| 第一章：引言 | 第1-48页 |
| 第一节：生物信息学在海洋生物学研究中的前景与展望 | 第10-25页 |
| 一、生物信息学的产生背景 | 第10-14页 |
| 二、生物信息学的定义和主要研究内容 | 第14-17页 |
| 1、生物信息的收集、存储、管理与提供 | 第15页 |
| 2、基因组序列信息的提取和分析 | 第15-16页 |
| 3、功能基因组相关信息分析 | 第16页 |
| 4、生物大分子结构模拟和药物设计 | 第16页 |
| 5、生物信息分析的技术与方法研究 | 第16页 |
| 6、应用与发展研究 | 第16-17页 |
| 三、国外生物信息学发展趋势与国内发展现状 | 第17-20页 |
| 四、我国开展海洋生物信息学研究的必要性和迫切性 | 第20-22页 |
| 五、构建我国海洋生物信息学分析平台的建议和展望 | 第22-25页 |
| 1、建立我国重要海水养殖生物的核酸和蛋白质数据库 | 第22-23页 |
| 2、开展EST 数据分析和应用研究 | 第23页 |
| 3、借助生物信息学深入进行海洋生物功能基因组学研究 | 第23-24页 |
| 4、开展海洋生物基因组的比较与分子进化和系统发育研究 | 第24-25页 |
| 第二节：虾贝类序列表达标签（ESTs）测定及分析概况 | 第25-37页 |
| 一、对虾EST 测序及分析情况 | 第26-35页 |
| 1、中国明对虾EST 分析概况 | 第27-30页 |
| 2、凡纳滨对虾和白滨对虾 | 第30页 |
| 3、斑节对虾 | 第30-35页 |
| 4、日本囊对虾 | 第35页 |
| 二、贝类ESTs 测序和分析工作 | 第35-37页 |
| 1、牡蛎 | 第35-36页 |
| 2、扇贝 | 第36-37页 |
| 第三节：虾贝类免疫基因研究概况及应用前景 | 第37-46页 |
| 一、对虾养殖业的现状 | 第37-38页 |
| 二、对虾病害发生及控制策略 | 第38-39页 |
| 三、国内外对虾免疫基因研究现状 | 第39-44页 |
| 四、对虾免疫功能基因应用的途径及前景 | 第44-46页 |
| 第四节 细胞黏附蛋白的研究概况 | 第46-47页 |
| 第五节 本论文研究的目的意义 | 第47-48页 |
| 第二章 生物信息学分析平台及海洋生物基因组网站的构建 | 第48-59页 |
| 第一节 BLC 生物信息学分析平台的构建 | 第48-57页 |
| 一、BLC 系统安装的软硬件需求 | 第48-50页 |
| 1、硬件需求 | 第48-50页 |
| 2、软件需求 | 第50页 |
| 二、软件安装 | 第50-52页 |
| 1、 Linux 操作系统的安装 | 第50页 |
| 2、 JDK1.4 的安装 | 第50-51页 |
| 3、 BLC2003 SERVER 的安装 | 第51页 |
| 4、生物信息学分析软件的安装 | 第51页 |
| 5、安装PERL | 第51页 |
| 6、安装GD 库 | 第51-52页 |
| 三、BLC 系统配置与试运行 | 第52-53页 |
| 1、主控服务器的初始化 | 第52页 |
| 2、运行终端的初始化 | 第52页 |
| 3、试运行BLC 系统应用 | 第52页 |
| 4、终端的运行 | 第52-53页 |
| 5、通过网络访问BLC 系统 | 第53页 |
| 四、BLC 系统应用软件介绍 | 第53-57页 |
| 1、 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) | 第54-55页 |
| 2、 Sim4 | 第55页 |
| 3、 PHRAP | 第55页 |
| 4、 PHRED | 第55页 |
| 5、 PROSPECT | 第55-56页 |
| 6、 INTERPRO | 第56页 |
| 7、 PFAM | 第56页 |
| 8、 CROSSMATCH | 第56-57页 |
| 第二节 中国经济类海洋生物基因组网站 | 第57-59页 |
| 一、系统架构及基本配置 | 第57页 |
| 二、页面内容 | 第57-59页 |
| 第三章 文蛤幼虫不同发育时期cDNA 文库的构建 | 第59-68页 |
| 一、实验材料与方法 | 第60-63页 |
| 1、不同发育时期幼虫样品的收集 | 第60页 |
| 2、总RNA 提取 | 第60-61页 |
| 3、mRNA 的分离 | 第61-62页 |
| 4、后续其它步骤 | 第62-63页 |
| 二、结果与分析 | 第63-67页 |
| 1、total RNA 质量鉴定 | 第63-64页 |
| 2、mRNA 分离 | 第64页 |
| 3、一链，二链合成 | 第64-65页 |
| 4、胶回收 | 第65-66页 |
| 5、菌落PCR 鉴定 | 第66-67页 |
| 三、讨论 | 第67-68页 |
| 第四章 中国明对虾和文蛤表达序列标签（ESTs）的生物信息学分析 | 第68-103页 |
| 第一节 中国明对虾血液、眼柄和卵巢EST 序列分析与比较 | 第68-77页 |
| 一、实验方法 | 第68-69页 |
| 1、序列处理 | 第68页 |
| 2、序列分析和注释 | 第68-69页 |
| 二、结果与分析 | 第69-74页 |
| 1、序列测定结果 | 第69-70页 |
| 2、序列比对结果 | 第70-71页 |
| 3、已知基因的功能分类 | 第71-74页 |
| 三、讨论 | 第74-77页 |
| 1、 EST 序列和分析 | 第74页 |
| 2、不同组织EST 的比较分析 | 第74-77页 |
| 第二节 中国明对虾血液EST 库中免疫相关基因的发现与分析 | 第77-91页 |
| 一、实验材料与方法 | 第78-79页 |
| 1、数据资源 | 第78页 |
| 2、分析平台及相应软件 | 第78-79页 |
| 二、结果与分析 | 第79-82页 |
| 三、讨论 | 第82-91页 |
| 1、抗菌肽类 | 第83-84页 |
| 2、凝结蛋白类 | 第84-86页 |
| 3、细胞间信号传导类 | 第86页 |
| 4、伴侣蛋白类 | 第86页 |
| 5、酚氧化酶激活系统 | 第86-91页 |
| 第三节 文蛤壳顶期幼虫EST 数据库的分析 | 第91-103页 |
| 一、实验材料与方法 | 第92页 |
| 二、结果与分析 | 第92-95页 |
| 1、序列测定结果 | 第92页 |
| 2、序列比对结果 | 第92-93页 |
| 3、已知基因的功能分类 | 第93-94页 |
| 4、 Pfam 查询结果 | 第94页 |
| 5、 Pathway 结果 | 第94-95页 |
| 三、讨论 | 第95-103页 |
| 1、生长和结构相关基因 | 第96页 |
| 2、代谢酶类 | 第96-97页 |
| 3、免疫相关基因 | 第97页 |
| 4、调控基因 | 第97页 |
| 5、其它基因 | 第97-103页 |
| 第五章 中国明对虾细胞黏附蛋白cDNA 全长克隆和体内表达规律 | 第103-133页 |
| 第一节 中国明对虾细胞黏附蛋白cDNA 全长的克隆和序列解析 | 第103-121页 |
| 一、材料与方法 | 第103-110页 |
| 1、实验动物 | 第103-104页 |
| 2、引物序列 | 第104页 |
| 3、培养基和试剂的配制 | 第104-105页 |
| 4、血细胞总RNA 的提取和处理 | 第105页 |
| 5、第一链cDNA 的合成 | 第105-106页 |
| 6、peroxinectin 片段的克隆 | 第106-107页 |
| 7、3’RACE | 第107-108页 |
| 8、5’RACE | 第108-109页 |
| 9、序列分析 | 第109-110页 |
| 二、结果与讨论 | 第110-121页 |
| 1、中国明对虾Peroxinectin 基因全长cDNA 的获得 | 第110-114页 |
| 2、 中国明对虾 Peroxinectin 蛋白结构预测 | 第114-117页 |
| 3、细胞黏附蛋白功能域或基序的查找 | 第117-118页 |
| 4、 Peroxinectin 的分子系统进化分析 | 第118-121页 |
| 第二节 细菌刺激后中国明对虾细胞黏附蛋白基因的表达谱 | 第121-133页 |
| 一、材料与方法 | 第121-125页 |
| 1、实验动物 | 第121-122页 |
| 2、组织特异性表达的RT-PCR 法测定 | 第122-123页 |
| 3、病原注射实验 | 第123-124页 |
| 4、实时定量PCR | 第124-125页 |
| 二、结果与讨论 | 第125-133页 |
| 1、对虾细胞黏附蛋白基因的组织表达特异性 | 第125-126页 |
| 2、灭活细菌刺激不同时间对虾细胞黏附蛋白基因的 mRNA 表达变化规律 | 第126-133页 |
| 第六章 结论 | 第133-134页 |
| 参考文献 | 第134-147页 |
| 攻读博士学位期间发表的主要文章目录 | 第147-148页 |
| 致谢 | 第148-150页 |
