| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-45页 |
| 1.1 细菌基本知识 | 第11-21页 |
| 1.1.1 生物被膜 | 第11-17页 |
| 1.1.2 第二信使c-di-GMP | 第17-19页 |
| 1.1.3 细菌的运动行为 | 第19-21页 |
| 1.2 合成生物学的发展现状 | 第21-25页 |
| 1.2.1 合成生物学简介 | 第21-24页 |
| 1.2.2 合成生物学的挑战 | 第24-25页 |
| 1.3 光控制细菌的基因表达 | 第25-34页 |
| 1.3.1 光遗传学简介 | 第25-26页 |
| 1.3.2 细菌中合成的光受体系统 | 第26-31页 |
| 1.3.3 多色感应系统 | 第31页 |
| 1.3.4 光控系统在细菌中作用 | 第31-33页 |
| 1.3.5 光受体控制信号在合成生物学的优势title | 第33-34页 |
| 1.4 微生物学研究的技术和方法 | 第34-45页 |
| 1.4.1 信息技术促进微生物学的发展 | 第34-36页 |
| 1.4.2 光投影技术 | 第36-39页 |
| 1.4.3 微流控技术 | 第39-45页 |
| 第二章 显微镜控制系统 | 第45-67页 |
| 2.1 显微镜连接控制 | 第45-53页 |
| 2.1.1 通信协议 | 第45-46页 |
| 2.1.2 显微镜及其部件 | 第46-49页 |
| 2.1.3 μManager启动设定 | 第49页 |
| 2.1.4 MATLAB控制系统 | 第49-53页 |
| 2.2 自定义拍摄协议 | 第53-57页 |
| 2.2.1 长时间明场拍摄 | 第53-55页 |
| 2.2.2 荧光拍摄 | 第55-56页 |
| 2.2.3 细菌追踪照明 | 第56页 |
| 2.2.4 多视野扫描 | 第56-57页 |
| 2.2.5 数据存储 | 第57页 |
| 2.3 背景和荧光蛋白光强校正 | 第57-64页 |
| 2.3.1 投影光斑位置校正 | 第57-58页 |
| 2.3.2 光照强度校正 | 第58-59页 |
| 2.3.3 视场背景校正 | 第59页 |
| 2.3.4 荧光蛋白浓度校正 | 第59-62页 |
| 2.3.5 多色荧光校正 | 第62-64页 |
| 2.4 使用步骤 | 第64-65页 |
| 2.5 自组装编程显微镜特色 | 第65-67页 |
| 第三章 自适应追踪光控照明 | 第67-85页 |
| 3.1 经济简单的显微投影系统 | 第67-72页 |
| 3.1.1 改造投影仪 | 第67-68页 |
| 3.1.2 光路校准 | 第68-71页 |
| 3.1.3 商业投影系统 | 第71-72页 |
| 3.2 基于图像处理的自动追踪系统 | 第72-74页 |
| 3.3 光控单细菌并影响生物被膜的形成 | 第74-83页 |
| 3.3.1 光控菌种构建 | 第74-76页 |
| 3.3.2 绿脓杆菌培养实验 | 第76-77页 |
| 3.3.3 光控菌种的光照强度 | 第77-78页 |
| 3.3.4 光控单细菌运动 | 第78-79页 |
| 3.3.5 影响生物被膜的形成 | 第79-83页 |
| 3.4 章节小结 | 第83-85页 |
| 第四章 微流控技术及其应用 | 第85-93页 |
| 4.1 制作方法 | 第85-86页 |
| 4.1.1 光刻掩膜设计 | 第85页 |
| 4.1.2 光刻掩膜制作 | 第85页 |
| 4.1.3 模具加工 | 第85-86页 |
| 4.1.4 微流装置 | 第86页 |
| 4.2 研究细菌粘附力的微流控 | 第86-87页 |
| 4.3 绿脓杆菌粘附表型的发现和研究 | 第87-88页 |
| 4.4 单细菌上的长时间观测 | 第88-90页 |
| 4.5 章节小结 | 第90-93页 |
| 第五章 总结与展望 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-103页 |
| 附录A 类ImageProtocol的成员变量和成员函数说明 | 第103-111页 |
| A.1 成员变量 | 第103-108页 |
| A.2 成员函数 | 第108-111页 |
| 附录B μManager设备配置文件 | 第111-117页 |
| 致谢 | 第117-119页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第119页 |