SNP用于新疆绵羊亲子鉴定的生物信息学方法研究
| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 一、引言 | 第7-13页 |
| (一)研究背景及意义 | 第7页 |
| (二)亲子鉴定技术的发展历程 | 第7-9页 |
| (三)国内外研究现状 | 第9-10页 |
| (四)论文主要研究内容 | 第10-11页 |
| (五)论文结构安排 | 第11-13页 |
| 二、相关原理和技术 | 第13-20页 |
| (一)亲子鉴定的定义 | 第13页 |
| (二)亲子鉴定的原理 | 第13-14页 |
| (三)亲子鉴定的方法 | 第14-16页 |
| 1、基于排除法的亲子鉴定 | 第14-15页 |
| 2、基于似然法的亲子鉴定 | 第15-16页 |
| (四)SNP遗传多样性指标 | 第16-18页 |
| (五)本章小结 | 第18-20页 |
| 三、SNP用于亲子鉴定的准确性研究 | 第20-30页 |
| (一)引言 | 第20页 |
| (二)改进的亲子鉴定算法 | 第20-22页 |
| 1、引入基因型判别错误率ε后的似然函数 | 第20-21页 |
| 2、引入Δ后的似然法 | 第21-22页 |
| (三)实验研究 | 第22-28页 |
| 1、实验材料 | 第23-24页 |
| 2、实验数据预处理 | 第24-25页 |
| 3、SNP亲子鉴定效力影响因素 | 第25-26页 |
| 4、SNP的CPE研究 | 第26-28页 |
| (四)亲子关系鉴定结果与分析 | 第28-29页 |
| (五)本章小结 | 第29-30页 |
| 四、亲子鉴定中SNP标记组合的优化 | 第30-46页 |
| (一)引言 | 第30页 |
| (二)信息SNP子集的智能优化算法 | 第30-33页 |
| 1、主成分分析算法理论 | 第30-32页 |
| 2、贪婪算法理论 | 第32-33页 |
| (三)实验研究 | 第33-39页 |
| 1、实验材料 | 第33-34页 |
| 2、实验数据预处理 | 第34-35页 |
| 3、基于蒙特卡罗算法的缺失基因型填充 | 第35页 |
| 4、基于PCA的候选信息SNP过滤 | 第35-37页 |
| 5、基于贪婪算法的信息SNP筛选 | 第37-39页 |
| (四)信息SNP选择结果与分析 | 第39-45页 |
| 1、SNP筛选前后遗传多样性分析 | 第40-42页 |
| 2、信息SNP的亲子鉴定效力检验 | 第42-44页 |
| 3、绵羊群体系统发育树构建 | 第44-45页 |
| (五)本章小结 | 第45-46页 |
| 五、总结与展望 | 第46-48页 |
| (一)全文总结 | 第46-47页 |
| (二)未来研究工作展望 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 附录 | 第52-68页 |
| 附录1 缩略词表 | 第52-53页 |
| 附录2 试验绵羊个体亲子关系鉴定结果 | 第53-63页 |
| 附录3 SNP标记筛选列表 | 第63-68页 |
| 硕士研究生期间发表论文情况 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
