| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-10页 |
| 前言 | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-31页 |
| ·生物燃料的研究现状和挑战 | 第12-16页 |
| ·生物燃料的研究现状 | 第12-15页 |
| ·生物燃料面临的挑战 | 第15-16页 |
| ·纤维素抑制剂问题 | 第16-20页 |
| ·抑制剂的产生和毒性 | 第17页 |
| ·抑制剂的脱毒 | 第17-19页 |
| ·微生物对抑制剂胁迫响应机理的研究和组学手段的介入 | 第19-20页 |
| ·定量蛋白质组学 | 第20-27页 |
| ·定量蛋白质组学的相关技术 | 第20-24页 |
| ·~(18)O 标记定量蛋白质组学 | 第24-25页 |
| ·iTRAQ 定量蛋白质组学 | 第25-26页 |
| ·定量蛋白质组学在溶剂耐受性研究中的应用 | 第26-27页 |
| ·代谢工程在生物燃料中的应用 | 第27-28页 |
| ·利用脂肪酸途径生产生物燃料 | 第28-29页 |
| ·本课题的研究意义和研究内容 | 第29-31页 |
| ·研究意义 | 第29页 |
| ·研究内容 | 第29-31页 |
| 第二章 酿酒酵母对糠醛响应的~(18)O 标记定量蛋白质组学研究 | 第31-61页 |
| ·引言 | 第31-32页 |
| ·材料与方法 | 第32-41页 |
| ·主要仪器 | 第32页 |
| ·主要试剂 | 第32-33页 |
| ·酿酒酵母的培养 | 第33-34页 |
| ·发酵参数测定 | 第34页 |
| ·样品的提取，~(16)O/~(18)O 标记和2D-LC-MS/MS 分析 | 第34-37页 |
| ·定量实时PCR (RT-PCR) | 第37-40页 |
| ·NAD+/NADH 和ATP/ADP 分析 | 第40-41页 |
| ·结果与讨论 | 第41-60页 |
| ·糠醛对酿酒酵母的表征影响 | 第41-44页 |
| ·酿酒酵母在蛋白质水平上对糠醛的响应 | 第44-55页 |
| ·~(18)O 定量蛋白质组学定量结果的验证 | 第55-60页 |
| ·小结 | 第60-61页 |
| 第三章 糠醛耐受酿酒酵母对糠醛响应的~(18)O 标记定量蛋白质组学研究 | 第61-75页 |
| ·引言 | 第61-62页 |
| ·材料与方法 | 第62-63页 |
| ·主要仪器 | 第62页 |
| ·主要试剂 | 第62页 |
| ·糠醛耐受酿酒酵母菌株的适应进化 | 第62页 |
| ·酿酒酵母的培养 | 第62-63页 |
| ·发酵参数测定 | 第63页 |
| ·蛋白样品的提取，~(16)O/~(18)O 标记和2D-LC-MS/MS 分析 | 第63页 |
| ·结果与讨论 | 第63-74页 |
| ·糠醛耐受菌株的表征 | 第63-65页 |
| ·酿酒酵母糠醛耐受菌株在蛋白质水平上对糠醛的响应 | 第65-67页 |
| ·与蛋白质合成相关的差异蛋白 | 第67-68页 |
| ·与细胞代谢相关的差异蛋白 | 第68-69页 |
| ·与压力胁迫相关的差异蛋白 | 第69-71页 |
| ·与细胞运输、运输细胞器和运输途径相关的差异蛋白 | 第71-74页 |
| ·小结 | 第74-75页 |
| 第四章 酿酒酵母原始菌株和苯酚耐受菌株对苯酚响应机制的比较蛋白质组学研究 | 第75-93页 |
| ·引言 | 第75-76页 |
| ·材料与方法 | 第76-77页 |
| ·主要仪器 | 第76页 |
| ·主要试剂 | 第76页 |
| ·苯酚耐受酿酒酵母菌株的适应进化 | 第76页 |
| ·酿酒酵母的培养 | 第76-77页 |
| ·发酵参数的测定 | 第77页 |
| ·蛋白样品的提取，~(16)O/~(18)O 标记和2D-LC-MS/MS 分析 | 第77页 |
| ·结果与讨论 | 第77-92页 |
| ·相对比较蛋白质组学的定量情况 | 第77-78页 |
| ·酿酒酵母普通菌株对苯酚在蛋白质水平上的响应情况 | 第78-80页 |
| ·酿酒酵母耐受菌株对苯酚在蛋白质水平上的响应情况 | 第80-85页 |
| ·糠醛和苯酚相关~(18)O 标记定量蛋白质组学数据的比较 | 第85-92页 |
| ·小结 | 第92-93页 |
| 第五章 酿酒酵母对非致死浓度糠醛的响应机制的时间序列定量蛋白质组学研究 | 第93-112页 |
| ·引言 | 第93页 |
| ·材料与方法 | 第93-97页 |
| ·主要试剂 | 第93页 |
| ·主要仪器 | 第93-94页 |
| ·酿酒酵母在发酵罐中的培养 | 第94页 |
| ·发酵参数的测定 | 第94页 |
| ·蛋白样品的制备和iTRAQ 试剂的标记 | 第94-95页 |
| ·利用强阳离子交换柱分离蛋白样品 | 第95页 |
| ·1-D nano-LC/MS/MS 分析 | 第95-96页 |
| ·数据分析 | 第96-97页 |
| ·结果与讨论 | 第97-110页 |
| ·非致死浓度糠醛（8 g/L）对酿酒酵母乙醇发酵的影响 | 第97-98页 |
| ·酿酒酵母在蛋白质水平上对非致死糠醛浓度的响应情况 | 第98-102页 |
| ·蛋白质合成 | 第102-103页 |
| ·含硫氨基酸生物合成途径 | 第103-105页 |
| ·碳中心代谢 | 第105-108页 |
| ·压力胁迫响应 | 第108-110页 |
| ·小结 | 第110-112页 |
| 第六章 以大肠杆菌为底盘细胞构建合成脂肪酸类产品的功能模块 | 第112-129页 |
| ·引言 | 第112-113页 |
| ·材料与方法 | 第113-118页 |
| ·菌种和培养条件 | 第113页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备和热转化 | 第113-114页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备和电转化 | 第114-115页 |
| ·质粒的提取 | 第115页 |
| ·PCR 扩增 | 第115-116页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳 | 第116页 |
| ·基因敲除 | 第116-117页 |
| ·脂肪酸和三酰甘油的分析 | 第117-118页 |
| ·HPLC 分析 | 第118页 |
| ·结果与讨论 | 第118-128页 |
| ·整个代谢途径改造的设计 | 第118-121页 |
| ·利用合成生物学的模块化理念对脂肪酸途径进行理性改造 | 第121-122页 |
| ·基因组简化的底盘细胞的构建和表征 | 第122-125页 |
| ·三酰甘油的合成模块构建与功能发挥 | 第125-128页 |
| ·小结 | 第128-129页 |
| 第七章 结论和展望 | 第129-133页 |
| ·结论 | 第129-131页 |
| ·创新点 | 第131页 |
| ·展望 | 第131-133页 |
| 参考文献 | 第133-144页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第144-145页 |
| 致谢 | 第145页 |
