| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-22页 |
| 1 葡萄研究概述 | 第12-16页 |
| 1.1 葡萄具有重要的经济价值和悠久的历史文化价值 | 第12-14页 |
| 1.2 葡萄的研究历史 | 第14-15页 |
| 1.3 葡萄的基因组测序和后基因组时代 | 第15-16页 |
| 2 CDPK基因的发现和研究进展 | 第16-17页 |
| 2.1 CDPK基因的发现和与众不同的特点 | 第16页 |
| 2.2 CDPK基因的分布和工作机制 | 第16-17页 |
| 2.3 CDPK基因的生理生化功能 | 第17页 |
| 3 景天科酸代谢光合作用与兰花研究概述 | 第17-19页 |
| 3.1 光合作用研究 | 第17-18页 |
| 3.2 兰花在当今社会的经济文化价值 | 第18页 |
| 3.3 兰花的早期研究历史 | 第18-19页 |
| 4 PPCK基因的研究历史 | 第19页 |
| 4.1 PPCK基因的发现 | 第19页 |
| 4.2 PPCK的生理和生化作用 | 第19页 |
| 5 CDPK和PPCK的进化联系有待深入研究 | 第19-22页 |
| 5.1 CDPK与PPCK进化相关的提出 | 第19-20页 |
| 5.2 CDPK与PPCK进化联系的矛盾 | 第20-22页 |
| 第二章 CDPK基因和PPCK基因具有同一个KFC祖先基因 | 第22-52页 |
| 1 引言 | 第23-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-27页 |
| 2.1 取样和测序数据 | 第25页 |
| 2.2 多序列比对和进化树构建 | 第25-26页 |
| 2.3 蛋白质结构分析 | 第26页 |
| 2.4 基因的表达分析 | 第26-27页 |
| 3 结果 | 第27-48页 |
| 3.1 鉴定了真核生物中3大类的钙信号转换基因单系群 | 第27-32页 |
| 3.2 一个新的激酶合钙调素基因(kinase fuse calmodulin)家族 | 第32-33页 |
| 3.3 在葡萄等植物中KFC不同亚家族的起源和扩增 | 第33-38页 |
| 3.4 KFC基因和蛋白的结构创新 | 第38-41页 |
| 3.5 KFC基因的多样的功能对于植物适应的进化意义 | 第41-48页 |
| 4 讨论 | 第48-51页 |
| 4.1 真核生物进化出了三个将钙信号转换为蛋白磷酸化信号的转换者系统 | 第48-50页 |
| 4.2 不同的真核生物类群使用不同的钙信号转换者 | 第50页 |
| 4.3 葡萄等植物主要使用KFC作为其主要的钙信号转换者 | 第50-51页 |
| 4.4 KFC成员在植物类群演化中扮演了重要角色 | 第51页 |
| 5 本章致谢 | 第51-52页 |
| 第三章 葡萄CDPK基因家族进化和功能研究 | 第52-76页 |
| 1 引言 | 第53-54页 |
| 2 材料与方法 | 第54-58页 |
| 2.1 数据源和基因同源检索 | 第54页 |
| 2.2 序列的比对、序列校对,以及进化树的分析,以及Ka和Ks的计算 | 第54页 |
| 2.3 同源建模 | 第54-55页 |
| 2.4 基因表达分析 | 第55-57页 |
| 2.5 RNA提取,cDNA合成,以及实时荧光定量PCR | 第57-58页 |
| 3 结果与讨论 | 第58-74页 |
| 3.1 葡萄的基因组有17个CDPK基因,分类为4个亚家族 | 第58-62页 |
| 3.2 葡萄CDPK基因的起源和扩增 | 第62-65页 |
| 3.3 葡萄CDPK基因的结构分化 | 第65-67页 |
| 3.4 葡萄CDPK蛋白的工作机制初探 | 第67-69页 |
| 3.5 葡萄CDPK基因的表达谱显示了功能分化 | 第69-72页 |
| 3.6 葡萄CDPK基因复制后的命运:亚功能化和新功能化 | 第72-74页 |
| 4 结论 | 第74-75页 |
| 5 本章致谢 | 第75-76页 |
| 第四章 PPCK基因在景天科酸代谢中的进化和功能研究 | 第76-90页 |
| 1 引言 | 第77页 |
| 2 材料与方法 | 第77-78页 |
| 2.1 材料处理、取样、转录组测序 | 第77-78页 |
| 2.2 序列组装和注释 | 第78页 |
| 2.3 同源基因的鉴定和比较 | 第78页 |
| 3 结果 | 第78-86页 |
| 3.1 兰花转录组测序质量较高 | 第78-80页 |
| 3.2 基于单拷贝基因构建的兰花物种树 | 第80-81页 |
| 3.3 相比于葡萄等双子叶植物,PPCK基因在在兰科内经历了一次复制事件形成两个基因聚类 | 第81-82页 |
| 3.4 CAM兰花中PPCK基因在所有碳固定相关基因中昼夜表达差异最明显 | 第82-85页 |
| 3.5 CAM相关PPCK基因的序列和结构特征 | 第85-86页 |
| 4 讨论 | 第86-88页 |
| 4.1 兰花转录组的意义 | 第86-87页 |
| 4.2 兰花中两个PPCK亚家族都参与CAM显示剂量效应 | 第87页 |
| 4.3 CAM中可能存在两个碳固定通路,分别由PEPC-PPCK和ME-PPDK介导 | 第87页 |
| 4.4 PPCK的进化研究提供了了解对CAM起源的帮助 | 第87-88页 |
| 5 本章致谢 | 第88-90页 |
| 全文结论 | 第90-92页 |
| 创新点 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-102页 |
| 读博期间发表论文 | 第102-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
