| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-21页 |
| 1.1 棉属的起源和分类 | 第12-14页 |
| 1.1.1 棉属的起源 | 第12页 |
| 1.1.2 棉属的分类 | 第12-14页 |
| 1.2 FISH技术概述 | 第14-17页 |
| 1.2.1 FISH技术的诞生与发展 | 第14-16页 |
| 1.2.2 FISH技术在植物中的应用 | 第16-17页 |
| 1.3 物理图谱的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.3.1 物理图谱概况 | 第17-18页 |
| 1.3.2 棉花的物理图谱构建情况 | 第18-19页 |
| 1.4 转座子概述 | 第19页 |
| 1.5 本实验的研究背景和目的意义 | 第19-21页 |
| 第二章 草棉1号染色体物理图谱的构建 | 第21-37页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第21-29页 |
| 2.1.1 BAC文库 | 第21页 |
| 2.1.2 选用的SSR标记及BAC克隆 | 第21-22页 |
| 2.1.3 棉花基因组DNA的提取 | 第22-23页 |
| 2.1.4 SSR标记在棉种基因组DNA中的PCR扩增 | 第23页 |
| 2.1.5 海岛棉PIMA 90-53 BAC文库的筛选 | 第23-24页 |
| 2.1.6 BAC DNA的提取 | 第24-26页 |
| 2.1.7 荧光原位杂交 | 第26-29页 |
| 2.2 结果与分析 | 第29-35页 |
| 2.2.1 阳性BAC克隆的获得 | 第29页 |
| 2.2.2 草棉1号物理图谱的构建 | 第29-31页 |
| 2.2.3 构建的物理图谱与遗传图谱的比较分析 | 第31-32页 |
| 2.2.4 两个BAC克隆在D_501、A_H01和D_H01染色体上的定位 | 第32-33页 |
| 2.2.5 分子标记在不同染色体上的位置比较分析 | 第33-35页 |
| 2.3 结论与讨论 | 第35-37页 |
| 2.3.1 A_101、D_501、A_H01和D_H01染色体着丝粒的定位 | 第35页 |
| 2.3.2 草棉1号染色体物理图谱的构建 | 第35页 |
| 2.3.3 物理图谱和遗传图谱的比较分析 | 第35-36页 |
| 2.3.4 两个SSR标记首次被定位到D_501和D_H01染色体上 | 第36-37页 |
| 第三章 CCICR转座子家族的发现与分析 | 第37-47页 |
| 3.1 材料与方法 | 第37-39页 |
| 3.1.1 特异BAC克隆 299N22 | 第37页 |
| 3.1.2 BAC克隆 299N22 DNA的提取及测序 | 第37页 |
| 3.1.3 生物信息学分析 | 第37页 |
| 3.1.4 CCICR转座子家族LTR的扩增 | 第37-38页 |
| 3.1.5 荧光原位杂交 | 第38页 |
| 3.1.6 同源片段的获得及共线性分析 | 第38-39页 |
| 3.2 结果与分析 | 第39-45页 |
| 3.2.1 BAC 299N22 所产生的杂交信号仅分布在棉花 A（亚）基因组的染色体上 | 第39-40页 |
| 3.2.2 CCICR 转座子家族的鉴定 | 第40页 |
| 3.2.3 CCICR转座子在棉种的分布情况 | 第40-41页 |
| 3.2.4 CCICR转座子家族生物信息学分析 | 第41-42页 |
| 3.2.5 对棉属进化的推测 | 第42-43页 |
| 3.2.6 同源片段的获得及共线性分析 | 第43-45页 |
| 3.3 讨论 | 第45-47页 |
| 3.3.1 CCICR转座子家族在棉属进化过程中起着重要的作用 | 第45页 |
| 3.3.2 棉属进化过程中基因组发生了很大变化 | 第45-47页 |
| 第四章 全文结论 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-55页 |
| 致谢 | 第55-57页 |
| 作者简历 | 第57页 |
