基于序列两两比较的进化树构造方法研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第1章 绪论 | 第8-16页 |
| ·课题背景 | 第8-9页 |
| ·国内外研究概况 | 第9-14页 |
| ·距离度量标准 | 第10页 |
| ·序列比对算法 | 第10-11页 |
| ·建树方法 | 第11-14页 |
| ·本文的主要研究工作 | 第14-15页 |
| ·文章结构 | 第15-16页 |
| 第2章 进化距离度量 | 第16-22页 |
| ·距离度量的定义和基本性质 | 第16-17页 |
| ·常用距离度量简介 | 第17-18页 |
| ·编辑距离 | 第18-20页 |
| ·编辑距离 | 第18-19页 |
| ·归一化编辑距离 | 第19-20页 |
| ·距离和相似度 | 第20-21页 |
| ·本章小结 | 第21-22页 |
| 第3章 序列比对算法 | 第22-31页 |
| ·罚分模型和打分矩阵 | 第22-24页 |
| ·空位罚分模型 | 第22-23页 |
| ·打分矩阵模型 | 第23-24页 |
| ·两序列比对算法简介 | 第24-28页 |
| ·动态规划算法思想 | 第25页 |
| ·两序列全局比对算法 | 第25-27页 |
| ·两序列局部比对算法 | 第27-28页 |
| ·多序列比对算法简介 | 第28-30页 |
| ·基本的多序列比对算法 | 第28页 |
| ·CLUSTALW多序列比对算法 | 第28-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 第4章 基于分块递归的序列比对算法 | 第31-47页 |
| ·Hirschberg算法简介 | 第31-34页 |
| ·Hirschberg算法B | 第31-32页 |
| ·Hirschberg算法C | 第32-34页 |
| ·K-Band算法简介 | 第34-36页 |
| ·分块递归序列比对算法 | 第36-43页 |
| ·分块递归序列比对算法A | 第36-37页 |
| ·分块递归序列比对算法B | 第37-43页 |
| ·实验数据与结果分析 | 第43-46页 |
| ·人造伪序列数据比对实验 | 第43-44页 |
| ·七条同源线粒体全基因组序列数据比对实验 | 第44-46页 |
| ·实验结果分析 | 第46页 |
| ·本章小结 | 第46-47页 |
| 第5章 基于归一化编辑距离的进化树构建方法 | 第47-62页 |
| ·距离法简介 | 第47-51页 |
| ·不加权算术平均组对法 | 第48-50页 |
| ·邻接法 | 第50-51页 |
| ·基于归一化编辑距离的系统进化树构建方法 | 第51-56页 |
| ·基于归一化编辑距离构建进化树的步骤 | 第51-54页 |
| ·Multi-Tree分子进化分析软件的完善 | 第54-56页 |
| ·实验数据与结果分析 | 第56-60页 |
| ·十一种脊椎动物序列数据的实验 | 第56-57页 |
| ·二十种有胚胎哺乳动物序列数据的实验 | 第57-60页 |
| ·实验结果分析 | 第60页 |
| ·本章小结 | 第60-62页 |
| 结论 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第68-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
