| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第8-12页 |
| 第一章 蓝藻基因组学和分子系统学的研究 | 第12-59页 |
| ·蓝藻结构基因组学研究 | 第13-24页 |
| ·主要研究方法 | 第14页 |
| ·研究进展 | 第14-24页 |
| ·概况 | 第14-16页 |
| ·原绿球藻 | 第16-17页 |
| ·海洋聚球藻 | 第17-18页 |
| ·比较基因组学 | 第18-24页 |
| ·基因组一般特征的比较 | 第18-20页 |
| ·捕光系统的比较 | 第20-21页 |
| ·二元信号转导系统的比较 | 第21-23页 |
| ·氮源利用相关基因的比较 | 第23-24页 |
| ·蓝藻基因功能的研究 | 第24-31页 |
| ·功能基因组学研究 | 第24-26页 |
| ·基因微阵列技术 | 第24-25页 |
| ·蛋白质组学技术 | 第25-26页 |
| ·代谢组学技术 | 第26页 |
| ·功能基因的分离和克隆 | 第26-31页 |
| ·研究方法 | 第26-27页 |
| ·重要功能基因 | 第27-30页 |
| ·功能基因表达调控的研究 | 第30-31页 |
| ·蓝藻的基因操作 | 第31-34页 |
| ·淡水蓝藻中基因操作的技术 | 第31-32页 |
| ·载体系统 | 第31-32页 |
| ·基因转移系统 | 第32页 |
| ·海洋蓝藻基因操作 | 第32-34页 |
| ·蓝藻分子系统学研究 | 第34-40页 |
| ·蓝藻分子系统学研究方法及应用 | 第35-39页 |
| ·应用核酸和蛋白质进行分子系统学研究 | 第35-39页 |
| ·同工酶电泳分析 | 第35页 |
| ·藻胆蛋白组成 | 第35-36页 |
| ·免疫学的研究 | 第36页 |
| ·DNA碱基组成 | 第36页 |
| ·DNA指纹图谱 | 第36页 |
| ·DNA-DNA杂交 | 第36-37页 |
| ·限制性内切酶片断长度多态性 | 第37页 |
| ·随机扩增多态性 DNA | 第37-38页 |
| ·165rRNA基因分析 | 第38-39页 |
| ·其他分子方法 | 第39页 |
| ·问题与展望 | 第39-40页 |
| ·本论文研究内容及意义 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-59页 |
| 第二章 螺旋藻基因组结构研究 | 第59-95页 |
| ·材料和方法 | 第60-65页 |
| ·基因组随机文库的构建 | 第60页 |
| ·鸟枪法测序 | 第60页 |
| ·序列数据的采集和拼接 | 第60-61页 |
| ·基因组序列的功能注释 | 第61页 |
| ·COG归类及 KEGG Pathway注释 | 第61-65页 |
| ·结果和讨论 | 第65-93页 |
| ·螺旋藻基因组测序初步结果 | 第65页 |
| ·螺旋藻基因组的一般特征 | 第65-77页 |
| ·螺旋藻及其他蓝藻基因结构域的分析 | 第77-81页 |
| ·螺旋藻中卟啉及其衍生物的生物合成途径 | 第81-83页 |
| ·螺旋藻纤毛结构相关基因的分析 | 第83-93页 |
| 参考文献 | 第93-95页 |
| 第三章 单细胞和丝状蓝藻限制修饰系统的比较基因组研究 | 第95-126页 |
| ·材料和方法 | 第96-98页 |
| ·新RM基因的发现 | 第96-97页 |
| ·螺旋藻RM基因的RT-PCR分析 | 第97-98页 |
| ·多序列比对和系统发育分析 | 第98页 |
| ·分子进化分析 | 第98页 |
| ·结果 | 第98-111页 |
| ·螺旋藻的RM基因家族 | 第98-101页 |
| ·螺旋藻RM基因的RT-PCR分析 | 第101页 |
| ·RM系统的基因组分布及序列分析 | 第101-102页 |
| ·系统发育分析 | 第102-108页 |
| ·RM基因的分子进化分析 | 第108-111页 |
| ·讨论 | 第111-115页 |
| 参考文献 | 第115-126页 |
| 第四章 基因组时代的分子进化 | 第126-141页 |
| ·从宏观进化到分子进化 | 第126-128页 |
| ·在争议中发展的分子进化理论 | 第126-128页 |
| ·选择论和中性论争执的核心 | 第128页 |
| ·蛋白质水平的中性进化 | 第128-130页 |
| ·DNA水平的中性进化 | 第130-131页 |
| ·同义替换和非统一替换的计算方法 | 第131-135页 |
| ·Nei-Gojobori法(NG) | 第132-133页 |
| ·基于Kimura双参数模型的方法 | 第133-134页 |
| ·采用密码子替代模型的最大似然法 | 第134-135页 |
| ·中性进化理论的统计检验 | 第135-138页 |
| 参考文献 | 第138-141页 |
| 第五章 藻红蛋白的分子进化 | 第141-163页 |
| ·实验材料和方法 | 第142-143页 |
| ·DNA提取和 PE基因扩增 | 第142-143页 |
| ·藻红蛋白基因序列 | 第143页 |
| ·序列分析和分子进化分析 | 第143页 |
| ·实验结果 | 第143-154页 |
| ·藻胆蛋白基因的克隆和表达 | 第143-145页 |
| ·藻红蛋白的GC含量 | 第145-147页 |
| ·藻红蛋白基因的多序列比对 | 第147-148页 |
| ·系统发育分析分析 | 第148-151页 |
| ·PE基因的进化速率分析 | 第151-153页 |
| ·正选择促使藻红蛋白基因的进化 | 第153-154页 |
| ·讨论 | 第154-157页 |
| 参考文献 | 第157-163页 |
| 第六章 正选择作用促使了藻胆蛋白的分化 | 第163-183页 |
| ·材料和方法 | 第164-167页 |
| ·藻胆蛋白数据集 | 第164-165页 |
| ·蛋白和核酸序列的比对 | 第165页 |
| ·系统发育树的构建 | 第165页 |
| ·正选择的检验 | 第165-166页 |
| ·正选择位点的共变分析 | 第166-167页 |
| ·结果 | 第167-176页 |
| ·藻胆蛋白的系统发育分析 | 第167-168页 |
| ·藻胆蛋白的适应性进化 | 第168-171页 |
| ·连接多肽氮基酸位点间的不同选择压力 | 第171页 |
| ·正选择位点在藻胆蛋白三级结构上的定位 | 第171-176页 |
| ·讨论 | 第176-178页 |
| 参考文献 | 第178-183页 |
| 第七章 藻红蛋白的比较群体遗传学研究 | 第183-202页 |
| ·材料和方法 | 第184-186页 |
| ·基因序列 | 第184-185页 |
| ·蛋白和核酸序列的比对 | 第185页 |
| ·系统发育树的构建 | 第185页 |
| ·藻红蛋白基因的种内多态性和群体结构的检验 | 第185-186页 |
| ·基于同义和非同义替换的检验 | 第186页 |
| ·实验结果 | 第186-195页 |
| ·PPeB的核苷酸多态性 | 第186-188页 |
| ·PPeB的群体遗传结构的分化 | 第188页 |
| ·种内多态性和种间选择的检验 | 第188-191页 |
| ·藻红蛋白基因簇的进化 | 第191-195页 |
| ·讨论 | 第195-196页 |
| 补充说明 | 第196页 |
| 参考文献 | 第196-202页 |
| 本论文主要结论 | 第202-203页 |
| 致谢 | 第203-205页 |
| 在研期间发表论文 | 第205-206页 |
| 彩图附录 | 第206-211页 |