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食管鳞癌基因组变异的分析

英文缩略词汇表第10-13页
中文摘要第13-15页
Abstract第15-17页
前言第18-31页
    1 食管鳞癌的概况第18-19页
    2 食管鳞癌的生物学研究第19-22页
        2.1 食管鳞癌的危险因素第19页
        2.2 食管鳞癌发生发展中重要基因功能的研究第19-20页
        2.3 食管鳞癌的全基因组关联分析第20页
        2.4 食管鳞癌基因组变异的研究第20-22页
    3 BRDs-containing蛋白与肿瘤第22-25页
        3.1 小分子抑制剂与肿瘤治疗第22页
        3.2 BRDs-containing蛋白在多种肿瘤的发生发展中起着重要作用第22-24页
        3.3 BRDs-containing蛋白抑制剂与肿瘤治疗第24-25页
    4 DNA损伤修复(DNA damage repair,DDR)通路基因变异与肿瘤第25-30页
        4.1 肿瘤普遍具有治疗抵抗性第25页
        4.2 DNA损伤修复通路第25-29页
        4.3 DDR通路在肿瘤中发生异常第29-30页
    5 本研究目标第30-31页
材料与方法第31-50页
    1 实验材料第31-40页
        1.1 食管鳞癌基因组测序样本第31-33页
        1.2 所用主要分析软件第33页
        1.3 主要用到的在线数据库第33-34页
        1.4 细胞株第34页
        1.5 所用抗体第34页
        1.6 主要试剂盒第34-35页
        1.7 其他试剂第35-36页
        1.8 引物的合成与设计第36-37页
        1.9 小干扰RNA (siRNAs)的合成第37页
        1.10 主要仪器设备第37-38页
        1.11 常用试剂的配制第38-40页
    2 实验方法第40-50页
        2.1 细胞的处理第40-41页
        2.2 抑制剂处理细胞第41页
        2.3 细胞siRNA瞬时转染第41页
        2.4 细胞增殖实验第41页
        2.5 细胞克隆形成实验第41-42页
        2.6 细胞周期检测第42页
        2.7 细胞凋亡实验第42页
        2.8 细胞侵袭转移实验(Transwell assay)第42-43页
        2.9 细胞总蛋白和总RNA的提取第43-44页
        2.10 蛋白和RNA浓度测定第44页
        2.11 逆转录(Reverse Transcription,RT)与PCR扩增第44-45页
        2.12 Western Blot第45-47页
        2.13 免疫荧光检测第47-48页
        2.14 IR照射处理细胞第48页
        2.15 生物信息分析方法第48-50页
实验结果第50-110页
    1 食管鳞癌的基因变异与临床特征相关性分析第50-67页
        1.1 食管鳞癌基因组中突变率2%以上的基因的临床相关性分析第50-58页
        1.2 TBX20在食管鳞癌中发生显著基因变异第58-59页
        1.3 Dynein亚基编码基因在ESCC发生变异第59-62页
        1.4 食管鳞癌基因组中扩增率10%以上基因临床特征相关性分析第62-63页
        1.5 敲降C11ORF24影响ESCC细胞的增殖和克隆形成第63-64页
        1.6 敲降C11ORF24影响ESCC细胞的侵袭、迁移能力第64-65页
        1.7 C11ORF24是一个细胞周期相关的蛋白第65-66页
        1.8 小结第66-67页
    2 BRDs-containing蛋白编码基因在食管鳞癌基因组中变异的分析第67-88页
        2.1 BRDs-containing蛋白编码基因在食管鳞癌发生突变第67-72页
        2.2 BRDs-containing蛋白编码基因在食管鳞癌发生基因拷贝数变异第72-76页
        2.3 BRD9和ATAD2在食管鳞癌中高表达第76-78页
        2.4 I-BRD9能够抑制食管鳞癌细胞的增殖和克隆形成能力第78-79页
        2.5 I-BRD9引起食管鳞癌细胞周期发生G1/S阻滞第79页
        2.6 I-BRD9促进食管鳞癌细胞的凋亡第79-81页
        2.7 I-BRD9处理引起CDK2和CKD4表达下调第81-83页
        2.8 敲降ATAD2影响食管鳞癌细胞的恶性表型第83-85页
        2.9 共同干预BRD9和ATAD2更有效地抑制食管鳞癌细胞的增殖第85-86页
        2.10 小结第86-88页
    3 DNA损伤修复相关通路基因在食管鳞癌基因组中变异的分析第88-110页
        3.1 DDR通路基因在食管鳞癌基因组中发生突变第88-93页
        3.2 DDR通路突变与食管鳞癌病人临床特征相关性分析第93-95页
        3.3 DDR通路基因在食管鳞癌基因组中发生基因拷贝数变异第95-97页
        3.4 DDR通路基因拷贝数变异与食管鳞癌病人临床特征相关性分析第97-100页
        3.5 BER、MMR、HR和NHEJ通路中发生显著拷贝数变异基因的分析第100-102页
        3.6 其他消化道肿瘤中DDR通路基因变异情况分析第102-103页
        3.7 HR和NHEJ通路的基因在食管鳞癌中发生异常高表达第103-107页
        3.8 HR和NHEJ通路抑制剂能够增强食管鳞癌细胞对IR处理的敏感性第107-109页
        3.9 小结第109-110页
讨论第110-118页
    1 食管鳞癌基因组变异临床相关性分析第110-112页
    2 BRDs-containing蛋白编码基因在食管鳞癌基因组中的变异第112-114页
    3 DNA损伤修复相关通路基因在ESCC基因组中的变异第114-118页
结论第118-119页
参考文献第119-203页
附录第203-219页
文献综述第219-230页
    Reference第225-230页
基金资助第230-231页
致谢第231-233页
个人简历第233-234页

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