 Cf-12 基因对C.fulvum的抗性特征 | 第61-64页 |
| 3.1.1 台盼蓝染色和抗病性鉴定 | 第61-63页 |
| 3.1.2 H_2O_2的染色监测 | 第63-64页 |
| 3.2 Cf-12 基因对C.fulvum的抗性范围 | 第64页 |
| 3.3 Cf-12 基因的抗性遗传规律分析 | 第64-67页 |
| 3.4 番茄抗叶霉病Cf-12 候选基因的筛选结果 | 第67-95页 |
| 3.4.1 亲本重测序及子代简化测序结果分析 | 第67-72页 |
| 3.4.2 亲本重测序与F_2代简化测序的关联分析 | 第72-74页 |
| 3.4.3 关联区域内Cf-12候选基因的确定 | 第74-79页 |
| 3.4.4 Cf-12候选基因及编码蛋白的生物信息学分析 | 第79-89页 |
| 3.4.5 候选基因编码蛋白的功能和交互网络分析 | 第89-94页 |
| 3.4.6 Cf-12候选基因的表达模式分析 | 第94-95页 |
| 3.5 Cf-12 番茄与C.fulvum非亲和互作的转录组学分析 | 第95-131页 |
| 3.5.1 样本RNA含量和质量检测结果 | 第95页 |
| 3.5.2 RNA-seq质量评估结果 | 第95页 |
| 3.5.3 参考序列的比对情况统计 | 第95-101页 |
| 3.5.4 基因表达水平和相关性分析 | 第101-104页 |
| 3.5.5 差异表达基因的识别 | 第104-108页 |
| 3.5.6 DEGs的qRT-PCR校验 | 第108-110页 |
| 3.5.7 非亲和互作的可变剪接识别 | 第110-116页 |
| 3.5.8 差异表达基因的GO分析 | 第116-120页 |
| 3.5.9 差异表达基因的Pathway分析 | 第120-129页 |
| 3.5.10 非亲和互作的转录因子分析 | 第129-130页 |
| 3.5.11 Cf-12番茄和C.fulvum非亲和互作的机制 | 第130-131页 |
| 3.6 部分基因的VIGS验证 | 第131-135页 |
| 3.6.1 质粒和目的基因片段的提取结果 | 第131-132页 |
| 3.6.2 含目的基因TRV2载体的构建结果 | 第132页 |
| 3.6.3 VIGS的症状调查 | 第132-135页 |
| 4 讨论 | 第135-144页 |
| 4.1 Cf-12基因与C.fulvum的互作特征 | 第135-136页 |
| 4.1.1 Cf与C.fulvum的亲和互作特征 | 第135页 |
| 4.1.2 Cf-12基因与C.fulvum的非亲和互作特征 | 第135-136页 |
| 4.2 Cf基因对C.fulvum生理小种的抗性范围 | 第136页 |
| 4.3 Cf-12 基因对C.fulvum的抗性遗传 | 第136-137页 |
| 4.4 亲本重测序与F_2代简化测序筛选Cf-12基因 | 第137-138页 |
| 4.5 Cf-12基因介导的对C.fulvum的抗性应答机制 | 第138-142页 |
| 4.5.1 抗性应答反应中的差异基因聚类 | 第139页 |
| 4.5.2 抗性应答反应中差异基因的可变剪接 | 第139-140页 |
| 4.5.3 抗性应答反应中差异表达基因的GO和Pathway分析 | 第140-142页 |
| 4.6 部分基因的VIGS侵染验证 | 第142-143页 |
| 4.7 本试验的创新点 | 第143页 |
| 4.8 展望 | 第143-144页 |
| 5 结论 | 第144-145页 |
| 致谢 | 第145-146页 |
| 参考文献 | 第146-167页 |
| 附录 | 第167-183页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第183页 |
