| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略语表 | 第9-11页 |
| 1 前言 | 第11-22页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第11-14页 |
| 1.2 文献综述 | 第14-20页 |
| 1.2.1 转座子的分类标准 | 第14-16页 |
| 1.2.2 转座子注释的研究进展 | 第16-18页 |
| 1.2.3 转座子的生物学意义的挖掘 | 第18-20页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第20-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-32页 |
| 2.1 材料 | 第22-24页 |
| 2.1.1 水稻材料 | 第22页 |
| 2.1.2 水稻转座子数据 | 第22-23页 |
| 2.1.3 剑叶小RNA数据 | 第23-24页 |
| 2.1.4 ATAC-seq数据 | 第24页 |
| 2.1.5 珍汕97和明恢63基因组数据 | 第24页 |
| 2.2 方法 | 第24-32页 |
| 2.2.1 非参考基因组转座子变异位点的鉴定 | 第24-26页 |
| 2.2.2 转座子变异鉴定结果的评估 | 第26-29页 |
| 2.2.2.1 挑选用于验证的位点 | 第26-28页 |
| 2.2.2.2 准确性和敏感性的计算 | 第28-29页 |
| 2.2.3 成对转座子的识别及类型判断 | 第29页 |
| 2.2.4 KNN对异常读段数进行校正 | 第29-30页 |
| 2.2.5 转座子与24ntsiRNA | 第30页 |
| 2.2.6 转座子插入位点的染色质开放强度 | 第30-31页 |
| 2.2.7 转座子测序验证策略 | 第31-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-51页 |
| 3.1 水稻群体的转座子变异位点 | 第32-34页 |
| 3.2 转座子变异鉴定结果的评估 | 第34-35页 |
| 3.3 敏感性偏低的原因 | 第35-36页 |
| 3.4 KNN校正 | 第36页 |
| 3.5 转座子变异的测序验证 | 第36-37页 |
| 3.6 活跃转座子的转座特点 | 第37-43页 |
| 3.6.1 活跃转座子的最终确定 | 第37-38页 |
| 3.6.2 活跃转座子插入的整体分布 | 第38-40页 |
| 3.6.3 活跃转座子激活的热点 | 第40-42页 |
| 3.6.4 DNA转座子比反转录转座子更活跃 | 第42页 |
| 3.6.5 非自发转座子比自发转座子更活跃 | 第42-43页 |
| 3.7 活跃转座子的活跃程度与24 nt siRNA的关系 | 第43-46页 |
| 3.8 活跃转座子的影响 | 第46-51页 |
| 4 讨论 | 第51-55页 |
| 4.1 水稻大规模群体转座子活跃位点的鉴定 | 第51-52页 |
| 4.2 借助珍汕97和明恢63对转座子变异评估 | 第52-53页 |
| 4.3 转座子变异的生物意义挖掘 | 第53-54页 |
| 4.4 展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-67页 |
| 附录 | 第67-77页 |
| 附录Ⅰ 近年来水稻中转座子的相关报道 | 第67-69页 |
| 附录Ⅱ 材料补充说明 | 第69-72页 |
| 附录Ⅲ 方法补充说明 | 第72-74页 |
| 附录Ⅳ 结果补充说明 | 第74-77页 |
| 致谢 | 第77页 |