| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-25页 |
| 1.1 线粒体概述 | 第11-12页 |
| 1.1.1 线粒体简介 | 第11页 |
| 1.1.2 线粒体基因组的大小和组成 | 第11-12页 |
| 1.2 线粒体基因组的的特征 | 第12-14页 |
| 1.2.1 线粒体基因组的结构特征 | 第12-13页 |
| 1.2.2 线粒体基因组的遗传特征 | 第13-14页 |
| 1.2.3 线粒体基因组的进化特征 | 第14页 |
| 1.3 线粒体基因组组成 | 第14-17页 |
| 1.3.1 蛋白质编码基因（PCGs） | 第14-15页 |
| 1.3.2 tRNA基因（tRNA Genes） | 第15-16页 |
| 1.3.3 rRNA基因（rRNA Genes） | 第16页 |
| 1.3.4 非编码区 | 第16-17页 |
| 1.4 线粒体基因组研究方法 | 第17-18页 |
| 1.4.1 线粒体基因组DNA的获取 | 第17-18页 |
| 1.4.2 线粒体基因组的拼接 | 第18页 |
| 1.4.3 线粒体基因组的注释 | 第18页 |
| 1.4.4 线粒体基因组分析 | 第18页 |
| 1.5 线粒体DNA在鱼类分子系统学中的应用 | 第18-21页 |
| 1.5.1 mtDNA在鱼类分子系统进化中的应用 | 第19-20页 |
| 1.5.2 mtDNA在鱼类系统地理学中的应用 | 第20页 |
| 1.5.3 系统发育关系的重建 | 第20-21页 |
| 1.6 白甲鱼属 | 第21-24页 |
| 1.6.1 白甲鱼属简介 | 第21-22页 |
| 1.6.2 研究物种——南方白甲鱼简介 | 第22-23页 |
| 1.6.3 白甲鱼属的系统发育研究现状 | 第23-24页 |
| 1.7 研究目的和意义 | 第24-25页 |
| 第二章 南方白甲鱼线粒体基因组全序列的测定分析 | 第25-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第25-26页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第25页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第25-26页 |
| 2.1.3 实验试剂 | 第26页 |
| 2.1.4 生物信息学软件 | 第26页 |
| 2.2 实验方法 | 第26-32页 |
| 2.2.1 基因组总DNA的抽提 | 第26-27页 |
| 2.2.2 基因组总DNA的检测 | 第27页 |
| 2.2.3 PCR的引物设计 | 第27-29页 |
| 2.2.4 PCR的扩增、检测、回收纯化及测序 | 第29-31页 |
| 2.2.5 序列拼接、注释及分析 | 第31-32页 |
| 2.3 结果与分析 | 第32-44页 |
| 2.3.1 南方白甲鱼总DNA的提取结果 | 第32页 |
| 2.3.2 南方白甲鱼PCR扩增结果分析 | 第32-34页 |
| 2.3.3 南方白甲鱼线粒体DNA结构 | 第34-37页 |
| 2.3.4 碱基组成及偏向性分析 | 第37-39页 |
| 2.3.5 蛋白质编码基因密码子的使用 | 第39-40页 |
| 2.3.6 蛋白质编码基因氨基酸组成 | 第40页 |
| 2.3.7 tRNA基因二级结构预测 | 第40-43页 |
| 2.3.8 讨论 | 第43-44页 |
| 第三章 白甲鱼属10个种的系统发育进化树的构建 | 第44-57页 |
| 3.1 材料与方法 | 第44-45页 |
| 3.1.1 外类群的选择 | 第44页 |
| 3.1.2 数据的采集 | 第44-45页 |
| 3.2 实验方法 | 第45-46页 |
| 3.2.1 邻接法构建系统发育树 | 第45-46页 |
| 3.2.2 最大似然法构建系统发育树 | 第46页 |
| 3.2.3 贝叶斯法构建系统发育树 | 第46页 |
| 3.3 结果与分析 | 第46-55页 |
| 3.3.1 基于线粒体全序列mtDNA的系统发育树 | 第46-48页 |
| 3.3.2 基于D-loop区域的系统发育进化树 | 第48-50页 |
| 3.3.3 基于Cytb基因的系统发育树 | 第50-52页 |
| 3.3.4 基于ND4基因的系统发育树 | 第52-55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-57页 |
| 总结 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
| 附录 攻读硕士期间发表的论文 | 第66页 |