| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 1 绪论 | 第11-21页 |
| ·苯酚衍生物概述 | 第11页 |
| ·苯酚衍生物毒性的定性定量研究 | 第11-14页 |
| ·苯酚类化合物生物降解机制 | 第14-18页 |
| ·本文的研究工作 | 第18-21页 |
| 2 支持向量机和分子动力学基本理论 | 第21-36页 |
| ·支持向量机基本理论 | 第21-27页 |
| ·线性分类问题 | 第21-24页 |
| ·核函数 | 第24-26页 |
| ·支持向量机 | 第26-27页 |
| ·分子动力学基本原理 | 第27-36页 |
| ·力场概述 | 第27-31页 |
| ·算法概述 | 第31-33页 |
| ·分子动力学发展及应用 | 第33-36页 |
| 3 苯酚衍生物的分类及分子动力学模拟 | 第36-51页 |
| ·苯酚衍生物的分类 | 第36-40页 |
| ·材料和方法 | 第36-38页 |
| ·SVM分类结果与讨论 | 第38-40页 |
| ·典型苯酚衍生物在磷脂双层中平衡行为的分子动力学模拟 | 第40-50页 |
| ·模拟体系 | 第40-41页 |
| ·模拟过程 | 第41-44页 |
| ·结果与讨论 | 第44-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 4 氧分子通道对双加氧酶2，3-HPCD亚基催化性能的影响.1.局部加强取样 | 第51-71页 |
| ·蛋白质结构中的气体分子通道 | 第51-53页 |
| ·局部加强取样(LES)基本原理 | 第53页 |
| ·双加氧酶2，3-HPCD中O_2通道的LES MD模拟 | 第53-56页 |
| ·力场参数 | 第53-55页 |
| ·模拟体系 | 第55-56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-70页 |
| ·平衡特征 | 第56-60页 |
| ·O_2通道的构成 | 第60-64页 |
| ·相互作用能分析 | 第64-66页 |
| ·O_2通道的调控机制 | 第66-70页 |
| ·本章小结 | 第70-71页 |
| 5 氧分子通道对双加氧酶2，3-HPCD亚基催化性能的影响.2.隐式配体取样 | 第71-89页 |
| ·隐式配体取样(ILS)基本原理 | 第71-73页 |
| ·模拟体系 | 第73页 |
| ·结果与讨论 | 第73-87页 |
| ·平衡特性 | 第73-76页 |
| ·O_2通道特性 | 第76-87页 |
| ·O_2对蛋白质结构的影响 | 第87页 |
| ·本章小结 | 第87-89页 |
| 结论 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-104页 |
| 附录A 苯酚衍生物数据集和分类测试结果 | 第104-112页 |
| 附录B 2-His-1-carboxylate模型化合物以及部分电荷 | 第112-113页 |
| 附录C 2-His-1-carboxylate模型化合物的部分CHARMM立场参数 | 第113-114页 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文情况 | 第114-115页 |
| 创新点摘要 | 第115-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 作者简介 | 第117-118页 |
