| 摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| 第一章 前言 | 第17-46页 |
| ·基于质谱的蛋白质组学的研究 | 第17-20页 |
| ·生物质谱 | 第18-20页 |
| ·基于质谱的蛋白质组分析的一般策略 | 第20页 |
| ·定量蛋白质组学的研究技术及进展 | 第20-28页 |
| ·绝对定量 | 第21页 |
| ·相对定量 | 第21-28页 |
| ·差异凝胶电泳 | 第22-23页 |
| ·基于稳定同位素标记的蛋白质定量技术 | 第23-27页 |
| ·非标记蛋白质定量技术 | 第27-28页 |
| ·定量数据的处理方法 | 第28页 |
| ·定量蛋白质组学方法在疾病研究中的应用 | 第28-32页 |
| ·疾病蛋白质组学研究的一般流程 | 第29-30页 |
| ·样本采取 | 第30页 |
| ·用于疾病研究的定量方法 | 第30-32页 |
| ·疾病中差异表达蛋白质的验证 | 第32页 |
| ·人类大肠癌的蛋白质组学研究进展 | 第32-34页 |
| ·疾病相关翻译后修饰研究 | 第34-35页 |
| ·本章小结 | 第35-36页 |
| 参考文献 | 第36-46页 |
| 第二章 甲基化同位素标记在定量蛋白质组学中的应用与优化 | 第46-61页 |
| ·研究背景 | 第46-48页 |
| ·材料与方法 | 第48-51页 |
| ·仪器与试剂 | 第48页 |
| ·标准蛋白质的酶解 | 第48页 |
| ·甲基化同位素标记 | 第48-49页 |
| ·标记肽段的分离与鉴定 | 第49-51页 |
| ·结果和讨论 | 第51-58页 |
| ·甲基化同位素标记在基于质潜的相对定量中的表现 | 第51-53页 |
| ·甲基化同位素标记定量在LC-LTQ-Orbitrap路线中的表现 | 第53-56页 |
| ·甲基化软件的编译 | 第56-58页 |
| ·实验过程的简单描述 | 第56页 |
| ·定量过程中的关键问题及其解决方案 | 第56-57页 |
| ·定量软件的应用 | 第57-58页 |
| ·结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-61页 |
| 第三章 蛋白质组学方法研究大肠癌早期诊断生物标志物 | 第61-106页 |
| ·研究背景 | 第61-63页 |
| ·材料和方法 | 第63-68页 |
| ·样本的收集与蛋白质提取 | 第63-64页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳和胶内酶解 | 第64-65页 |
| ·肽段的色谱分离以及质谱鉴定 | 第65页 |
| ·搜库和蛋白质定量 | 第65-66页 |
| ·功能分析 | 第66-67页 |
| ·免疫印迹实验 | 第67页 |
| ·组织芯片实验 | 第67-68页 |
| ·结果和讨论 | 第68-83页 |
| ·采用GeLC-MS策略进行的蛋白质定量 | 第68-70页 |
| ·大肠癌和正常大肠组织的差异蛋白质组学 | 第70页 |
| ·在早期大肠癌中调控最明显的代谢通路 | 第70-72页 |
| ·大肠癌和正常组织中差异表达蛋白质的相互作用网络 | 第72-74页 |
| ·免疫印迹验证GeLC数据的差异表达 | 第74-76页 |
| ·A1AT与CTSD在早期大肠癌中的差异表达 | 第76-80页 |
| ·组织样本的免疫印迹实验 | 第76-77页 |
| ·组织芯片原位研究A1AT和CTSD在大肠癌中的致瘤特性 | 第77-78页 |
| ·A1AT和CTSD在早期大肠癌病人血清与健康志愿者血清中的表达差异 | 第78-80页 |
| ·早期大肠癌样本中分子量分布变化 | 第80-83页 |
| ·结论 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-106页 |
| 第四章 定量蛋白质组方法筛选大肠癌淋巴转移相关分子标志物 | 第106-129页 |
| ·研究背景 | 第106-108页 |
| ·血行转移 | 第106-107页 |
| ·淋巴转移 | 第107-108页 |
| ·材料与方法 | 第108-112页 |
| ·仪器与试剂 | 第108页 |
| ·组织样品的蛋白质提取和定量 | 第108-109页 |
| ·蛋白质提取 | 第108-109页 |
| ·蛋白质定量 | 第109页 |
| ·蛋白质的纯化、酶解与标记 | 第109-110页 |
| ·肽段的2DLC分离和质谱鉴定 | 第110-111页 |
| ·肽段的测序与蛋白质的定量 | 第111页 |
| ·大肠癌淋巴转移相关蛋白质的RTPCR验证 | 第111页 |
| ·RNA的提取和反转录 | 第111页 |
| ·RTPCR | 第111-112页 |
| ·结果与讨论 | 第112-125页 |
| ·酶解条件的优化 | 第112-113页 |
| ·质谱鉴定和定量 | 第113-120页 |
| ·差异表达蛋白质的功能分类 | 第120-122页 |
| ·差异表达蛋白质的转录水平差异 | 第122-123页 |
| ·随转移表达上调的蛋白质在转录水平的表达差异 | 第122-123页 |
| ·随转移表达下调的蛋白质在转录水平的表达差异 | 第123页 |
| ·大肠癌淋巴转移相关蛋白质 | 第123-125页 |
| ·结论 | 第125-126页 |
| 参考文献 | 第126-129页 |
| 第五章 高通量大肠癌蛋白质组后修饰研究 | 第129-151页 |
| ·研究背景 | 第129-131页 |
| ·材料与方法 | 第131-137页 |
| ·仪器和试剂 | 第131-132页 |
| ·蛋白质的富集前处理 | 第132页 |
| ·标准蛋白质 | 第132页 |
| ·复杂生物样本 | 第132页 |
| ·酶解肽段的标记 | 第132页 |
| ·后修饰肽段的富集 | 第132-136页 |
| ·磷酸化肽段的富集 | 第132-135页 |
| ·糖基化的富集 | 第135-136页 |
| ·除盐(C18小柱) | 第136页 |
| ·质谱鉴定 | 第136页 |
| ·生物信息学分析 | 第136-137页 |
| ·结果与讨论 | 第137-146页 |
| ·磷酸化富集过程的最优上样、洗涤和洗脱条件 | 第137-140页 |
| ·上样条件的优化 | 第137-138页 |
| ·洗涤条件的优化 | 第138-139页 |
| ·洗脱条件的优化 | 第139-140页 |
| ·几种不同富集方法富集效率的比较 | 第140-142页 |
| ·优化的富集条件在大肠癌磷酸化蛋白质富集中的应用 | 第142-145页 |
| ·核壳材料之于糖肽的富集效率 | 第145-146页 |
| ·结论 | 第146-147页 |
| 参考文献 | 第147-151页 |
| 第六章 中国人健康肝脏蛋白质表达谱的免疫学定量研究 | 第151-170页 |
| ·研究背景 | 第151-153页 |
| ·材料与方法 | 第153-158页 |
| ·抗原抗体的选择与订购 | 第153-154页 |
| ·样品的提取与保存 | 第154-155页 |
| ·点杂交(Dotblot)确定抗原和一抗、二抗的上样量 | 第155页 |
| ·免疫印迹实验 | 第155-157页 |
| ·选膜 | 第155页 |
| ·凝胶电泳(SDS-PAGE) | 第155-156页 |
| ·转膜方式、转膜时间的优化 | 第156-157页 |
| ·抗原抗体反应的定量 | 第157页 |
| ·酶联免疫学分析 | 第157-158页 |
| ·色谱分析 | 第158页 |
| ·结果与讨论 | 第158-167页 |
| ·点杂交优化抗原抗体浓度 | 第158-160页 |
| ·免疫印迹实验条件的标准化 | 第160-162页 |
| ·免疫印迹的定量模式 | 第162-164页 |
| ·免疫学验证的定量结果 | 第164-167页 |
| ·结论 | 第167-168页 |
| 参考文献 | 第168-170页 |
| 第七章 增加电荷数提高电子转移解离碎裂效率在定量蛋白质组中的应用研究 | 第170-184页 |
| ·研究背景 | 第170-172页 |
| ·材料与方法 | 第172-174页 |
| ·仪器与试剂 | 第172-173页 |
| ·细胞培养与SILAC标记 | 第173页 |
| ·肽段的标记 | 第173页 |
| ·流动相的配置与色谱分析 | 第173-174页 |
| ·LC-Orbitrap-ETD-LTQ | 第174页 |
| ·结果与讨论 | 第174-180页 |
| ·天冬氨酸激酶和胰蛋白酶酶解肽段的ETD碎裂效率 | 第174-177页 |
| ·流动相中m-NBA浓度至于质谱鉴定的影响 | 第177-179页 |
| ·提高电荷数方法在基于LC-ETD路线蛋白质定量中的应用 | 第179-180页 |
| ·胍基化和双甲基化的标记效率及其对色谱分离的影响 | 第180页 |
| ·结论 | 第180-181页 |
| 参考文献 | 第181-184页 |
| 附录:中英文缩略词对照表 | 第184-185页 |
| 致谢 | 第185-187页 |
