| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 目录 | 第8-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-27页 |
| ·QTL研究概述 | 第12-14页 |
| ·全基因组关联分析 | 第14-15页 |
| ·GWAS在畜禽中的应用 | 第14-15页 |
| ·GWAS中存在的问题 | 第15页 |
| ·GPIHBP1基因研究进展概述 | 第15-20页 |
| ·GPIHBP1基因的结构特点 | 第15-16页 |
| ·GPIHBP1基因敲除小鼠 | 第16-17页 |
| ·GPIHBP1基因突变与人的乳糜微粒血症 | 第17-18页 |
| ·GPIHBP1基因的表达和调控 | 第18页 |
| ·GPIHBP1参与LPL的转运 | 第18-20页 |
| ·牛GPIHBP1基因研究现状 | 第20页 |
| ·RNA测序 | 第20-26页 |
| ·RNA-seq平台 | 第20-22页 |
| ·RNA-seq原理 | 第22-23页 |
| ·RNA-Seq技术优势 | 第23-24页 |
| ·RNA-seq技术的应用 | 第24-25页 |
| ·RNA-Seq的发展前景以及面临的挑战 | 第25-26页 |
| ·研究目的和意义 | 第26-27页 |
| 第二章 GPIHBP1基因细胞功能验证 | 第27-61页 |
| ·试验材料 | 第27-29页 |
| ·试验样品 | 第27页 |
| ·主要试剂和溶液配置 | 第27-28页 |
| ·主要试验仪器 | 第28-29页 |
| ·试验方法 | 第29-42页 |
| ·组织以及细胞RNA提取 | 第29页 |
| ·反转录 | 第29-30页 |
| ·PCR反应体系及反应条件 | 第30-31页 |
| ·荧光实时定量PCR反应体系及反应条件 | 第31-33页 |
| ·Taq-man探针法定量PCR反应体系及反应条件 | 第33-34页 |
| ·GPIHBP1表达载体构建 | 第34-39页 |
| ·细胞培养 | 第39-40页 |
| ·瞬时转染原代牛乳腺上皮细胞 | 第40页 |
| ·siRNA设计及转染 | 第40-41页 |
| ·统计分析 | 第41-42页 |
| ·结果与分析 | 第42-57页 |
| ·组织RNA提取以及反转录结果 | 第42页 |
| ·组织特异性表达分析 | 第42-43页 |
| ·牛GPIHBP1基因序列分析 | 第43-44页 |
| ·牛GPIHBP1可变剪切体分析 | 第44-46页 |
| ·GPIHBP1可变剪切体定量分析 | 第46-47页 |
| ·GPIHBP1基因表达载体的构建 | 第47-49页 |
| ·GPIHBP1基因表达载体的牛乳腺上皮转染 | 第49-51页 |
| ·GPIHBP1基因过表达细胞定量PCR检测 | 第51-53页 |
| ·GPIHBP1基因siRNA预实验 | 第53-54页 |
| ·GPIHBP1基因siRNA细胞定量PCR检测 | 第54-57页 |
| ·讨论与小结 | 第57-61页 |
| ·牛GPIHBP1基因可变剪切体 | 第57-58页 |
| ·牛GPIHBP1基因组织特异性表达分析 | 第58-59页 |
| ·牛GPIHBP1基因对乳蛋白乳脂相关基因的调控作用 | 第59-61页 |
| 第三章 牛GPIHIBP1启动子活性分析 | 第61-84页 |
| ·试验材料 | 第61-63页 |
| ·试验样品 | 第61页 |
| ·主要试剂和溶液配置 | 第61-62页 |
| ·主要试验仪器 | 第62-63页 |
| ·试验方法 | 第63-74页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第63-64页 |
| ·GPIHBP1基因启动子区序列分析 | 第64页 |
| ·RNA提取及反转录 | 第64页 |
| ·实时荧光定量PCR反应体系及反应条件 | 第64页 |
| ·启动子重组质粒构建 | 第64-66页 |
| ·质粒提取 | 第66页 |
| ·293T细胞培养 | 第66-67页 |
| ·293T细胞转染 | 第67-68页 |
| ·双荧光素酶检测试验 | 第68页 |
| ·转录因子结合位点预测 | 第68页 |
| ·凝胶阻滞试验(EMSA) | 第68-73页 |
| ·统计分析 | 第73-74页 |
| ·结果与分析 | 第74-81页 |
| ·基因组DNA的提取结果 | 第74页 |
| ·GPIHBP1启动子区序列分析 | 第74-75页 |
| ·启动子重组载体构建 | 第75-77页 |
| ·GPIHBP1启动子活性测定 | 第77-78页 |
| ·GPIHBP1启动子区转录因子结合位点预测 | 第78-80页 |
| ·凝胶阻滞结果 | 第80-81页 |
| ·GPIHBP1启动子区单倍型关联分析 | 第81页 |
| ·GPIHBP1分型表达结果 | 第81页 |
| ·讨论 | 第81-84页 |
| ·GPIHBP1启动子活性分析与分型定量表达分析 | 第81-82页 |
| ·启动子活性分析及凝胶阻滞试验 | 第82页 |
| ·育种值关联分析 | 第82-84页 |
| 第四章 中国荷斯坦奶牛产奶性状转录组分析 | 第84-127页 |
| ·试验材料 | 第84-86页 |
| ·资源群体的构建 | 第84-85页 |
| ·主要试剂和溶液配置 | 第85页 |
| ·主要试验仪器 | 第85-86页 |
| ·试验方法 | 第86-90页 |
| ·血样采集 | 第86页 |
| ·奶样采集 | 第86页 |
| ·RNA提取与质量控制 | 第86-88页 |
| ·cDNA文库制备与测序 | 第88页 |
| ·cDNA文库转录组测序 | 第88页 |
| ·转录组测序原始数据质控 | 第88页 |
| ·测序reads比对 | 第88-89页 |
| ·未注释基因和转录本的检测 | 第89页 |
| ·差异表达基因、差异性剪切和差异性启动子使用的检测 | 第89-90页 |
| ·差异表达基因与Animal QTL数据库比对分析 | 第90页 |
| ·结果与分析 | 第90-123页 |
| ·RNA提取结果 | 第90-91页 |
| ·RNA测序质量 | 第91页 |
| ·Reads比对结果 | 第91-93页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第93-97页 |
| ·时期特异性差异表达基因 | 第97-99页 |
| ·差异表达基因与QTL信息比对 | 第99-116页 |
| ·Pathway分析和GO分析 | 第116-119页 |
| ·差异剪切分析 | 第119-121页 |
| ·Promoters差异分析 | 第121-123页 |
| ·讨论 | 第123-127页 |
| ·牛奶RNA来源 | 第123页 |
| ·牛血差异基因分析 | 第123-124页 |
| ·牛奶差异基因分析 | 第124页 |
| ·较少差异表达基因位于QTL数据库内的原因 | 第124-125页 |
| ·GO分析和pathway分析 | 第125页 |
| ·可变剪切体分析 | 第125-127页 |
| 第五章 结论 | 第127-129页 |
| 参考文献 | 第129-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
| 个人简历 | 第136-137页 |
| 附录 | 第137-173页 |
