| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-16页 |
| 1.1 数字基因表达谱 | 第11-12页 |
| 1.1.1 数字基因表达谱的发展 | 第11页 |
| 1.1.2 数字基因表达谱的流程 | 第11页 |
| 1.1.3 数字基因表达谱在家禽繁殖的运用 | 第11-12页 |
| 1.2 性成熟的影响因素 | 第12-13页 |
| 1.2.1 光照 | 第12页 |
| 1.2.2 能量 | 第12-13页 |
| 1.2.3 遗传因素 | 第13页 |
| 1.2.4 高通量技术在发现性早熟相关基因的运用 | 第13页 |
| 1.3 宁都黄鸡的繁殖特性 | 第13-14页 |
| 1.4 HEP21和SOX14基因概述 | 第14页 |
| 1.4.1 HEP21基因概述 | 第14页 |
| 1.4.2 SOX14基因概述 | 第14页 |
| 1.5 本实验的研究内容和意义 | 第14-16页 |
| 第二章 宁都三黄鸡早晚熟母鸡卵巢的转录组分析 | 第16-33页 |
| 2.1 引言 | 第16页 |
| 2.2 材料与方法 | 第16-23页 |
| 2.2.1 试验材料 | 第16页 |
| 2.2.2 试验试剂 | 第16-17页 |
| 2.2.3 试验仪器 | 第17页 |
| 2.2.4 试验方法 | 第17-23页 |
| 2.2.4.1 样品采集 | 第17页 |
| 2.2.4.2 宁都三黄鸡卵巢总RNA的提取（Trizol抽提法） | 第17-18页 |
| 2.2.4.3 宁都三黄鸡总RNA质量和浓度的检测 | 第18页 |
| 2.2.4.4 测序 | 第18-20页 |
| 2.2.4.5 荧光定量PCR对DGE结果的验证 | 第20-23页 |
| 2.3 试验结果 | 第23-30页 |
| 2.3.1 宁都三黄鸡卵巢总RNA质量检测结果 | 第23页 |
| 2.3.2 DGE数据统计 | 第23-29页 |
| 2.3.2.1 4个库的数据及mapping比率统计 | 第23-24页 |
| 2.3.2.2 DGE测序饱和度分析 | 第24页 |
| 2.3.2.3 差异表达基因的筛查 | 第24-26页 |
| 2.3.2.4 表达模式聚类 | 第26页 |
| 2.3.2.5 GO功能显著性分析 | 第26-27页 |
| 2.3.2.6 Pathway显著性富集分析 | 第27-29页 |
| 2.3.3 荧光定量PCR对DGE结果验证分析 | 第29-30页 |
| 2.4 讨论 | 第30-32页 |
| 2.4.1 GO富集分析 | 第30页 |
| 2.4.2 KEGG富集分析 | 第30-32页 |
| 2.5 小结 | 第32-33页 |
| 第三章 基因HEP21、SOX14、PTGS1、RRH、BMP5、INHA、INHBA、BMP15在广丰白耳黄鸡卵巢中相对表达量 | 第33-38页 |
| 3.1 引言 | 第33页 |
| 3.2 材料与方法 | 第33-34页 |
| 3.2.1 试验材料 | 第33页 |
| 3.2.1.1 样品采集 | 第33页 |
| 3.2.1.2 试验试剂和仪器 | 第33页 |
| 3.2.2 试验方法 | 第33-34页 |
| 3.2.2.1 广丰白耳黄鸡卵巢总RNA的提取 | 第33-34页 |
| 3.2.2.2 广丰白耳黄鸡卵巢总RNA质量和浓度的检测 | 第34页 |
| 3.2.2.3 引物的设计和合成 | 第34页 |
| 3.2.2.4 cDNA的合成 | 第34页 |
| 3.2.2.5 荧光定量PCR | 第34页 |
| 3.3 试验结果分析 | 第34-36页 |
| 3.3.1 广丰白耳黄鸡母鸡卵巢总RNA质量和浓度检测 | 第34-35页 |
| 3.3.2 差异表达基因在广丰白耳黄鸡母鸡卵巢中相对表达量 | 第35-36页 |
| 3.4 讨论 | 第36页 |
| 3.5 结论 | 第36-38页 |
| 第四章 HEP21.A+550G位点和SOX14.G-1101A位点与宁都三黄鸡繁殖性能的关联分析 | 第38-52页 |
| 4.1 引言 | 第38页 |
| 4.2 材料和方法 | 第38-42页 |
| 4.2.1 试验材料 | 第38-39页 |
| 4.2.3 主要仪器 | 第39页 |
| 4.2.4 主要试剂 | 第39页 |
| 4.2.5 试验方法 | 第39-42页 |
| 4.2.5.1 表型性状的测定 | 第39页 |
| 4.2.5.2 血样采集与基因组DNA提取 | 第39-40页 |
| 4.2.5.3 引物设计及合成 | 第40页 |
| 4.2.5.4 PCR扩增体系及产物检测 | 第40页 |
| 4.2.5.5 宁都三黄鸡HEP21和SOX14基因遗传多态性分析 | 第40-42页 |
| 4.2.5.6 基因频率和基因型频率和Hard-Weinhberg(H-W)平衡计算 | 第42页 |
| 4.3 试验结果分析 | 第42-49页 |
| 4.3.1 SNPs与其他突变位点搜寻 | 第42-45页 |
| 4.3.2 宁都三黄鸡HEP21和SOX14基因的PCR-RFLP标记 | 第45-46页 |
| 4.3.3 多态位点检测 | 第46-47页 |
| 4.3.4 基因型频率和基因频率的计算和H-W检测 | 第47-48页 |
| 4.3.4.1 宁都三黄鸡HEP21.+550G位点的基因型频率、基因频率和H-W检测 | 第47页 |
| 4.3.4.2 宁都三黄鸡SOX14.G-1101A位点基因型频率、基因频率和H-W检测 | 第47-48页 |
| 4.3.5 HEP21. A+550G位点和SOX1.G-1101A位点与宁都三黄鸡繁殖性能的关联分析 | 第48-49页 |
| 4.3.5.1 HEP21.A+550G位点基因型与宁都三黄鸡繁殖性状的关联性 | 第48页 |
| 4.3.5.2 SOX14.G-1101A位点基因型与宁都三黄鸡繁殖性状的相关性 | 第48-49页 |
| 4.4 讨论 | 第49-50页 |
| 4.4.1 宁都黄鸡HEP21和SOX14基因变异位点搜寻分析 | 第49页 |
| 4.4.2 宁都三黄鸡HEP21.A+550G位点与繁殖性能的关联性分析 | 第49-50页 |
| 4.4.3 宁都三黄鸡SOX14.G-1101A位点与繁殖性能的关联性分析 | 第50页 |
| 4.5 小结 | 第50-52页 |
| 第五章 结论与展望 | 第52-53页 |
| 5.1 主要结论 | 第52页 |
| 5.2 主要创新之处 | 第52页 |
| 5.3 研究展望 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
| 附表 | 第58-59页 |
