| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 中英文缩略词表 | 第13-15页 |
| 第1章 前言 | 第15-23页 |
| 1.1 青藏高原隆起对生物进化的作用 | 第15-16页 |
| 1.2 雪雀属鸟类研究概况 | 第16-17页 |
| 1.3 比较基因组学和分子系统发生学 | 第17-18页 |
| 1.3.1 比较基因组学 | 第17-18页 |
| 1.3.2 分子系统发生学 | 第18页 |
| 1.4 线粒体基因组及其结构组成 | 第18-19页 |
| 1.4.1 线粒体简介 | 第18页 |
| 1.4.2 线粒体基因组的特点 | 第18-19页 |
| 1.4.3 线粒体基因组中的分子标记 | 第19页 |
| 1.5 鸟类线粒体基因组特征 | 第19-20页 |
| 1.6 分子生物进化学 | 第20-21页 |
| 1.7 分子系统发生学在雀形目鸟类中的应用 | 第21-22页 |
| 1.8 论文设计的意义、目的和主要技术路线 | 第22-23页 |
| 第2章 雪雀属与地雀属鸟类线粒体基因组测定 | 第23-47页 |
| 2.1 实验材料及仪器设备 | 第23-25页 |
| 2.1.1 标本采集与保存 | 第23页 |
| 2.1.2 实验仪器与试剂 | 第23-25页 |
| 2.1.3 数据分析软件 | 第25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-29页 |
| 2.2.1 总DNA的提取 | 第25页 |
| 2.2.2 总DNA的检测 | 第25-26页 |
| 2.2.3 PCR引物设计 | 第26-27页 |
| 2.2.4 PCR扩增体系及条件 | 第27-28页 |
| 2.2.5 PCR产物的纯化与测序 | 第28-29页 |
| 2.3 原始数据的处理 | 第29-30页 |
| 2.3.1 测序结果的拼接 | 第29页 |
| 2.3.2 线粒体基因组tRNA二级结构搜索和预测 | 第29-30页 |
| 2.3.3 srRNA和lrRNA基因二级结构的预测 | 第30页 |
| 2.3.4 线粒体全基因组组成情况的分析 | 第30页 |
| 2.4 实验结果 | 第30-47页 |
| 2.4.1 雪雀类鸟类线粒体基因组结构 | 第31-39页 |
| 2.4.2 基因组碱基组成特征 | 第39-40页 |
| 2.4.3 蛋白编码基因的密码子使用情况和氨基酸组成统计 | 第40-42页 |
| 2.4.4 tRNA基因及二级结构预测 | 第42页 |
| 2.4.5 rRNA基因及二级结构预测 | 第42-46页 |
| 2.4.6 控制区及其异质性 | 第46-47页 |
| 第3章 雀形目鸟类线粒体比较基因组学分析 | 第47-75页 |
| 3.1 数据分析方法 | 第47-48页 |
| 3.2 线粒体基因组结构比较 | 第48-67页 |
| 3.2.1 线粒体基因组各区域碱基含量分析 | 第48-50页 |
| 3.2.2 线粒体基因组蛋白质编码基因碱基含量分析 | 第50-53页 |
| 3.2.3 线粒体蛋白质编码基因分析 | 第53-67页 |
| 3.3 蛋白编码基因核酸及氨基酸序列变异分析 | 第67-69页 |
| 3.4 RNA二级结构分析 | 第69-70页 |
| 3.5 控制区比较 | 第70-71页 |
| 3.6 线粒体基因组排序 | 第71-72页 |
| 3.7 讨论 | 第72-75页 |
| 第4章 雀形目鸟类线粒体基因组谱系基因组学分析 | 第75-91页 |
| 4.1 外群选择 | 第77页 |
| 4.2 数据处理与质量评价检验 | 第77-80页 |
| 4.2.1 数据处理 | 第77-78页 |
| 4.2.2 数据质量评价检验 | 第78-80页 |
| 4.3 系统发生模型选择和系统发生树的构建 | 第80页 |
| 4.4 系统发生树构建结果 | 第80-88页 |
| 4.4.1 51种雀形目鸟类线粒体全基因组构建3种系统发生树 | 第80-81页 |
| 4.4.2 51种雀形目鸟类全线粒体蛋白质编码基因构建3种系统发生树 | 第81-82页 |
| 4.4.3 全线粒体蛋白质编码基因构建3种系统发生树 | 第82页 |
| 4.4.4 线粒体基因组rRNA构建系统发生树 | 第82页 |
| 4.4.5 线粒体基因组Cytb基因构建系统发生树 | 第82-88页 |
| 4.5 分析与讨论 | 第88-91页 |
| 第5章 雀形目鸟类分歧时间估算 | 第91-97页 |
| 5.1 分析方法 | 第91-92页 |
| 5.2 结果 | 第92-97页 |
| 第6章 雀形目鸟类线粒体基因组进化速率分析 | 第97-111页 |
| 6.1 方法设计 | 第97-100页 |
| 6.1.1 性状分类 | 第97-99页 |
| 6.1.2 dN、dS计算及比较分析 | 第99-100页 |
| 6.2 结果及分析 | 第100-109页 |
| 6.2.1 不同海拔高度鸟类之间进化速率的比较 | 第100-102页 |
| 6.2.2 留鸟和候鸟进化速率的比较 | 第102-104页 |
| 6.2.3 食性与进化速率的关系 | 第104-106页 |
| 6.2.4 分布地区与进化选择的关系 | 第106-109页 |
| 6.3 讨论 | 第109-111页 |
| 第7章 结论与创新 | 第111-115页 |
| 7.1 结论 | 第111-112页 |
| 7.2 创新之处 | 第112-113页 |
| 7.3 不足之处 | 第113-115页 |
| 参考文献 | 第115-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第131页 |
