| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩写表 | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-25页 |
| ·计算机辅助药物设计 | 第11-14页 |
| ·药物筛选 | 第13-14页 |
| ·小肽抑制剂设计 | 第14页 |
| ·蛋白质和配体相互作用 | 第14-19页 |
| ·分子对接 | 第16-17页 |
| ·蛋白质全电子结构计算 | 第17页 |
| ·分子动力学 | 第17-18页 |
| ·蛋白质表面口袋分析 | 第18页 |
| ·蛋白质和配体相互作用的两条规则 | 第18-19页 |
| ·统计理论和隐马可夫模型 | 第19-21页 |
| ·隐马可夫模型与小肽抑制剂设计 | 第19-21页 |
| 参考文献 | 第21-25页 |
| 第一部分 蛋白质和配体相互作用 | 第25-75页 |
| 第二章 背景知识和相关技术 | 第27-51页 |
| ·蛋白质 | 第27-31页 |
| ·蛋白质重要性 | 第27页 |
| ·氨基酸 | 第27-29页 |
| ·蛋白质的结构 | 第29-30页 |
| ·解析蛋白质结构的基本方法 | 第30页 |
| ·配体小分子 | 第30-31页 |
| ·分子动力学 | 第31-40页 |
| ·什么是分子动力学 | 第31-32页 |
| ·分子模拟势场 | 第32-34页 |
| ·分子动力学模拟过程 | 第34-40页 |
| ·蛋白质表面口袋计算 | 第40-41页 |
| ·蛋白质全电子结构计算 | 第41-46页 |
| ·ODA程序 | 第42-45页 |
| ·ENFC定理 | 第45-46页 |
| ·ODA计算流程 | 第46页 |
| ·配体小分子电子结构计算 | 第46页 |
| ·分子轨道理论 | 第46-48页 |
| ·蛋白质的前线轨道 | 第46页 |
| ·分子轨道理论 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-51页 |
| 第三章 蛋白质配体相互作用的两条规则 | 第51-75页 |
| ·蛋白质配体相互作用的两条规则 | 第51页 |
| ·结果与讨论 | 第51-72页 |
| ·FK506和CsA简介 | 第52-53页 |
| ·复合体CypA/CsA和FKBP12/FK506的空间构象 | 第53-54页 |
| ·分子动力学 | 第54-55页 |
| ·CypA/CsA电子结构计算 | 第55-58页 |
| ·FKBP12/FK506电子结构计算 | 第58-62页 |
| ·表面口袋计算 | 第62-64页 |
| ·蛋白质和配体相互作用的两条规则 | 第64-70页 |
| ·FKBP12的生物活性 | 第70-72页 |
| ·小结 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-75页 |
| 第二部分 新统计数学理论和小肽抑制剂设计 | 第75-116页 |
| 第四章 小肽抑制剂设计 | 第77-115页 |
| ·小肽抑制剂 | 第77-79页 |
| ·什么是小肽? | 第77-78页 |
| ·小肽抑制剂 | 第78-79页 |
| ·理论知识 | 第79-92页 |
| ·MJ矩阵 | 第79-83页 |
| ·残基-残基接触频率 | 第83-86页 |
| ·数学建模 | 第86-87页 |
| ·分子对接 | 第87-89页 |
| ·生物实验方法 | 第89-92页 |
| ·结果与讨论 | 第92-110页 |
| Ⅰ 数学模型筛选法 | 第92-101页 |
| ·流程图 | 第92-93页 |
| ·设计小肽抑制剂 | 第93-101页 |
| Ⅱ 理性数据筛选法 | 第101-110页 |
| ·小结 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-115页 |
| 第五章 总结 | 第115-116页 |
| 博士期间主要工作和成果 | 第116-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 个人简历 | 第118-119页 |
| 附录 | 第119-127页 |