| 英文缩略词汇表 | 第10-13页 |
| 中文摘要 | 第13-15页 |
| Abstract | 第15-17页 |
| 前言 | 第18-31页 |
| 1 食管鳞癌的概况 | 第18-19页 |
| 2 食管鳞癌的生物学研究 | 第19-22页 |
| 2.1 食管鳞癌的危险因素 | 第19页 |
| 2.2 食管鳞癌发生发展中重要基因功能的研究 | 第19-20页 |
| 2.3 食管鳞癌的全基因组关联分析 | 第20页 |
| 2.4 食管鳞癌基因组变异的研究 | 第20-22页 |
| 3 BRDs-containing蛋白与肿瘤 | 第22-25页 |
| 3.1 小分子抑制剂与肿瘤治疗 | 第22页 |
| 3.2 BRDs-containing蛋白在多种肿瘤的发生发展中起着重要作用 | 第22-24页 |
| 3.3 BRDs-containing蛋白抑制剂与肿瘤治疗 | 第24-25页 |
| 4 DNA损伤修复(DNA damage repair,DDR)通路基因变异与肿瘤 | 第25-30页 |
| 4.1 肿瘤普遍具有治疗抵抗性 | 第25页 |
| 4.2 DNA损伤修复通路 | 第25-29页 |
| 4.3 DDR通路在肿瘤中发生异常 | 第29-30页 |
| 5 本研究目标 | 第30-31页 |
| 材料与方法 | 第31-50页 |
| 1 实验材料 | 第31-40页 |
| 1.1 食管鳞癌基因组测序样本 | 第31-33页 |
| 1.2 所用主要分析软件 | 第33页 |
| 1.3 主要用到的在线数据库 | 第33-34页 |
| 1.4 细胞株 | 第34页 |
| 1.5 所用抗体 | 第34页 |
| 1.6 主要试剂盒 | 第34-35页 |
| 1.7 其他试剂 | 第35-36页 |
| 1.8 引物的合成与设计 | 第36-37页 |
| 1.9 小干扰RNA (siRNAs)的合成 | 第37页 |
| 1.10 主要仪器设备 | 第37-38页 |
| 1.11 常用试剂的配制 | 第38-40页 |
| 2 实验方法 | 第40-50页 |
| 2.1 细胞的处理 | 第40-41页 |
| 2.2 抑制剂处理细胞 | 第41页 |
| 2.3 细胞siRNA瞬时转染 | 第41页 |
| 2.4 细胞增殖实验 | 第41页 |
| 2.5 细胞克隆形成实验 | 第41-42页 |
| 2.6 细胞周期检测 | 第42页 |
| 2.7 细胞凋亡实验 | 第42页 |
| 2.8 细胞侵袭转移实验(Transwell assay) | 第42-43页 |
| 2.9 细胞总蛋白和总RNA的提取 | 第43-44页 |
| 2.10 蛋白和RNA浓度测定 | 第44页 |
| 2.11 逆转录(Reverse Transcription,RT)与PCR扩增 | 第44-45页 |
| 2.12 Western Blot | 第45-47页 |
| 2.13 免疫荧光检测 | 第47-48页 |
| 2.14 IR照射处理细胞 | 第48页 |
| 2.15 生物信息分析方法 | 第48-50页 |
| 实验结果 | 第50-110页 |
| 1 食管鳞癌的基因变异与临床特征相关性分析 | 第50-67页 |
| 1.1 食管鳞癌基因组中突变率2%以上的基因的临床相关性分析 | 第50-58页 |
| 1.2 TBX20在食管鳞癌中发生显著基因变异 | 第58-59页 |
| 1.3 Dynein亚基编码基因在ESCC发生变异 | 第59-62页 |
| 1.4 食管鳞癌基因组中扩增率10%以上基因临床特征相关性分析 | 第62-63页 |
| 1.5 敲降C11ORF24影响ESCC细胞的增殖和克隆形成 | 第63-64页 |
| 1.6 敲降C11ORF24影响ESCC细胞的侵袭、迁移能力 | 第64-65页 |
| 1.7 C11ORF24是一个细胞周期相关的蛋白 | 第65-66页 |
| 1.8 小结 | 第66-67页 |
| 2 BRDs-containing蛋白编码基因在食管鳞癌基因组中变异的分析 | 第67-88页 |
| 2.1 BRDs-containing蛋白编码基因在食管鳞癌发生突变 | 第67-72页 |
| 2.2 BRDs-containing蛋白编码基因在食管鳞癌发生基因拷贝数变异 | 第72-76页 |
| 2.3 BRD9和ATAD2在食管鳞癌中高表达 | 第76-78页 |
| 2.4 I-BRD9能够抑制食管鳞癌细胞的增殖和克隆形成能力 | 第78-79页 |
| 2.5 I-BRD9引起食管鳞癌细胞周期发生G1/S阻滞 | 第79页 |
| 2.6 I-BRD9促进食管鳞癌细胞的凋亡 | 第79-81页 |
| 2.7 I-BRD9处理引起CDK2和CKD4表达下调 | 第81-83页 |
| 2.8 敲降ATAD2影响食管鳞癌细胞的恶性表型 | 第83-85页 |
| 2.9 共同干预BRD9和ATAD2更有效地抑制食管鳞癌细胞的增殖 | 第85-86页 |
| 2.10 小结 | 第86-88页 |
| 3 DNA损伤修复相关通路基因在食管鳞癌基因组中变异的分析 | 第88-110页 |
| 3.1 DDR通路基因在食管鳞癌基因组中发生突变 | 第88-93页 |
| 3.2 DDR通路突变与食管鳞癌病人临床特征相关性分析 | 第93-95页 |
| 3.3 DDR通路基因在食管鳞癌基因组中发生基因拷贝数变异 | 第95-97页 |
| 3.4 DDR通路基因拷贝数变异与食管鳞癌病人临床特征相关性分析 | 第97-100页 |
| 3.5 BER、MMR、HR和NHEJ通路中发生显著拷贝数变异基因的分析 | 第100-102页 |
| 3.6 其他消化道肿瘤中DDR通路基因变异情况分析 | 第102-103页 |
| 3.7 HR和NHEJ通路的基因在食管鳞癌中发生异常高表达 | 第103-107页 |
| 3.8 HR和NHEJ通路抑制剂能够增强食管鳞癌细胞对IR处理的敏感性 | 第107-109页 |
| 3.9 小结 | 第109-110页 |
| 讨论 | 第110-118页 |
| 1 食管鳞癌基因组变异临床相关性分析 | 第110-112页 |
| 2 BRDs-containing蛋白编码基因在食管鳞癌基因组中的变异 | 第112-114页 |
| 3 DNA损伤修复相关通路基因在ESCC基因组中的变异 | 第114-118页 |
| 结论 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-203页 |
| 附录 | 第203-219页 |
| 文献综述 | 第219-230页 |
| Reference | 第225-230页 |
| 基金资助 | 第230-231页 |
| 致谢 | 第231-233页 |
| 个人简历 | 第233-234页 |
