| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-30页 |
| ·土壤微生物多样性 | 第12页 |
| ·农田土壤氮循环 | 第12-13页 |
| ·硝化作用及其功能微生物 | 第13-16页 |
| ·硝化作用 | 第13页 |
| ·硝化过程中的氨氧化微生物 | 第13-16页 |
| ·氨氧化细菌分布及其分类 | 第13-14页 |
| ·氨氧化古菌的发现及其研究现状 | 第14-16页 |
| ·amoA基因在氨氧化微生物多样性上的应用及其研究进展 | 第16-18页 |
| ·氨单加氧酶(Ammonia monooxygenase,AMO)及amoA基因 | 第16-17页 |
| ·amoA基因的在AOB和AOA中的应用及研究进展 | 第17-18页 |
| ·土壤微生物多样性的研究方法 | 第18-28页 |
| ·生物标志物法(Biomarker) | 第18-20页 |
| ·Biolog微平板法 | 第20-21页 |
| ·分子生物学方法 | 第21-28页 |
| ·扩增性rDNA限制性酶切片段分析(ARDRA) | 第21页 |
| ·限制性片段长度多态性分析(RFLP)和末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP) | 第21-23页 |
| ·随机引物扩增多态性DNA(RAPD) | 第23页 |
| ·单链构象性多态性分析(SSCP) | 第23-24页 |
| ·荧光原位杂交(FISH) | 第24页 |
| ·克隆文库分析法 | 第24-25页 |
| ·变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第25-26页 |
| ·实时荧光定量PCR(Real-time PCR) | 第26-28页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第28-29页 |
| ·技术路线 | 第29-30页 |
| 第二章 长期施肥对土壤养分和水稻产量的影响 | 第30-38页 |
| ·材料与方法 | 第30-32页 |
| ·研究区概况与试验设计 | 第30-31页 |
| ·土样采集与处理 | 第31页 |
| ·土壤基本养分含量测定 | 第31页 |
| ·数据处理 | 第31-32页 |
| ·结果与分析 | 第32-36页 |
| ·长期施肥对水稻产量的影响 | 第32页 |
| ·长期施肥对土壤基本养分含量的影响 | 第32-35页 |
| ·长期施肥对土壤全量养分含量的影响 | 第32-33页 |
| ·长期施肥对土壤速效养分含量的影响 | 第33-35页 |
| ·长期施肥对土壤pH的影响 | 第35页 |
| ·水稻产量与土壤养分、pH间的相关性分析 | 第35-36页 |
| ·小结与讨论 | 第36-38页 |
| 第三章 长期施肥对土壤氨氧化微生物群落结构的影响 | 第38-51页 |
| ·材料与方法 | 第38-42页 |
| ·土样采集与预处理 | 第38页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第38-39页 |
| ·试验方法 | 第39-42页 |
| ·土壤微生物全基因组DNA提取 | 第39-40页 |
| ·PCR扩增 | 第40-41页 |
| ·PCR产物的变性梯度凝胶电泳 | 第41页 |
| ·DGGE图谱检测 | 第41页 |
| ·DGGE条带的回收及克隆测序 | 第41-42页 |
| ·DGGE图谱的多样性分析 | 第42页 |
| ·序列分析和发育树构建 | 第42页 |
| ·结果与分析 | 第42-49页 |
| ·DNA提取和PCR扩增 | 第42-44页 |
| ·土壤氨氧化细菌群落DGGE图谱分析 | 第44-46页 |
| ·土壤氨氧化古菌群落DGGE图谱分析 | 第46-48页 |
| ·DGGE条带冗余分析 | 第48-49页 |
| ·小结与讨论 | 第49-51页 |
| 第四章 长期施肥对土壤三大菌群和氨氧化微生物 | 第51-62页 |
| ·材料与方法 | 第52-53页 |
| ·土样采集与预处理 | 第52页 |
| ·土壤微生物区系分析 | 第52页 |
| ·土壤氨氧化微生物数量的荧光定量分析 | 第52-53页 |
| ·氨氧化细菌与氨氧化古菌的绝对荧光定量标准曲线制作 | 第52-53页 |
| ·Real-time PCR | 第53页 |
| ·数据处理 | 第53页 |
| ·结果与分析 | 第53-60页 |
| ·长期施肥对土壤可培养微生物数量的影响 | 第53-55页 |
| ·可培养微生物数量与土壤养分间的相关性分析 | 第55页 |
| ·可培养微生物数量与水稻产量间的相关性分析 | 第55-56页 |
| ·amoA基因扩增、克隆和荧光定量PCR检测 | 第56-57页 |
| ·土壤氨氧化细菌和氨氧化古菌amoA基因数量变化 | 第57-58页 |
| ·土壤氨氧化微生物数量与氮素的相关性分析 | 第58-60页 |
| ·氨氧化古菌与氨氧化细菌amoA基因拷贝数的比值分析 | 第60页 |
| ·小结与讨论 | 第60-62页 |
| 第五章 长期施肥对土壤氨氧化古菌的多态性分析 | 第62-81页 |
| ·材料和方法 | 第62-66页 |
| ·土样采集与预处理 | 第62-63页 |
| ·土壤氨氧化古菌的克隆文库分析 | 第63-66页 |
| ·氨氧化古菌amoA基因的PCR扩增 | 第63页 |
| ·AOA的amoA基因克隆文库的构建 | 第63-66页 |
| ·结果与分析 | 第66-78页 |
| ·氨氧化古菌(AOA)amoA基因的扩增 | 第66页 |
| ·CK处理氨氧化古菌amoA基因序列多样性分析 | 第66-68页 |
| ·CK处理氨氧化古菌amoA基因序列系统发育分析 | 第68-69页 |
| ·NPK处理氨氧化古菌amoA基因序列多样性分析 | 第69-70页 |
| ·NPK处理氨氧化古菌amoA基因序列系统发育分析 | 第70-72页 |
| ·NPKM处理氨氧化古菌amoA基因序列多样性分析 | 第72-74页 |
| ·NPKM处理氨氧化古菌amoA基因序列系统发育分析 | 第74页 |
| ·NPKS处理氨氧化古菌amoA基因序列多样性分析 | 第74-76页 |
| ·NPKS处理氨氧化古菌amoA基因序列系统发育分析 | 第76-77页 |
| ·长期施肥下各处理土壤氨氧化古菌amoA基因文库的比较分析 | 第77-78页 |
| ·小结与讨论 | 第78-81页 |
| 第六章 全文讨论与结论 | 第81-86页 |
| ·讨论 | 第81-82页 |
| ·结论 | 第82-84页 |
| ·特色与创新 | 第84页 |
| ·展望 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-98页 |
| 致谢 | 第98页 |
