| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-22页 |
| 1 研究问题的由来 | 第13页 |
| 2 文献综述 | 第13-20页 |
| ·miRNA的发现 | 第13-15页 |
| ·miRNA的生物合成和作用机制 | 第15页 |
| ·miRNA的表达调控 | 第15-16页 |
| ·miRNA实验鉴定和生物信息学预测 | 第16-18页 |
| ·miRNA表达检测 | 第18-19页 |
| ·猪中miRNA研究进展与不足 | 第19-20页 |
| 3 研究目的和意义 | 第20-22页 |
| 第二章 材料与方法 | 第22-37页 |
| 1 材料 | 第22-24页 |
| ·组织样品 | 第22页 |
| ·分子生物学试剂及技术服务 | 第22-23页 |
| ·试剂的配制 | 第23-24页 |
| ·仪器设备 | 第24页 |
| 2 方法 | 第24-37页 |
| ·猪骨骼肌miRNA的分离、鉴定及组织表达分析 | 第24-34页 |
| ·小分子RNA的cDNA文库构建和克隆测序 | 第24-29页 |
| ·寡核苷酸接头和引物合成 | 第24页 |
| ·提取总RNA | 第24-25页 |
| ·分离并回收小分子RNA | 第25-26页 |
| ·3'端加接头并纯化回收连接片段 | 第26页 |
| ·5'端加接头并纯化回收连接片段 | 第26-27页 |
| ·RT-PCR并纯化回收产物 | 第27页 |
| ·Ban Ⅰ酶切及片段的串连 | 第27-28页 |
| ·Taq DNA聚合酶温孵串连片段 | 第28页 |
| ·TA克隆并测序 | 第28-29页 |
| ·测序数据生物信息学分析 | 第29-30页 |
| ·miRNA的验证和组织表达谱分析 | 第30-34页 |
| ·Stem-loop RT-PCR测序验证 | 第30-33页 |
| ·miRNA组织表达定量检测 | 第33-34页 |
| ·采用Solexa高通量测序和生物信息学相结合的策略筛选miRNA | 第34-37页 |
| ·小分子RNA的cDNA文库构建和Solexa高通量测序 | 第34-35页 |
| ·高质量总RNA的提取和检测 | 第34页 |
| ·文库构建和测序 | 第34-35页 |
| ·Solexa高通量测序数据分析 | 第35-36页 |
| ·miRDeep程序注释保守和新miRNA | 第35-36页 |
| ·同源比对注释保守miRNA | 第36页 |
| ·软件预测保守miRNA | 第36页 |
| ·piRNA注释 | 第36-37页 |
| 第三章 结果 | 第37-73页 |
| 1 猪骨骼肌miRNA的分离、鉴定及表达分析 | 第37-52页 |
| ·小分子RNA分离和克隆测序 | 第37-38页 |
| ·注释的保守miRNA | 第38-43页 |
| ·鉴定的猪特异新miRNA | 第43-46页 |
| ·成熟miRNA的序列变异 | 第46-49页 |
| ·miRNA的基因组分布 | 第49页 |
| ·miRNA验证和组织表达谱 | 第49-52页 |
| 2 采用Solexa高通量测序和生物信息学相结合的策略筛选miRNA | 第52-73页 |
| ·总RNA质量检测 | 第52页 |
| ·测序序列长度分布 | 第52-53页 |
| ·miRDeep程序注释的miRNA | 第53-54页 |
| ·同源比对注释的miRNA | 第54页 |
| ·预测的保守miRNA | 第54-55页 |
| ·不同策略注释的miRNA数据整合 | 第55-69页 |
| ·miRNA的序列变异 | 第69-70页 |
| ·注释序列特征 | 第70-73页 |
| 第四章 讨论 | 第73-79页 |
| 1 高质量RNA的制备是miRNA文库构建成功的关键 | 第73-74页 |
| 2 对猪骨骼肌miRNA的分离、鉴定及组织表达分析结果的讨论 | 第74-76页 |
| 3 对采用Solexa高通量测序和生物信息学相结合的策略筛选miRNA结果的讨论 | 第76-79页 |
| ·探讨由不同策略注释miRNA的优缺点 | 第76-77页 |
| ·与已报道miRNA比较 | 第77-79页 |
| 第五章 小结 | 第79-81页 |
| 1 本研究的主要结果 | 第79页 |
| 2 本研究的创新点和特色 | 第79-80页 |
| 3 本研究不足之处及进一步工作的建议 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-87页 |
| 附录 | 第87-163页 |
| 在读期间已发表或拟发表论文题录 | 第163-164页 |
| 致谢 | 第164页 |
