| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 图表目录 | 第11-13页 |
| 缩略词 | 第13-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-33页 |
| ·研究目的与意义 | 第15页 |
| ·国内外研究现状 | 第15-32页 |
| ·空肠弯曲菌概述 | 第15-17页 |
| ·空肠弯曲菌耐药现状 | 第17页 |
| ·空肠弯曲菌酰胺醇类耐药机制研究 | 第17-18页 |
| ·转录组学及其在细菌耐药性研究中的应用 | 第18-22页 |
| ·蛋白质组学及其在细菌耐药性研究中的应用 | 第22-25页 |
| ·代谢组学及其在细菌耐药性研究中的应用 | 第25-32页 |
| ·研究内容与方法 | 第32-33页 |
| 第二章 酰胺醇类耐药空肠弯曲菌的链特异性转录组学研究 | 第33-63页 |
| ·材料与方法 | 第33-41页 |
| ·材料 | 第33-35页 |
| ·方法 | 第35-41页 |
| ·结果 | 第41-57页 |
| ·C.jejuni的最小抑菌浓度及靶位点突变 | 第41页 |
| ·C.jejuni总RNA样品制备 | 第41-42页 |
| ·C.jejuni总RNA样品质量分析 | 第42-44页 |
| ·测序产量及组装质量分析 | 第44页 |
| ·基因覆盖度、测序深度的分布(基因表达注释) | 第44-45页 |
| ·基因差异表达分析 | 第45-47页 |
| ·GO功能显著性富集分析 | 第47-49页 |
| ·Pathway分析 | 第49-51页 |
| ·新转录本预测 | 第51-53页 |
| ·SNP分析 | 第53页 |
| ·sRNA分析 | 第53-57页 |
| ·讨论 | 第57-61页 |
| ·介导CAP和FFC耐药C.jejuni差异基因的筛选 | 第57-58页 |
| ·介导CAP和FFC耐药C.jejuni的DEGs功能分析 | 第58-61页 |
| ·sRNA分析 | 第61页 |
| ·小结 | 第61-63页 |
| 第三章 基于SWATH-MS的酰胺醇类耐药空肠弯曲菌非标记定量蛋白质组学研究 | 第63-83页 |
| ·材料与方法 | 第63-67页 |
| ·材料 | 第63-65页 |
| ·方法 | 第65-67页 |
| ·结果与分析 | 第67-76页 |
| ·数据非依赖性采集评价方法的重现性 | 第67-68页 |
| ·nLC-MS运行和SWATH定量的重现性 | 第68-69页 |
| ·肽段的定量 | 第69-70页 |
| ·介导酰胺醇类耐药空肠弯曲菌的差异蛋白质 | 第70-73页 |
| ·GO功能分析 | 第73-75页 |
| ·Pathway分析 | 第75-76页 |
| ·讨论 | 第76-82页 |
| ·非标记定量技术(Label-free quantitation)的优势 | 第76-78页 |
| ·非标记定量分析的样品制备方法 | 第78-79页 |
| ·酰胺醇类耐药空肠弯曲菌差异蛋白的初步分析 | 第79-82页 |
| ·小结 | 第82-83页 |
| 第四章 酰胺醇类耐药空肠弯曲菌的非靶向代谢组学分析 | 第83-115页 |
| ·材料与方法 | 第83-91页 |
| ·材料 | 第83-86页 |
| ·方法 | 第86-91页 |
| ·结果与分析 | 第91-110页 |
| ·样品淬灭方法优化 | 第91-92页 |
| ·样品提取方法优化 | 第92-93页 |
| ·C.jejuni耐药株与敏感株非靶向代谢组学分析 | 第93-110页 |
| ·讨论 | 第110-114页 |
| ·C.jejuni代谢组学样品前处理方法 | 第110-111页 |
| ·介导C.jejuni酰胺醇类耐药差异代谢物分析 | 第111-113页 |
| ·多组学综合分析 | 第113-114页 |
| ·小结 | 第114-115页 |
| 第五章 结论 | 第115-116页 |
| 创新点 | 第116-117页 |
| 参考文献 | 第117-127页 |
| 附录 | 第127-139页 |
| 附录1 SWATH采集模式筛选的介导CAP耐药空肠弯曲菌的差异蛋白质 | 第127-134页 |
| 附录2 SWATH采集模式筛选的介导FFC耐药空肠弯曲菌的差异蛋白质 | 第134-139页 |
| 致谢 | 第139-141页 |
| 作者简介 | 第141页 |
