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利用EST序列与cDNA芯片分析板栗疫病菌基因表达谱

摘要第1-7页
ABSTRACT第7-9页
第一章 前言第9-18页
 1 板栗疫病与板栗疫病菌第9-10页
 2 低毒病毒第10-15页
   ·低毒病毒的发现第10页
   ·低毒病毒的类群第10-12页
   ·低毒病毒的分子生物学研究第12-13页
   ·低毒病毒与板栗疫病菌相互作用研究第13-15页
     ·与低毒力相关的蛋白酶第13-14页
     ·G蛋白信号传导对真菌毒力的影响第14-15页
 3 EST表达序列标签及其在病毒/宿主相互作用研究上的应用第15页
 4 DNA芯片技术及其在研究病毒/宿主相互作用上的应用第15-16页
 5 板栗疫病菌EST与cDNA芯片研究现状第16页
 6 课题研究的目的和意义第16-18页
第二章 产孢期板栗疫病菌cDNA文库的构建及数据分析第18-37页
 1 材料和方法第18-27页
   ·菌种第18页
   ·培养基第18页
   ·溶液及缓冲液、试剂第18-19页
   ·产孢期板栗疫病菌的培养第19页
   ·总RNA的提取第19-20页
   ·mRNA的分离纯化第20页
   ·cDNA文库的构建第20-23页
     ·cDNA第一链的合成第20-21页
     ·PCR扩增cDNA第21页
     ·蛋白酶K消化第21页
     ·双酶切反应第21-22页
     ·去除cDNA小片段第22页
     ·重组质粒的连接第22页
     ·甘油法制备E.coli的感受态细胞第22-23页
     ·重组质粒电转化大肠杆菌DH5α第23页
   ·细菌培养第23页
   ·质粒的提取第23-24页
   ·测序第24页
   ·序列校正第24页
   ·EST数据库的建立第24-27页
 2 结果与分析第27-34页
   ·产孢期板栗疫病菌的特征第27页
   ·产孢期板栗疫病菌cDNA文库的构建第27-28页
     ·总RNA的提取第27-28页
     ·cDNA文库的质量第28页
   ·产孢期板栗疫病菌EST数据总体分析第28-29页
   ·产孢期EP155与EP713 EST的比较第29-30页
   ·已知功能板栗疫病菌序列的鉴定第30-31页
   ·产孢期板栗疫病菌EST数据的功能注释第31页
   ·产孢期板栗疫病菌EST数据的功能分类第31-33页
   ·不同发育时期板栗疫病菌EST库的比较第33页
   ·有关发育,繁殖和产孢基因的鉴定第33-34页
 3 讨论第34-37页
   ·板栗疫病菌EST数据库第34-35页
   ·两个发育不同时期板栗疫病菌EST序列的比较第35页
   ·有关产孢期板栗疫病菌感染病毒前后EST序列的比较第35-36页
   ·本实验室板栗疫病菌EST数据与已发表板栗疫病菌EST数据的比较第36-37页
第三章 利用板栗疫病菌cDNA芯片检测板栗疫病菌基因表达谱第37-59页
 1 材料与方法第37-42页
   ·基因材料来源第37页
   ·酶及主要试剂第37页
   ·cDNA芯片探针的制备第37-38页
     ·板栗疫病菌的培养第37页
     ·总RNA的提取第37页
     ·mRNA的分离纯化第37页
     ·探针的标记第37-38页
   ·cDNA芯片制备第38页
   ·cDNA芯片杂交第38-39页
   ·cDNA芯片数据提取及分析方法第39-40页
   ·荧光定量PCR验证cDNA芯片结果第40-42页
     ·引物设计第40页
     ·cDNA第一链的合成第40-41页
     ·荧光定量PCR第41-42页
 2 结果与分析第42-54页
   ·一般生长期板栗疫病菌的特征第42页
   ·总RNA质量分析第42页
   ·cDNA芯片均一性分析第42-43页
   ·cDNA芯片杂交结果及分析第43-52页
   ·荧光定量PCR验证cDNA芯片检测结果的比较第52-54页
 3 讨论第54-59页
   ·非产孢时期EP155与EP713基因表达差异第54页
   ·芯片结果可信度问题第54-55页
   ·病毒对宿主基因表达的调控第55-56页
   ·一些新的可能因子和靶标第56-59页
     ·核糖体蛋白(Ribosomal protein)第56-57页
     ·真核翻译起始因子(Eukaryotic translation initiation factor)第57页
     ·延伸因子(Elongation factor)第57-59页
全文小结第59-60页
参考文献第60-68页
致谢第68页

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